Der Ahnenkult ist dort, wo er auftritt, von unmittelbarer theologischer Relevanz für das Christentum. Die Missionswissenschaft hält die Christianisierung (Kontextualisierung) des Ahnenkults für lebensnotwendig. Hierfür gibt es seitens der Kirchen aber noch keine befriedigende und umfassende Bearbeitung oder Lösung. Die Betroffenen wenden sich jedoch mit Nachdruck dagegen, dass man von Ahnen-„Kult" spricht; man ist der Auffassung, dass der Begriff der „lebensnotwendigen Partizipation" besser wäre.
Im Alten Testament war der Ahnenkult mit dem Glauben an Jahwe unvereinbar und streng verboten. In dieser Tradition lehnten die Missionare den Ahnenkult ab und griffen ihn als Magie, Idolatrie oder Polytheismus an (mit wenigen Ausnahmen, z. B. der Jesuitenmission in China, was aber zum sog. Ritenstreit führte). Man verwechselte Ahnen- und Geisterglauben. Der Ahnenkult wurde von den katholischen Missionaren dogmatisch im Lichte des 1. Gebotes (Du sollst keine anderen Götter neben mir haben!) beurteilt, moralisch aber dem 4. Gebot (Du sollst Vater und Mutter ehren!) gegenübergestellt und galt als Hindernis bei einer Bekehrung. Alle bisherige Ablehnung des Ahnenkults und auch die zunehmende Urbanisierung vermochten ihn jedoch nicht zu erschüttern und werden es kaum vermögen, denn der Ahnenkult ist der wichtigste Exponent der Tradition. Die offizielle Haltung der katholischen Kirche zum Ahnenkult ist in den römischen Entscheidungen über die chin., jap. und malabar. Riten sowie die Ehre, die dem Konfuzius erwiesen wird, dargestellt. Der chinesische Ritenstreit ist bezüglich des Ahnenkults zum Paradigma geworden. Clemens XI. („Ex illa die" 1715) und Benedikt XIV. („Ex quo singu lari", 1742) verboten die chinesischen Riten. Die Kongregation für die Evangelisation der Völker, vormals „Propaganda Fide", erlaubte erst 1935/36, die Ahnentafeln aufzustellen und unter bestimmten Bedingungen auch Verneigungen vor ihnen. Heute werden z. B. am chinesischen Neujahr eigene kirchliche Zeremonien zur Verehrung des Himmels und der Ahnen vorgenommen und gefördert. In Afrika und Ozeanien werden die Ahnen bei wichtigen Festen in Gedenken und Gebet einbezogen (Begräbnis, Allerseelen). Die Kontroversen um die Riten ermöglichten es, in der katholischen Kirche Prinzipien und Handlungsnormen zu entfalten, auf die sich jedoch das afrikanische Schrifttum zu diesem Thema kaum bezieht. Die röm.-kath. Kirche unterscheidet zwischen Akten, deren Ziel es ist, einen religiösen Kult auszuüben, und der Ehrerbietung, die man berühmten Persönlichkeiten (Ahnen) schuldet und die als bürgerlicher Akt eingeschätzt wird. Hier zeigt sich aber die Kluft zwischen einer ethnologischen bzw. religions-wissenschaftlichen und einer theologischen Interpretation des Ahnenkults. Die Grenzen zwischen Kult und Verehrung sind schwer zu ziehen, und die Tendenz zum Synkretismus ist stark. Die Kirche muss berücksichtigen, wie die mit dem Ahnenkult verbundenen Handlungen im jeweiligen Kontext verstanden werden. Wenn Verbindung mit den Ahnen darin besteht, dass die Gemeinschaft zwischen den Gliedern einer Familie durch den Tod nicht zerstört wird, sondern über ihn hinaus fortbesteht, dann widerspricht hierin nichts dem christlichen Glauben. Im allgemeinen gilt hier die Haltung der katholischen Kirche zu den nichtchristlichen Religionen nach dem II. Vatikanum (Nostra aetate, Ad gen Evangelii nuntiandi, Africae terrarum). Der Ahnenkult nimmt jedoch jeweils komplexe Formen an und beinhaltet auch mit dem Christentum unvereinbare Elemente. Theologie und Liturgie bemühen sich im Geiste des Dialogs, den Ahnenkult mit dem christlichen Glauben zu versöhnen (dabei ist die theologische Reflexion über den Ahnenkult besonders in Afrika lebendig).
Grundsätzlich lassen sich in der Frage des Ahnenkults folgende theol. Richtungen feststellen:
Eine umstrittene ekklesiologische Antwort gründet auf dem Begriff der „lebensnotwendigen Partizipation". Der Ahnenkult wurzelt in dem Verhältnis zwischen Lebenden und Toten; auch die Kirche ist eine Gemeinschaft der Lebenden und Toten, was vor allem in der Heiligenverehrung zum Ausdruck kommt. So lässt sich der Ahnenkult mit der katholischen Lehre über die Gemeinschaft der Heiligen vereinbaren. Die Lebenden und Toten bilden eine enge Gemeinschaft (communio), und die Gemeinschaft der Heiligen schliesst die Gemeinschaft mit den Ahnen ein. Christologisch hat man versucht, den Ahnenkult im Umfeld einer Versöhnungslehre zu behandeln. Der Ahnenkult kann eine „memorativ-narrative Soteriologie" darstellen, denn Jesus hat sich mit den Ahnen guten Willens solidarisiert (descensus ad inferos), so dass sie ihren Lebensgrund und ihre Vitalität nur in ihm finden. D. h., obwohl sie nie von ihm gehört haben, sind sie in Christus entschlafen und haben Gemeinschaft mit ihm. Alle rechtschaffenen Ahnen sind in Christus geborgen und haben nur von ihm ihre Kraft für die Nachkommen. Der Ahnenverehrer kann demnach nur über Christus zu seinen Vorfahren beten und sie als Fürbitter anflehen. Der Ahnenkult ist somit ein Ausdruck der Solidarität im Corpus Mysticum jenes Christus, der allein die Zukunft ausmacht. Ein weiterer christologischer Versuch beruht auf dem Grundsatz, dass Christus durch Inkarnation und Erlösungstat der einzige Bruder und Ahn ist. Hierbei wird die Gemeinschaft der Heiligen, die, pneumatologisch gesehen, auch Ahnen sind, und die Bruderschaft der Menschen mit dem Erlöser als Grundlage des christlichen Ahnenkults betrachtet. Die heilige Messe wird als „Ahnenritual" gefeiert. Die Möglichkeiten, die den jungen Kirchen im Bereich des Pluralismus von Theologie und Liturgie heute geboten werden, ermöglichen Versuche im Bereich der Kontextualisierung des Ahnenkults. Jede Absicht aber, den Ahnenkult zu christianisieren, soll immer die kontextbedingten Gegebenheiten berücksichtigen. Das Problem des Ahnenkults scheint heutzutage mehr ein praktisches und persönliches Problem zu sein. Die Grenzen zwischen Kult und Verehrung sind immer noch schwer zu ziehen. Die Aufgabe der Ethnologen, Religionswissenschaftler, Missiologen und Missionare wäre es, das ganze Spektrum der Perspektiven auszuloten, das der Kontext des Ahnenkults eröffnet.