Der Name dieser jüdischen Religionspartei, nach Flavius Josephus (Bellum II 8,14) „erste Philosophenschule", leitet sich her vom hebräischen Verb parag, im Alten Testament „genau Bescheid geben", mittelhebräisch „sich absondern" und bedeutet entsprechend „die Genauen (in der Tora-Befolgung)", eher „die Ausgesonderten" im Sinne von „Heilige, Fromme" oder „die Abgesonderten" im Sinne von „Separatisten". Für die letztere Deutung spricht die innere Organisation der Pharisäer in abgeschlossenen „Bruderschaften", obwohl sie sich für das ganze Volk als verantwortlich betrachteten.
Die Partei der Pharisäer hat ihre Wurzel in der nachexilischen Laien-Schriftgelehrsamkeit, war in der Makkabäerzeit Teil der antihellenistischen Bewegung der liasidim und hat sich spätestens unter dem Hasmonäer Jonatan (wegen seiner Usurpation des Hohenpriesteramtes) im Zuge einer Aufspaltung dieser Bewegung wie die apokalyptisch orientierten Essener und die torazentrierten Sadduzäer verselbständigt. Unter Johannes Hyrkan (135-104 v.Chr.) wegen ihres Eintretens für die rituelle Reinheit (vgl. Lev 21, 13 ff.) massiv bedrängt, in der Folgezeit durch Alexander Jannai verfolgt, stiegen sie erst unter Salome Alexandra (76-67 v. Chr.) zur dominierenden Partei auf und beherrschten das Synhedrion (Simon ben Schetach). Die Pharisäer gewannen bedeutenden Einfluss auf das Volk, den sie als politische Stärkung gegenüber den Hasmonäern auszuwerten verstanden; sie richteten (nach hellenistischem Vorbild) Schulen ein, setzten eine gewisse Schulpflicht für Kinder durch und erreichten sogar eine toraorientierte Neuordnung des Tempelrituales. Danach gerieten sie lange Zeit gegenüber den Sadduzäern ins Hintertreffen, um erst unter Agrippa I. (41-44 n. Chr.) wieder grösseren Einfluss zu gewinnen. Unter Herodes I. zwar politisch machtlos, gelang ihnen doch die Grundlegung der beiden bedeutenden rabbinischen Schulen um Hillel und Schamai. Politische Zurückhaltung (Kontakte mit der römischen Besatzungsmacht) und Ablehnung der Gewalt (im Gegensatz zu den Zeloten) sicherten ihnen im Jüdischen Krieg das Überleben. In der Folgezeit spielten sie die entscheidende Rolle in der Reorganisation des Judentums und schufen somit als Vorläufer der Tannaiten eine Kontinuität zwischen Frühjudentum und dem Judentum der talmudischen Zeit, weil es ihnen gelang, den verlorenen Tempelkult durch Tora-Gehorsam und Werksfrömmigkeit zu ersetzen. Die pharisäisch-rabbinische Komponente erwies sich schliesslich als zukunftsbestimmende Leitlinie für das Judentum bis ins 18. Jh. Entsprechend ihrer basidischen Herkunft betonten die Pharisäer den unbedingten Tora Gehorsam, hielten aber im Gegensatz zu den Sadduzäern auch die mündliche Väterüberlieferung und die pharisäische Tora Auslegung (Halakha) für verbindliche Traditionen. Auf diese Weise gewannen sie als Schriftgelehrte in den Synagogen grosse Bedeutung und relativierten damit den - wesentlich von den Sadduzäern getragenen - Tempelkult zugunsten des Synagogengottesdienstes. Trotz strengster Tora-Observanz akzeptierten sie eine anthropozentrisch orientierte Kompromissbereitschaft (vgl. Sabbatregelung), denn der Mensch galt ihnen zwar als frei und verantwortlich für sein Tun, seine Existenz wurde jedoch auch wesentlich mitbestimmt durch ein unkontrollierbares Schicksal. Daraus leiteten die Pharisäer auch ihre Forderung nach einer sorgfältigen und milden Rechtsprechung ab. Sie akzeptierten die apokalyptische Geschichtsauffassung, die Messiaserwartung, den Glauben an die Auferstehung der Gerechten und an die Unsterblichkeit der Seele, andererseits aber vermieden sie die apokalyptisch gespannte Naherwartung der Essener und der frühen Urkirche. So galten sie bei den jüdischen Parteien als Heuchler und Kompromissler, ein Bild, das auch durch das Neue Testament nicht dementiert und auch zum Gegenstand pharisäischer Selbstkritik wurde. Das Negativbild ist jedoch wesentlich durch die Situation der Auseinandersetzung bedingt und führt zur Verzerrung der objektiven Wirklichkeit der Pharisäer, die als kompromissbereite Realpolitiker einzig das Überleben des Judentums zum Ziel hatten. Sorge um Tradition und Überlieferung, aber auch eine gewisse missionarische Verpflichtung den Juden in der Diaspora gegenüber führte zu einer doppelten Absicherung der Tora: Einerseits legten sie durch Midraschim und Halakha einen „Zaun um die Tora" (Abot 1, 1), andererseits sorgten sie für die Fixierung des hebräischen Kanons (ca. 100 n.Chr., Synode von Jamnia), der ebenfalls Züge eines Kompromisses trägt (Voranstellung der Tora, Aufnahme prophetischer Bücher und der Schriften [gegen die Sadduzäer], Ausklammerung apokalyptischer und hellenisch geprägter Schriften).
Für das Neue Testament, näherhin für die lukanische und paulinische Tradition, war der Pharisäismus z. T. (Betonung der Verbindlichkeit der Schrift, Messiaserwartung, Auferstehungsglaube usw.) akzeptabel, überwiegend jedoch wurden die Pharisäer als Gegner Jesu negativ gezeichnet. Vor seiner Bekehrung war Paulus Pharisäer hillelitischer Prägung.