„Autonomie" und „Theonomie" bezeichnen die ethisch radikalisierte Grundfrage nach der Stellung des Menschen vor Gott. Vom gemeinsamen Bedeutungsmoment (Nomos = Gesetz) her verstanden, geht es in der Frage von Autonomie und Theonomie nicht einfach um Probleme persönlicher Selbstverwirklichung individueller Lebensgestaltung oder subjektiver Selbstsetzung, sondern um das Problem sittlicher Ordnung und ihrer Begründung. „Autonomie" ist ein urspr. politischer Begriff, der sich in der Antike auf die Freiheit griech. Stadtstaaten vor äusserer und innerer Fremdbestimmung bezog. Der Gedanke der Gesetzgebungsgewalt prägt auch das neuzeitliche Autonomieverständnis. In der Aufklärung bezeichnet „Autonomie" das höchste Vermögen des Menschen, nämlich durch die Vernunft der Welt seine Gesetze aufzuerlegen. Durch den übertragenen Gebrauch von „Autonomie" im Sinne eines philosophischen Begriffs gewinnt nun die Frage nach der sittlichen Ordnung ihre eigentliche Schärfe. Wo der Autonomieanspruch zum Verfügungswillen des Menschen über sich und seine Welt wird, der kein höheres Gesetz über sich anerkennt, tritt er in Gegensatz zu jeder Form von Theonomie und ersetzt den Glauben an Gott durch den Glauben an sich selbst. Ein solches Freiheitsverständnis aber wäre präziser als Autarkismus bzw. als der „Empörungsglauben des Autonomismus" zu verstehen, der im Selbstvollendungswillen des Menschen Grund und Ziel sucht.
Die mit den Begriffen von Autonomie und Theonomie bezeichnete Problematik wird erst dort in vollem Umfang deutlich, wo der Mensch als Sittlichkeitswesen betrachtet wird, dessen letzter Bestimmungsgrund weder das Höchstmass individueller Bedürfnisbefriedigung noch die Bewährtheit sozialer Regulative, sondern das uneingeschränkte Gute ist. Sich an der Idee des uneingeschränkt Guten zu orientieren ist keine Aufgabe, die in das Belieben des Menschen gestellt ist, sondern verpflichtender Anspruch verantwortlicher Lebensführung überhaupt. Die Frage nach „Autonomie" und „Theonomie" ist von daher als Frage nach „sittlicher Autonomie" und „Theonomie" zu bedenken.
„Theonomie" bezeichnet in allg. Weise die „Gottesgesetzlichkeit" aller Wirklichkeit und ihrer Ordnungen. Dies ist sowohl als die radikale Verschiedenheit der Transzendenz Gottes gegenüber der Welt wie auch als die Abhängigkeit der Welt von einem akosmischen Prinzip zu verstehen. Der spezifische Vorstellungsgehalt von „Theonomie" freilich ergibt sich erst aus der jeweiligen Gottesvorstellung der Religion. Das Christentum geht hierbei von der Überzeugung aus, dass radikale Abhängigkeit von Gott als transzendentem Schöpfer zugleich echten Selbstand der Welt vor Gott bedeutet. Von der bleibenden Verwiesenheit aller Wirklichkeit auf Gott hin gedacht, umfasst „Theonomie" auch die sittlichen Lebensordnungen des Menschen. Die besondere Stellung des Menschen in der Schöpfung spiegelt sich darin im besonderen Selbstand des Menschen als Ebenbild Gottes (Gen 1,27; ‚Gottebenbildlichkeit) bzw. vom islam. Verständnis her als Statthalter Gottes auf Erden (Koran 2,30) wider. Als in "Freiheit erschaffenes Wesen ist seine Verwiesenheit auf Gott zugleich ein Auftrag, die kreatürliche Abhängigkeit ein unbedingter Anspruch, das Gute zu tun, das Böse zu vermeiden. Die spezifische Problematik von sittlicher Autonomie und Theonomie ergibt sich dann aus der Frage, inwieweit dieser Anspruch, das Gute zu tun, von vornherein auch mit einer bestimmten gottgewollten sittlichen Ordnung verknüpft ist, der der Mensch in Gehorsam zu entsprechen hat, sei es in Form positiv geoffenbarter Gebote, sei es in Form einer an der Wesensnatur erkennbaren Schöpfungsweisheit Gottes. Wo immer die Theonomie mit einer inhaltlich konkreten Sollensordnung verbunden wird, begegnet sie im Prinzip als eine fremdgesetzte Ordnung, die vom Menschen unbedingte Unterwerfung verlangt. Die Problematik einer solchen Konzeption von Theonomie liegt nicht nur in der Erkennbarkeit und authentischen Interpretation dieser Ordnung, sondern auch in der Gefahr einer Übersteigerung des theonomen Grundprinzips zum voluntaristischen - d.h. allein in der absoluten und rational unzugänglichen Willensfreiheit Gottes begründeten -Verständnis des sittlich Guten.
Sittliches Handeln aber ist Handeln aus Einsicht und kann nur in dem Masse uneingeschränkt gut sein, als es sich der freien Anerkennung auch der Vernunftgemässheit des zu Tuenden verdankt. Die Vernunftgemässheit des Sittlichen ist zugleich die Unbedingtheit des Guten, das aus dem Herzen kommt. Diese Dimension des Guten kann aber nicht wie ein Objekt spekulativ-theoretisch erkannt werden, sondern erschliesst sich nur der Weise praktischer Bejahung. Die Idee sittlicher Autonomie ist der kühne Versuch, die Theonomie aller Ordnung in ihrer Qualität des uneingeschränkt Guten gerade dadurch zu erschliessen, dass sie sie als Verantwortung des Mensch, für die sittliche Ordnung, theologisch aktive Teilhabe an der Vorsehung Gottes selbst interpretiert. In diesem Sinn ist es die Theonomie, welche die sittliche Autonomie ermöglicht, und die sittliche Autonomie ist der Weg zur Erfüllung der Theonomie.