In der Kirche ist bereits anfanghaft verwirklicht, was als Ziel noch aussteht. Dieses Schon entstammt nicht dem Vermögen des Menschen, sondern es ist der Kirche durch das Tun Jesu eingestiftet, der in der Kraft seines Geistes bei seinem Volk bleibt. Insofern ist die Kirche ein Mysterium, ein Geheimnis. Geheimnis bezeichnet dabei in erster Linie nicht eine Wirklichkeit, die sich unserer Erkenntnis entzieht und die nicht kritisch geprüft werden dürfte. Geheimnis bedeutet im Sinn der Bibel vielmehr den ewigen Heilsratschluss Gottes, der in der Geschichte durch Jesus Christus verwirklicht wird und der im Heiligen Geist durch die Kirche, bes. durch ihre Verkündigung und ihre Sakramente, vergegenwärtigt wird. Die Kirche ist Geheimnis, Weil in ihr der Heilswille Gottes Gestalt findet.
Die Aussage des Vatikanum II von der Kirche als Geheimnis richtet sich gegen ein primär institutionelles oder soziologisches Kirchen-Verständnis. Kirche ist nicht allein ein Zusammenschluss von Menschen, die den gleichen Glauben haben und darum gemeinsame Ziele verfolgen. Sie ist aber ebensowenig primär eine hierarchisch gegliederte Institution, in der Vollmacht und Glaubenserkenntnis allein über das Amt vermittelt würden. Ein ausschliesslich basisdemokratisches Modell ist ebenso ausgeschlossen wie ein ausschliesslich hierarchologisches Denken. Kirche ist vielmehr Mysterium, weil in ihr in der Kraft des HI. Geistes die Dynamik der Auferstehung bereits vorweg verwirklicht ist.