Der Abt des Klosters in Sponheim und (später des Schottenklosters in Würzburg) ist einerseits in die Geschichte als einer der hervorragendsten Vertreter des frühen deutschen Humanismus eingegangen, andererseits gilt er als Experte auf dem Gebiet der Geheimen Künste. Die Landbevölkerung im Hunsrück kennt Trithemius aus der Volkssage und alten Schulbüchern noch bis heute als kundigen Zauberer.
Als Junge hatte Johannes im Traum eine Vision. Ein Jüngling in weissem Gewand zeigte ihm zwei Tafeln. Die eine war mit Buchstaben beschrieben, die andere mit Figuren bemalt. Der Jüngling liess ihn wählen, welche er wolle. Spontan entschied Trithemius sich für die Tafeln mit den Buchstaben. Der Jüngling sagte ihm daraufhin, dass Gott seine Gebete, Wissen zu erlangen, erhört habe.
Seit Trithemius 1483 zum Abt des Klosters Sponheim gewählt worden war, kaufte er wundersame Bücher auf, liess sie sich schenken oder lieh sie »für dauernd« aus, so dass die Bibliothek in Sponheim bald wegen ihrer Schätze berühmt war. 1502 fand sich dort die für die damalige Zeit ungeheure Zahl von 1646 Bänden in der Bibliothek! Immer mehr Gäste besuchten das von Trithemius renovierte und mit Gästestuben versehene Kloster. An die Wände liess er Sinnsprüche in Griechisch, Lateinisch und Hebräisch einmeisseln, so dass ein Gast sich leicht wie in einer antiken Orakelstätte vorkommen konnte. Und für das Sommerrefektorium liess er fiktive Porträts seiner Vorgänger malen und aufhängen.
Trithemius, der in der Bewahrung des druidischen Erbes der Germanen eine seiner wichtigsten Aufgaben sah, nannte das Kloster in Briefen ganz unkirchlich domus druidorum, Haus der Druiden, und liess sich von Freunden auch gern selbst als Druide feiern.
15(x) hatte Trithemius den ersten und zweiten Teil des »vielleicht seltsamsten Buches der Welt« (M. Kuper), die »Steganographia« (Geheimschrift) fertig gestellt. Diese Schrift enthielt eine Anleitung zum Verfassen von Geheimschriften, im dritten, Fragment gebliebenen Teil finden sich Spekulationen über magische Beziehungen zwischen Zeichen, Zahlen und Buchstaben und den geheimen Namen von Geistern.
Die 31 Kapitel des ersten Buches enthalten ebenso viele Chiffrierweisen für die geheime Übermittlung von Botschaften. »An der Spitze eines jeden Kapitels«, schreibt Isidor Silbernagl, Verfasser einer Trithemius-Biographie des 19. Jahrhunderts, »steht ein Geistername, gleichsam als Träger der hier enthaltenen Geheimschrift, dem dann wieder mehrere untergeordnete Geister, welche Worte oder Sylben bezeichnen, zur Seite stehen. Die Geisternamen sind beim ersten Buch aus der Kabbalah, im zweiten aus dem so genannten Schlüssel Salomonis oder aus den Werken des Hermes genommen. Die Geheimschrift selbst oder vielmehr die Regeln für die Anwendung derselben sind in den Beschwörungen enthalten.«
Trithemius hatte, wie er einem Studienfreund schrieb, diese besonderen Künste nachts durch eine Erscheinung im Traum gelehrt bekommen, und zwar alles einzeln der Ordnung nach: »Man zeigte mir, wie leicht das verwirklicht werden könnte, worüber ich viele Tage vergebens nachgedacht hatte.«
1676, in der von dem Juristen Heidel herausgegebenen gedruckten Version der »Steganographie«, die auch Texte enthielt, die Trithemius zu seinen Lebzeiten nicht an die Öffentlichkeit gelangen liess, kommt die Katze aus dem Sack. Zur Übermittlung von Nachrichten in schwierigen Situationen empfahl Trithemius doch die Beschwörung von Geistern. »Wenn ... alle Vorschriften erfüllt sind«, führt Trithemius unter Bezug auf seine Experimente aus, »so werden dir, sobald du die Beschwörung gesprochen hast, die Geister erscheinen, welche du gerufen hast, bereit zu allem, was du ihnen vorschreibst.«
Im April des Jahres 1508 begleitete Trithemius Kaiser Maximilian mehrere Wochen auf einer Reise und fuhr als geschätzter Gesprächspartner zeitweise auch in der Kutsche mit. Während dieses Zusammenseins habe Trithemius, wie in Luthers Tischgesprächen dargestellt, den Kaiser Erscheinungen früherer Herrscher und auch seiner verstorbenen Braut Maria von Burgund sehen lassen. (Trithemius habe, vermutlich mit Hilfe einer Camera Obscura, für die erste Kinovorstellung der Weltgeschichte gesorgt, befand der, selbst auch als Bühnenmagier tätige, Schauspieler Orson Welles einmal im Gespräch mit dem Hollywood-Regisseur Fred Zinneman.)
Trithemius, der - wie ihn sein Biograph Michael Kuper nennt - »Schelm in der Kutte«, geriet bei einem anderen Zauberstückchen, das er für den Kaiser durchführte, in arge Nöte. Von dem in Bezug auf eine ehrwürdige Ahnenschaft sehr erwartungsfrohen Kaiser gebeten, eine Chronik zu schreiben, die, wie Trithemius angedeutet hatte, seine Abstammung von den Fürsten von Troja belegen könne, »verbesserte« der gut besoldete Trithemius »das überlieferte Alte« unter Einführung eines fiktiven Chronisten namens Hunibald und des Berichts über die Wahrsagekünste der weisen Albruna im Sinne des Kaisers. Die Chronik geriet zum Fantasy-Roman. Als der Kaiser die zwölf Bücher des Hunibald in originaler Urschrift sehen wollte, kam Trithemius sehr ins Schwitzen.
Als den grössten aller Fabelhälse musste sich Trithemius deshalb ein Jahr vor seinem Tod beschimpfen lassen. 1514 hatte er in der Einleitung zu seiner gerade geschriebenen »Hirschauer Chronik« noch vollmundig geschrieben: »Die erste Vorschrift für den Geschichtenschreiber ist, sich von der ungefälschten Wahrheit leiten zu lassen ... Ein Mund, der lügt, tötet die Seele, und ein Schriftsteller, welcher Erlogenes mit Wahrem vermischt, bringt Verwirrung in die Geschichte.«