Einer der grössten Astronomen aller Zeiten, befasste sich teils aus Neigung, teils um dem allgemeinen Zeitstil der Sternkunde gerecht zu werden, nicht selten mit Astrologie. So veröffentlichte Keppler 1595 sein »Calendarium und Prognosticum« für die Zeit von 1591-99; interessanter ist seine nächste Publikation, »Prodromus dissertationum cosmographicum«, in dem Keppler versuchte, die »Sphären« der 6 Planeten in Beziehung zu den Formen der regelmässigen Grundkörper des Platon zu setzen. 1600 wurde Keppler als Hofmathematicus von Kaiser Rudolf Il. nach Prag berufen. Die astrologische Neigungen des Herrschers bewirkten, dass Keppler 1602 die Schrift »De fundamentis astrologiae certioribus« veröffentlichte, worin er sich bemühte, den von ihm vorausgesetzten wahren Kern der Astrologie genau zu definieren. Bekannt sind die Horoskope, die er für Rudolf 11., Wallenstein und andere Würdenträger berechnete und interpretierte. Geistesgeschichtlich überaus interessant ist Kepplers Werk »Harmonices Mundi Libri V«, wovon sich das 4. Buch ausführlich mit »Metaphysik, Psychologie und Astrologie« auseinandersetzt. »Das Schwergewicht liegt beim Erfassen der zusammenstimmenden Vielklänge. Von ihnen führt ein gebahnter Weg zu den Grundstimmen des Seelischen, wie sie sich verworren im niederen Triebleben durchdringen, im höheren Leben zum reinen Vielklang vereinen. Auf die Seele des Menschen, des Herren der `untermondischen Welt', wirken die Gestirne mit ihren gesonderten Einflüssen. Die Gestirne bestimmen die seelischen Grundkräfte nur durch stärkere Ausprägung der Wahltriebe. Die bindende Gewalt der Natur ist gelöst in die Freiheit des Christenmenschen«, Interpretation durch O.J.Bryk 1918. Kepplers Äusserungen über die Astrologie sind widerspruchsvoll und reichen von breit ausgesponnenen kosmosophischen Gedanken bis zu dem bekannten Wort vom »närrischen Töchterlein der Astronomie«.
Auch mit dem Hexenglauben seiner Zeit hatte sich Keppler auseinander zusetzen, als seine alte Mutter, das, »Kätherle von Leonberg«, der Hexerei angeklagt und peinlich befragt werden sollte. Dem Ansehen des kaiserlichen Mathematicus war es zuzuschreiben, dass die Anklage am 3. Okt. 1621 niedergeschlagen und die »Kepplerin von angestelter Clag absolviret« wurde. Ausführliche Schilderung des Verfahrens bei Baschwitz 1963.
Der Grabstein Kepplers trägt die von dem Astronomen selbst gedichteten Worte »Mensus erat coelum, nunc terrae metior umbas/Mens coelestis erat, corporis umbra iacet«, das heisst frei übertragen etwa: »Himmelsweiten errechnet ich einst, jetzt misst mich die Grube/Modert der Leib auch, es schaut selig sein Urlicht der Geist«.