Die Geschichte um den Zauberer Merlin wird erstmals 1136 ausführlich in Geoffrey von Monmouth' »Historia Regum Britannica« (Geschichte der Könige von Britannien) erzählt. Geoffrey von Monmouth stützte sich dabei auf eine Chronik aus dem 9. Jahrhundert, die »Historia Brittonum«, die einem als Person heute fassbaren Herrn Nennius zugeschrieben wird.
Merlin wird, so berichtet Geoffrey von Monmouth, von den Boten des Königs Vortigern als der von den Hofmagiern als Opfer bestimmte, »vaterlose« Jüngling in Südwales gefunden. Er soll auf alte Art geopfert werden, damit mit seinem Blut das Fundament der Burg des Königs gefestigt wird. Denn die Mauern der Burg, die die Arbeiter des Königs am Tag hochzogen, waren bei Nacht immer wieder zusammengefallen. Merlin deckt dem König und seinen überraschten Magiern auf, dass die Mauern einstürzen, weil in einem darunter verborgenen Teich sich bei Nacht zwei Drachen, ein weisser und ein roter, bekämpfen. Merlin deutet den tieferen Sinn des Geschehens (der rote Drache sei Britannien und der weisse die Sachsen) und gibt eine lange, kryptische Prophezeiung über die zukünftigen Geschicke Englands und seiner Könige.
Diese etwa zehn Seiten langen Prophezeiungen wurden unter dem Titel »Prophezeiungen des Merlin« bald als separate Handschrift in vielen Abschriften verbreitet und erfreuten sich das ganze Mittelalter hindurch hoher Beliebtheit beim Publikum.
Vierzehn Jahre nach Erscheinung seiner »Historia« veröffentlichte Geoffrey von Monmouth eine in 1529 Versen geschriebene Biographie des Magiers (»Vita Merlini«), in der er alte walisische Gedichte über die Helden Myrrddin (also Merlin) und Talisien aus dem 6. Jahrhundert verarbeitete. Hier erscheint Merlin - bei Gelegenheit auch mal auf einem Hirsch reitend und von einem Rudel Rotwild begleitet - als halb wahnsinniger wilder Mann, als Herr des Waldes und Herr der Tiere, der vom Gipfel eines Berges aus die wilden Tiere, wie sie laufen und spielen, beobachtet. Ein alter Wolf, der mit ihm durch »die geheimen Pfade der Wälder streift«, ist zeitweilig sein Gefährte.
Von seiner Schwester Ganieda lässt er sich im Wald ein Observatorium bauen. »Baue mir ein abgelegenes Haus mit 70 Türen und ebenso vielen Fenstern«, wies er sie an, »durch die ich den Feuer atmenden Phoibos und Venus und die Sterne betrachten kann, die nachts vom Himmel fallen, und diese alle sollen mir zeigen, wie es den Menschen des Königreichs ergehen wird. Lasse die gleiche Zahl von Schreibern zur Hand sein, die geschult sind, meine Worte niederzuschreiben, und sie sollen achtsam meine Prophezeiungen auf ihren Tafeln festhalten.«
Mit einem Besucher, dem Propheten und Philosophen Telgesinus (Taliesin), führt er lange und gelehrte Gespräche über die Ursprünge der Welt, über die Kräfte der Natur in Wasser, Luft und Erde, die Ordnung der Geister und über die Mysterien des Jenseits auf der Insel der Äpfel (Inseln der Seligen). Merlin beschliesst letztlich, nur noch in seinem geliebten Wald - mit Telgesinus als Gefährten - zu leben und sich von der Welt ganz zurückzuziehen. Seine Schwester Ganieda gesellt sich zusammen mit einem Schüler Merlins den beiden Eremiten zu. Merlins Sehergabe geht auf sie über. »Auch sie wurde vom Geist ergriffen, und sie prophezeite ihren Freunden viele Male das zukünftige Geschick des Königreichs.«
Die Erzählung des Geoffrey von Monmouth fand über die Jahrhunderte viele Ausschmückungen durch andere Autoren wie Robert de Boron (»Merlin«, etwa 1200) und Thomas Malory (»Morte Darthur«, 1485). Malory gab der Geschichte einen neuen Schluss. Merlin, der über sich selbst geweissagt hatte, »ich werde einen schmachvollen Tod sterben und lebend in der Erde vergraben werden«, verliebt sich als alter Mann in das Fräulein Nimue, die ihm im Lauf der Zeit alle Geheimnisse seiner Kunst entlockt und sich schliesslich seiner entledigt: »Und immer lag Merlin der Dame in den Ohren, um ihr Magdtum zu haben, und sie war seiner immer sehr überdrüssig und wäre ihn gern losgeworden, denn sie fürchtete sich vor ihm, weil er ein Teufelssohn war, und sie konnte ihn auf keine Weise loswerden. Und so geschah es einmal, dass Merlin ihr einen Felsen zeigte, wo ein grosses Wunder war und auf dem ein Zauber lag für den, der unter einen grossen Stein ging. So brachte sie durch ihre besondere Kunst Merlin dahin, unter den Stein zu gehen, um sie die Wunder, die dort waren, wissen zu lassen, aber sie wirkte fort für ihn, dass er trotz aller Kunst, die er anwenden konnte, nie mehr herauskam. Und so ging sie fort und verliess Merlin.«
Im 17. und 18. Jahrhundert erschien eine Flut von Merlin-Almanachen und Schriften. Am bekanntesten wurde der Almanach des Astrologen William Lilly, der vielfach als Orakel benutzt wurde. Eine Ansprache, heisst es, die zu dieser Zeit von einem Engländer gehalten wurde, begann immer mit einem Hinweis auf eine Zukunftsverkündigung von Merlin. Und bei Eiden, die abgelegt wurden, war es in England üblich, »bei Merlins Mund« zu schwören.
In der 1859 erschienenen Dichtung »Merlin und Vivien« lässt Alfred Tennyson Vivien (die Nimue bei Malory) Merlin mit einem Schiff in die Bretagne entführen. In den »wilden Wäldern von Broceliande« ent lockt sie ihm die geheimen Worte, mit denen sie ihn – hinter einer Weissdornhecke verborgen – in den Schlaf schickt. Im Wald von Broceliande wird Besuchern heute gern ein megalithisches Steingrab als »Haus der Viviane« und die Reste eines Hünen-grabs als Merlins Grab gezeigt.
Im 20. Jahrhundert hielten neue Bearbeitungen, Theaterstücke und Filme das Andenken an den Magier wach. Selbst Mickymaus leiht sich in einem ihrer Abenteuer von Merlin einen Ring aus, der sie durch Drehen unsichtbar, grösser oder kleiner macht. Als sie ausprobiert, kleiner zu werden, findet sie sich als Winzling unter einem Fliegenpilz wieder. Und wen anderes als Merlin beschreibt Tolkien in der Gestalt des Gandalf.
»Wie es scheint«, schreibt Nikolai Tolstoy in einer Arbeit über Merlin, »hat sich der Zauberer einen festen Platz im Bewusstsein der Menschheit gesichert. Die Jahrhunderte kommen und gehen, literarische Moden entstehen und veralten wieder, aber der charismatische Magier taucht immer wieder vor uns auf: in wechselnder Gestalt und unter verschiedenen Namen, einmal spöttisch, dann wieder respektgebietend, im Grunde aber immer noch dieselbe Gestalt, deren Ruhm sich vor 800 Jahren über ganz Europa ausbreitete. Trickster, Schwindler, Philosoph und Zauberer in einem, verkörpert er einen Archetyp, bei dem das Menschengeschlecht Rat und Schutz sucht.«