John Dee wurde am 13. Juli 1527 in London geboren. Er entstammte einem altadeligen Geschlecht aus Wales. Er studierte in Cambridge, ab 1547 in den Niederlanden Mathematik, Astronomie und Astrologie und wurde nach seiner Rückkehr Mitbegründer des Trinity College in Cambridge. Nachdem er 1548 zum Magister ernannt worden war, studierte er in Löwen noch Alchemie und Magie.
Man bezichtigte ihn erstmals der Zauberei, als er für eine Aufführung einer Komödie des Aristophanes einen mechanischen Käfer konstruierte, der mit einem Menschen beladen zum Thron Jupiters flog.
1551 wurde er, wahrscheinlich wegen der Freundschaft mit Prinzessin Elisabeth, der späteren englischen Königin, beschuldigt, Königin Maria I., der Katholischen, mit Zauberei nach dem Leben getrachtet und Kinder durch Hexerei getötet zu haben. Man warf ihm auch vor, Hausgeister zu besitzen. Dee wurde der Gerichtsbarkeit des berüchtigten »blutigen« Bischofs Bonner übergeben und sass gemeinsam mit dem später als Ketzer verbrannten Barlett Green im Gefängnis. Im Herbst des Jahres 1553 liess man Dee überraschend frei.
1555 erstellte er für Prinzessin Elisabeth ein Himmelsschema, das den für die Krönung geeignetsten Tag bestimmte, und er diente ihr auch später als Berater, Astrologe, Bote und Geheimagent.
In seinem Landsitz in Mortlake besass Dee eine grosse Bibliothek mit 4000 Büchern und Manuskripten, darunter die Werke von Roman Lull, Albertus Magnus, Roger Bacon, Paracelsus und Trithemius, eine »wahre Wunderkammer der Gelehrsamkeit« (M. Kuper). Das Haus enthielt dazu ein Laboratorium mit einer Fülle von Apparaturen. Dee sammelte Altertümer aus seiner walisischen Heimat, alte Siegel und Stammbäume. Er besass Bilder von Dürer und Skizzen von Leonardo da Vinci. Er experimentierte mit magischen Spiegeln und Laternen, entwarf Kryptogramme und magische Zeichen. Aus dieser Beschäftigung entstand 1564 sein Werk »Monas Hieroglyphica«. Nur wenigen Menschen wie Königin Elisabeth I. und Kaiser Maximilian II. erläuterte er persönlich den Schlüssel zur Entzifferung der Monade.
Ab dem Jahr 1581 begann Dee mit magischen Experimenten unter Zuhilfenahme einer Glaskugel und eines polierten Obsidians (seine »Zeigesteine«), nachdem er selbst in einem Kristall ein Gesicht hatte und es in seinem Haus zu spuken angefangen hatte. In dem Kristallseher Eduard Kelley fand er ein begabtes Medium, das die Geister und Engel, die in den Blasses auftauchten, beschrieb und auch mit ihnen in der Sprache der Engel, dem Henochischen, kommunizierte. Dee zeichnete alle diese »Actions« in seinem noch vorhandenen »Private Diary« und in der 500 Seiten starken Schrift »A true and faithful Relation of what passed for many years between Dr. John Dee and some spirits« auf. Am 21. November 1582 erschien am westlichen Fenster seines Studierzimmers ein Engel in der Gestalt eines vierjährigen Knaben, der den »Shew« (Dees berühmt gewordenen Zauberspiegel), einen Kristall aus glänzender Steinkohle, übergab. Horace Walpole, der bekannte Verfasser von Schauerromanen, in dessen Besitz sich der »Shew« befand, soll ihn 1752 an Katharina die Grosse verkauft haben.
