Die babylonisch-assyrische Religion ist, wie auch andere Bereiche von Kultur und Zivilisation im Zweistromland, ein Ergebnis der gegenseitigen Assimilierung des allmählich die südliche Hälfte des späteren Babylonien durchdringenden semitischen Volkes der Akkader mit dem dort ansässigen, weder ethnisch noch sprachlich verwandten Volk der Sumerer. Dieser Prozess, der bereits vor der Mitte des 3. Jahrtausends begonnen hat und gegen Anfang des 2. Jahrtausends sein Ende fand, brachte eine Mischkultur akkadischer Sprache hervor, in der sich in religiöser Hinsicht ein beachtlicher sumerischer Einfluss erhielt, wenn dieser auch im Laufe der weiteren Entwicklung zurückgedrängt wurde, da das semitische Verständnis der Religion von dem sumerischen in manchem abwich. Einen Begriff vom Beharrungsvermögen des sumerischen Erbes vermittelt uns der Umstand, dass die sumerische Sprache in den Tempeln - wenn auch in verwilderter Form - bis zum Ende der Keilschriftüberlieferung (d. h. um die Zeitenwende) als Kultsprache gepflegt wurde. Das nordwestliche von Babylonien am Tigris gelegene, sprachlich und kulturell mit Babylonien verbundene Assyrien übernahm weitgehend die von der kultischen Tradition in Babylonien geprägten Anschauungen.

Die religiöse Entwicklung innerhalb Babyloniens lässt sich in zwei Abschnitte teilen:

Die altbabylonische Zeit vom Sturz der sumerischen 3. Dynastie von Ur bis zum Ende der 1. Dynastie von Babylon, also ca. 2003-1594. Während des grösseren Teiles dieses Zeitraumes, bis rund 1700, wurde das Sumerische als Schriftsprache noch eifrig gepflegt und sind ältere literarische Texte kopiert worden, unter denen sich sumerische Göttermythen befanden. In altbabylonischer Zeit entstanden auch die ältesten uns bekannten Epen bzw. Mythen in akkadischer Sprache, wie der altbabylonische Gilgames-Zyklus und die altbabylonische Fassung des Atrambasis-Epos.

