Freikirche ist im Protestantismus ein junger Begriff. 1843 kam es zum Bruch mit der etablierten reformierten Church of Scotland aus Protest gegen Patronatsrechte zuungunsten des (Veto-)Rechts der Gemeinde. 200 Pastoren verliessen die Generalversammlung und gründeten die Free Church, zu der insgesamt 470 Pastoren übertraten. Auch in der Schweiz entstanden im Gefolge des Reveil autonome Freikirchen (eglise libre, eglise independente). In reformierter Tradition war man unbefangen, das Wort Kirche (church, eglise) auf sich zu beziehen.
Das wagten in England die seit dem 17. Jh. bestehenden Abweichler nicht. Sie bezeichneten sich als association, society u. dgl. und trafen sich in einer chapel oder einem meeting house. Beim Auftreten der Freikirchen in Deutschland seit Mitte des 19. Jh. lässt sich Gleiches beobachten: Die Freikirchen bilden „Gemeinden"; Gottesdienste finden in „Kapellen" statt. Zu „verkirchlichen" ist Anzeichen des Verfalls. Kirche war reserviert für die etablierte Kirche. Alle von ihr abweichenden waren „Separatisten", „Dissenters", „Nonkonformisten" oder „Sektierer". Erst 1892 bildeten in England die Freikirchen ein National Free Church Council und erhoben so den Anspruch, neben der Kirche von England auch Kirche zu sein.
Das zeigt: Freikirche ist zunächst ein Strukturbegriff. Kirche soll vom Staat oder anderer Bevormundung „frei" sein. Damit geht die Ablehnung des Territorialprinzips einher. Als Staats-, Landes- oder Volkskirche ist Kirche nicht denkbar. Kirchl. (Zwangs-)Uniformität wird zugunsten eines kirchlichen Pluralismus abgewiesen. Ausserdem soll klerikalen Machtansprüchen gewehrt werden.
Als Vorläufer der Freikirchen kann man die Täufer der Reformation (Mennoniten, Huttetische Brüder) bezeichnen. Im 17. Jh. entstanden in Opposition zur Kirche von England und trotz vieler Repressionen Presbyterianer, Kongregationalisten, Baptisten und Quäker. Im Act of Toleration (1689) erhielten sie Entfaltungsmöglichkeiten, doch waren ihre Mitglieder bis 1828 von bürgerlichen Ämtern ausgeschlossen, und erst das University Test Act (1871) verschaffte ihnen Zugang zu den Universitäten. Obwohl nicht in der Absicht des Grafen Zinzendorf (1700-1760) und des Erweckungspredigers John Wesley (1703-1791), bildeten sich der Methodismus und die Moravian Church als Freikirchen aus. Als Freikirchen des 19. Jh. lassen sich nennen: die Heilsarmee (aus dem Methodismus), die Freien ev. Gemeinden, der Darbysmus, der Adventismus und die Pfingstund Heiligungsbewegung (z. B. Assembly of God, Kirche des Nazareners).
„Frei" zu sein bedeutet auch, dass die Freikirchen in der freiwilligen Zugehörigkeit zu Jesus Christus als Haupt der Gemeinde, in der Durchführung des Missionsbefehls, in verantwortlicher Haushalterschaft (oft 10% des Einkommens), in Entscheidungen auf der Grundlage des Konsenses der ganzen Gemeinde (Priestertum aller Gläubigen) und in der Kirchenzucht Züge der wahren Apostolizität von Glauben und Kirchenordnung sehen. Die Strukturfrage wird gestellt, um diese Inhalte nicht zu gefährden.
Aus diesen theol. Ansätzen folgt u. a. die politische Forderung, zwischen religiösem und bürgerlichem Gehorsam zu unterscheiden. In der amerik. Republik wurden die Experimente des Baptisten Roger Williams (1603-1683) und des Quäkers William Penn (1644-1718) Allgemeingut, als mit dem First Amendment zur Verfassung Gewissens- und Religionsfreiheit (zu unterscheiden von Toleranz) eingeführt wurden; der Staat entliess die Religion aus seinen Hoheitsaufgaben. Damit wird bes. der nordamerik. Kontinent Heimat des Freikirchentums und für dieses zu einem einzigen Missionsfeld. In den USA sind alle christl. Kirchen, auch die röm.-kath. und die orth. Kirchen, „freikirchlich" strukturiert. Die eigentlichen Freikirchen suchen neue Wege (z. B. believe church) und setzen sich verstärkt für Religionsfreiheit ein mit Folgen wiederum hin zum II. Vatikanum (J. C. Murray): Nicht zuletzt die Freikirchen bewirken die Vielgestaltigkeit der Ökumene. Aus ihrem Denken entstammen die branch theory und die Überwindung der europ. Unterscheidung von „Kirche" und „Sekte" zu dem wertneutralen Begriff „Denomition". Als wesentliche Träger der Mission im 19. und 20. Jh. wurden die Freikirchen strukturell zu Vorbildern für die sog. Jungen Kirchen. Aus den Freikirchen kamen wichtige Impulse zur Gründung von Weltbünden auch für die ökumen. Bewegung. Die erweisen sich gegenüber unterschiedlichen politischen Systemen als durchsetzungsfähig.
In Deutschland entstanden ausser der „klassischen" Freikirchen noch sog. „konfessionelle" Freikirchen (Altlutheraner, Altreformierte, Altkatholiken). Diese sind jedoch nicht in der seit 1926 bestehenden Vereinigung Evangelischer Freikirchen.