Deutscher Chemiker und Alchemist, einer alten holsteinischen Glasmacher- und Alchemistenfamilie entstammend, wirkte als Hofalchemist bei den Herzögen von Lauenburg, dann im Dienst des sächsischen Königs Johann Georg 11., ab 1679 für den »Grossen Kurfürsten« auf der »Pfaueninsel« bei Potsdam. Hier beschäftigte er sich vor allem mit der Glasmacherkunst; berühmt wurde Kunckel durch sein Goldrubinglas, des weiteren durch die Fabrikation von Amethyst- und Hyazinthglas und nach dem Tod seines Protektors, 1688, ging Kunckel nach Schweden, baute dort die Glaserzeugung aus, wurde Bergrat und erhielt 1694 sein Adelsprädikat. 1702 zog sich Kunckel auf seinen Landsitz in Livland zurück, wo er im Alter von 73 Jahren starb.
Es war ihm gelungen, zahlreiche chemische Prozesse für die Praxis auszubauen und zu verbessern, so etwa die Darstellung von Phosphor, die Ausfällung von Edelmetallen aus Lösungen mit Hilfe von Kupfervitriol und anderen Die paracelsische Theorie der drei Elemente, sal, sulphur und mercurius erhielt durch Kunckel einen schweren Schlag, als er das Fehlen von Schwefel in reinen Metallen und von Quecksilber in organischen Substanzen nachweisen konnte. Von seinen Schriften sind zu nennen: »Ars vitraria experimentalis oder Vollkommene Glasmachereikunst«, 1689; »Philosophia chymica«, 1694; »Laboratorium chymicum, Collegium physicochymicum experimentale«, 1716;»V curiöse chymische Tractätlein«, 1721; »Vollständige Glassmacherkunst«, 1785.
Im zweiten Band von Jöchers »Allgemeines Gelehrten-Lexicon«, Leipzig 1750, wird Kunckel folgendermassen charakterisiert: er »hatte nicht studiret, sondern nur die Apothecker Kunst erlernet, legte sich aber nachmals auf die Untersuchung der Metallen und Mineralien mit allem Fleiss, entdeckte darinne viel besonders, erfand einen Phosphorum mirabilem, und leuchtende Wunder Pillen, worüber er eines Plagii beschuldiget worden; verwarf die sogenannten principia chymica, vertheidigte hingegen unterschiedenes, so von andern unter die non-entia chymica gezehlet worden; gab die salia acida vor warm, die urinosa vor kalt aus, meinte, dass die acida in alcalia, und diese in jene könten verwandelt werden, suchte im Spiritu vini ein subtiles acidum zu behaupten. Wüste den innerlichen Gebrauch des rothen antimonii bey vielen desparaten Kranckheiten nicht genug zu rühmen, hielt unter des Alchymisten des Isaac Hollandum vor den redlichsten und aufrichtigsten Scribenten« etc. »Aus dem Umstand, dass sich Gold durch öfteres Schmelzen mit Salmiak sehr feurig färbt, während es durch Schmelzen mit Borax ausbleicht, schliesst Kunckel, dass das Gold künstlich verändert werden könne. Dagegen hatte Kunckel ein sehr scharfes Auge für Betrügereien, falsche Vorschriften alchymistischer Prozesse und die Albernheiten vulgärer Alchymisten, die er in dem Kapitel seines `Laboratorium chymicum' `Von der Thorheit der Chymicorum in ihrem Vorhaben' mit scharfer Satire durchhechelt. Kunckel ist ein durchaus ehrenwerter Charakter, der wissenschaftliche Entdecker des Phosphors und wahrscheinlich auch des Kaliums, das er durch Destillation des Chlorsilbers oder Chlorbleies mit Ätzkalk und Pottasche erhielt und für aus obigen Metallen erzeugtes Quecksilber hielt. Als Theoretiker bekämpfte Kunckel wie Boyle die Lehre von den drei alchymistischen Grundprinzipien«.