Die Zeit von der Eroberung Babylons durch den Hethiterkönig Mursili 1. (1594) und der nicht lange danach erfolgten Installierung der Kassitendynastie bis zur Einnahme der Stadt unter Kyrus (1539), die das Ende der babylonischen Eigenstaatlichkeit bedeutete. Die erste Hälfte dieser Epoche war zeitweilig literarisch recht fruchtbar, die zweite vorwiegend reproduzierend und sammelnd. Diese 2. Epoche ist gegenüber der altbabylonischen Zeit von grösserer religions-geschichtlicher Bedeutung und liefert hinreichend Quellenliteratur. Ein während der kassitischen Periode in Babylonien zu beobachtendes Phänomen ist eine auffallende Verstärkung des persönlichen Sündenbewusstseins, d. h. des Wissens oder der Ahnung, sich gegenüber Göttern oder Menschen in Schuld verstrickt zu haben. Dieses Bewusstsein scheint den sumerischen religiösen Begriffen noch fremd gewesen zu sein oder nicht in dem Masse entwickelt wie in der semitischen Vorstellungswelt. Diese tritt uns bereits im altbabylonischen Atramhasis-Epos in den Worten vor Augen, die der Gott Ea an den Gott Enlil, den Hauptverantwortlichen der Sintflut, richtet: „Lege dem Sünder deine Strafe auf und (dem) wer immer deine Befehle missachtet!" als Alternative zu der Gute und Böse gleichermassen ausrottenden Sintflut. Gegenüber dem verstärkten Sündenbewusstsein des Menschen stand auch eine höhere Auffassung vom Wesen der Götter, die erhaben, gerecht und von jeder Verfehlung frei ihren Aufgaben der Regierung des Universums nachgingen. Dieses neue Gottesverständnis vertrug sich nicht mehr mit den sumerischen und gewissen altbabylonischen Mythen, in denen die Götter in ihren Verhaltensweisen zuweilen allzu menschlich geschildert waren. Die Folge war eine Kanonisierung des überkommenen religiösen Überlieferungsguts, bei der alle nicht mehr tragbaren Texte ausgeschieden wurden. Die Kanonisierung scheint um das Jahr 1300 beendet gewesen zu sein.
Die neue Sicht des menschlichen Lebens brachte eine schwer lösbare Problematik mit sich. Sünden oder kultische Übertretungen konnten auch unbewusst begangen werden und man fragte sich grundsätzlich, was Sünde war und wo sie begann. Der einzige bisher bekannt gewordene Text, welcher eine grössere Zahl von Anweisungen im Hinblick auf diese Frage liefern konnte, ist der Sündenkatalog in der 2. und 3. Tafel der Beschwörungsserie „Surpu" („Verbrennung"). Fest stand jedoch die Überzeugung, dass sich die Gottheit, in erster Linie der sich für das Wohl des Menschen einsetzende persönliche Schutzgott, im Falle einer Versündigung abwendete und der nun schutzlos Gewordene sich den bösen Mächten, in erster Linie den durch Dämonen personifizierten Krankheiten, ausgeliefert sah, m.a.W., dass Krankheit Sündenschuld war. Der Zustand der Gottesferne konnte durch Anrufung der Gottheit, Schuldbekenntnis und Bitten um Vergebung überwunden werden. War diese erreicht, war auch der Weg zur Vertreibung der Krankheitsdämonen frei.
Nicht selten musste der Mensch des Zweistromlandes jedoch die Erfahrung machen, dass er trotz eines in seiner Sicht sündenfreien Lebens von Unglück oder Krankheit verfolgt war, während sich offensichtlich sündhafte Mitmenschen eines glücklichen Daseins erfreuten. In dieser Lage konnten ihn Zweifel an der Gerechtigkeit der Gottheit überkommen. Als Ergebnis derartiger Überlegungen sind uns zwei babylonische Texte erhalten, von denen der erste wahrscheinlich dem 12. Jh. entstammt und nach den Anfangsworten „Ich will preisen den Herrn der Weisheit" benannt ist, der zweite von uns den Namen „Babylonische Theodizee" erhielt und um 800 entstanden sein dürfte. Im ersten Text beklagt ein Dulder sein ihm trotz eines gottgefälligen Lebens unbegreifliches Schicksal, findet aber bei Marduk wieder Gnade, nachdem er erkannt hat, dass die Pläne der Gottheit Sterblichen verborgen sind. Das gleiche sucht im zweiten Werk, das die Form eines Zwiegesprächs hat, der Freund eines Leidenden diesem verständlich zu machen. Beide Dichtungen halten daran fest, dass der Mensch sich der unergründbaren Weisheit der Götter zu unterwerfen habe.
Auf eine gänzlich andere Ebene führt ein wahrscheinlich an den Anfang des 1. Jhrtausends zu setzenden Text, in dem ein Sklave seinen ständig unschlüssigen Herrn bei den von diesem geplanten Handlungen zunächst im positiven, danach im negativen Sinne bestärkt. Der Sklave gibt in letzterem Sinne zu bedenken, dass durch ein Opfer der Gott nur angeleitet werde, wie ein Hund hinter dem Menschen herzulaufen und alles mögliche zu verlangen und macht seinem Herrn den Vorschlag, über die Trümmerhügel zerstörter Städte zu wandern, an den Schädeln der Toten zu ergründen, wer ein guter und wer ein schlechter Mensch gewesen sei, und gibt schliesslich den Rat, freiwillig aus dem Leben zu scheiden. Der offenbar ziemlich häufig kopierte Text zeigt, was zu seiner Zeit neben der offiziellen Religion an Freigeisterei möglich war.