Dee hing sehr an seiner Bibliothek, die zu erwerben das von seinem Vater ererbte Vermögen in hohem Masse aufgebraucht hatte. Zwei Tage, nachdem er den Shew erhalten hatte, hatte er nachts einen Warntraum. »Ich träumte, ich sei tot«, berichtet Dee in seinem Tagebuch, »und mir seien die Eingeweide herausgenommen worden. Ich lief umher und sprach mit verschiedenen Leuten, darunter auch dem Lordschatzmeister, der zu meinem Haus gekommen war, um meine Bücher zu verbrennen. Mir kam es vor, als schaue er mich missgünstig an.«
Als Dee sich Ende 1583 mit seiner Familie und Kelley länger auf dem Festland aufhielt, auch um sich Verfolgungen in England zu entziehen, stürmte ein von Dees Feinden aufgehetzter, abergläubischer Mob sein Haus, plünderte die Bibliothek, verwüstete das Labor und liess auch eine geheimnisvolle gummiartige Substanz, die fünf Pfund wog, mitgehen. Der Verlust dieser Substanz traf Dee schmerzhafter als alles andere.
In den Sitzungen mit den Engeln ging es um Alchemie, Kosmologie, Eschatologie, Theologie, Naturphilosophie, Fragen der Politik, der Kirche und der Religion. Für ihren Gönner, den polnischen Fürsten Albert Laski, liessen die beiden Kristallomanten die Geister auch über zukünftige Geschehnisse Prophezeiungen abgeben. Er werde binnen Jahresfrist König (»die Sonne soll nicht ihren Lauf vollenden, so wird er König werden«), werde die Juden bekehren und Kreuzzüge gegen die Türken unternehmen, beschieden ihm die Geister freundlich, aber falsch.
Der Geist Jubanladace beruhigte den finanziell in Nöten befindlichen Dee, über die Königin werde ihm wunderbare Hilfe zukommen. Tatsächlich liess Elisabeth dem Fürsten bald darauf 4o Taler aushändigen, damit er für eine standesgemässe Bewirtung eines Hofbeamten wenigstens etwas Geld zur Verfügung hatte.
Als Dee den weiblichen Geist Galvah einmal fragte, was man gegen das anhaltende Nasenbluten seines Nachbarn Charles Stad tun könne, schämte sich Galvah nicht zu antworten: »Ich kenne ihn nicht, er hat noch keinen Namen bei uns.«
Später, als Dee mit Kelley nach Europa gegangen war und in Deutschland, Polen und Ungarn von Fürstenhof zu Fürstenhof zog und in immer schlimmere Geldnöte geriet, fragte er in seiner Verzweiflung am 20. März 1585 den im Kristall erschienenen Engel Levaniel nach der Bereitung des Steins der Weisen. Der Engel antwortete zwar sofort, seine Auskunft war aber trotz einer von Dee 1584 verfassten Schrift über die Kommunikation mit den Engeln und einer beigegebenen Übersetzung des Henochischen ins Englische nicht zu entschlüsseln. »Audcal ist Gold; Diasod ist Schwefel; nimm also Lulo von roten Roxtan. Roxtan ist guter reiner Wein an sich; Lulo ist seine Mutter. Lulo ist Weinstein von Rotwein; diesem muss Quecksilber hinzugefügt werden. Darr ist in der Sprache der Engel der wahre Name des Steins.“
Nach Dees Rückkehr nach England hatte er als Präfekt des Kollegs in Manchester ein Unterkommen und auch bis zum Tod seiner Gönnerin Elisabeth I. im Jahr 1604 eine kleine Pension.
Der hexengläubige König Jacob I. entzog Dee, dessen Engelmagie er für Teufelsbeschwörung hielt, die Pension, so dass er nach Mortlake zurückgehen musste, wo Alter, Krankheit und Armut sein Leben verbitterten.
In einer letzten »Action« am 7. September 1607 manifestierte sich in seinem Zauberspiegel der Engel Raphael und versprach, ihn bald die Bereitung des Steins der Weisen zu lehren und ihm auch die tiefsten Geheimnisse Gottes zu offenbaren. Nicht lange danach starb Dee und –wie sein Biograph Kurt Kiesewetter es treffend ausdrückte – »gesellte sich zu seinen Geistern«.