Einer der grössten Physiker der Neuzeit, befasste sich nicht nur mit naturwissenschaftlichen Fragen, sondern auch mit esoterisch-theologischen Studien und im geheimen auch mit Alchemie. In seinen »Quaestiones« 30 und 31 gibt Newton der Meinung Ausdruck, dass von der Hypothese einer prinzipiell einheitlichen und nur durch die Gruppierung der Bausteine verschieden erscheinenden Materie ausgehend die Körper elementar verwandelt werden könnten, vielleicht sogar in Licht und Kraft. Auch die Verwandlung unedler Metalle in Gold hielt Newton aus diesem Grund für möglich. John Maynard Keynes weist in einer biographischen Studie, 1946 vorgetragen, darauf hin, dass Newton gerade in der Zeit, in der er die »Principia« verfasste, intensiv mit alchemistischen Problemen beschäftigt war, wobei es ihm vorwiegend um die Rekonstruktion der traditionellen Überlieferungen ging, wesentlich weniger um Experimente im naturwissenschaftlichen Sinn. Darüber ist »eine ungeheure Menge von Niederschriften« erhalten, »durchaus magischer Natur«. Mit alchemistischen Experimenten befassten sich auch Newtons Zeitgenossen Robert Boyle und John Locke. Newton interessierte sich »ausserdem für Prophetie und er formulierte Anmerkungen zum Buch Daniel und zur Apokalypse, Astrologie und Alchimie. Transmutation an sich hielt er für möglich, wenn man annehme, dass die Bausteine der Körper prinzipiell gleich seien, nur ihre jeweilige Zusammensetzung den phänomenalen Körper bestimme« W. F. Bonin 1978.