Seit dem 17.Jahrhundert gebrauchte Bezeichnung für christliche Riten, zu welchen der Ungetaufte keinen Zutritt hat, und zwar im Anschluss an die Geheimhaltungsgebote der antiken Mysterienkulte. Diese Gepflogenheit begann im 13.Jahrhundert mit der Einführung des Katechumenates, geriet dann in Vergessenheit und wurde erst in der Reformationszeit wieder betont. Arcandisziplin im weiteren Sinn bedeutet Geheimlehre, Esoterik. Eine Art Arcandisziplin ist im späten Mittelalter auch die Alchemie, deren wesentliche Inhalte nur mündlich vom Lehrer auf seinen Schüler weitergegeben wurden, während sie in den Büchern nur allegorisch verhüllt auftreten dürfen. So heisst es in der von Peuckert 1956, zitierten »Alchimia vera« aus dem Jahr 1604: »Welche dieses dinges geheim den Unwirdigen offenbaren und entdecken, die sein zerbrecher dess Himmlischen Siegels... Derhalben ich alle Christgleubigen... von hertzen bitt, dass sie mit niemands davon reden, und keinem mittheilen, dann denen, die gottselig leben« etc. Der Gedanke einer alchemist. Geheimgesellschaft klingt schon in der grundlegenden Schrift »Turba Philosophorum« an.
In ähnlichem Sinn schreibt auch Thomas Norton in seinem »Ordinall of Alchemy«, in Ashmole's Theatrum Chemicum Britannicum: »... this Science must ever secret be, The cause hereof, as ye may see, lf one evil man had hereof his will, All Christian Peace he might easily spill« etc., wobei also die bei den alchemistischen Operationen entfesselten Naturkräfte als so gefährlich betrachtet wurden, dass ihre Kenntnis nur sittlich Hochstehenden anvertraut werden sollte.
Die Alchemie und besonders die Lehre von der Natur des »hermetischen Gefässes« fasst zum Beispiel der Rosenkreuzer »Ketmia Vere« als eine Art Arcandisziplin auf: »Dieses ist der Stücken eines, so die Weisen niemals zu schreiben sich erkühnet, sondern ihren würdigen Söhnen von Mund zu Mund eröffnet haben«. Ähnliche Warnungen, das Geheimwissen nicht leichtfertig preiszugeben, finden sich in der gesamten alchemistischen Literatur.