Im theologischen Verständnis wird mit dem Begriff Agnostizismus im besonderen jene Auffassung bezeichnet, für die Gottes Dasein durch die menschliche Vernunft prinzipiell nicht erkennbar sei; solcher Agnostizismus wird in herkömmlichen Handbüchern als eine Form des Atheismus aufgezählt. Ein sehr spezifischer Begriff von Agnostizismus liegt der lehramtlichen Verurteilung des Modernismus zugrunde, wonach die Kraft der menschlichen Vernunft nur auf die Phänomene beschränkt bleibt, die sie nicht überschreiten könne.