Der Begriff Sekten (lat. secta, von sequi = nachfolgen) spiegelt die Auseinandersetzung von Kirchen und Religionen mit dissidierenden Minderheiten wider, die als häretisch und illegitim beurteilt werden und ihrerseits den Mutterorganisationen häufig die Legitimität absprechen. In diesem Wortsinn kann man von hinduistischen und buddhistischen Schulen oder Traditionen, nicht aber von Sekten sprechen, während islamische Gruppen, die ausserhalb des Konsenses stehen, als Sekten bezeichnet werden können.
Gegenwärtig haben es die grossen Kirchen nicht nur mit aus ihrer eigenen Mitte entstandenen Sekten und Sondergemeinschaften sowie Freikirchen zu tun, sondern auch mit esoterisch-gnostischen Bewegungen (z. B. Theosophie), synkretistischen Neureligionen (Mormonen, Vereinigungskirche) und missionarisch gewordene Traditionen verschiedener Weltreligionen (Neureligiöse Bewegungen); die katholische Kirche in Lateinamerika auch mit pfingstlerischen und fundamentalistisch-evangelikalen Gruppen („protestantische Sekten"). Der Sekten-Begriff reicht weder zur Beschreibung noch zur Bewältigung des vielfältigen religiösen Pluralismus aus.
Die Sekten des 19. und 20. Jahrhunderts haben sich aus dem Dissens über wichtige theologische Probleme entwickelt:

1. das Problem von Parusie und Millennium, oft verbunden

2. mit der Suche nach der wahren Gestalt der Kirche, speziell der endzeitlichen Gemeinde (Adventismus, Zeugen Jehovas), oder

3. mit der Frage nach dem kirchl. Amt (Alt- und Neuapostolische, Mormonen);

4. die Frage nach der Wirksamkeit des Geistes, beskonders in individueller Heiligung und Heilung (Pfingstbewegung) und

5. nach gegenwärtigen Selbstkundgaben Christi bzw. der jenseitigen Welt (Neuoffenbarungs- und spiritistische Gruppen).

Dabei werden oft in den Kirchen vernachlässigte Teilwahrheiten einseitig herausgestellt oder mit fremden Elementen vermischt. Die freie Entfaltung von Sekten unter dem Schutz der Religionsfreiheit fordert von der Kirche eine deutliche Abkehr von früheren Methoden der Ketzerbekämpfung und eine pastorale Strategie, die neben den geistlichen auch kulturelle und soziale Ursachen der Sekten-Bildung berücksichtigt.