Der innerreligiöse Agnostizismus ist streng zu unterscheiden vom philosophischen, da in der Religion die Existenz einer letzten transzendenten Realität anerkannt wird; in Frage gestellt aber wird eine adäquate, im besonderen die rationale Erkenntnismöglichkeit der Transzendenz. Die mystische Erfahrung des Unnennbaren steht im Mittelpunkt eines solchen „Agnostizismus", wie er in den Einleitungssätzen des Tao-e-ching des Lao-tzu zum Ausdruck kommt: „Der Sinn (Tao) der sich aussprechen lässt, ist nicht der ewige Sinn. Der Name, der sich nennen lässt, ist nicht der ewige Name". Lao-tzu weiss nicht den Namen dessen, das er Tao nennt.
Eine analoge Bestimmung ist in der Atman-Brahman-Erfahrung der Upanishaden anzutreffen, wenn vom Atman gesagt wird, dass „(er) unfassbar, nicht gefasst (wird)" und dass, wenn alles zum Atman geworden ist, kein Erkennen eines anderen mehr möglich ist. In der Lehre Buddhas ist kaum insoweit von einem Agnostizismus gesprochen worden, als die Erörterung metaphysischer Probleme nicht die Erlösung zu bringen vermag.
- Die Begegnung zwischen europäischer Philosophie bzw. christlicher Theologie und den fernöstlichen Religionen wird zu einer Modifizierung des Begriffs führen müssen, insofern die kenntnistheoretische Verengung aufgebrochen werden muss zu der umfassenderen Erfahrung, dass nicht Rationalität und Empirismus die letzten Kriterien der Erfassung der geschaffenen, geschweige denn der unerschaffenen Realität zu sein vermögen.