Grundlage der Signaturenlehre ist die Vorstellung, dass das All und die Erde einen einheitlichen Aufbau haben (Mikrokosmos-Makrokosmos-Lehre).

Schon in der antiken Philosophie wurde die Meinung vertreten, dass es eine Sympathie (Gleiches zieht sich an) und eine Antipathie (Ungleiches stösst sich ab) geben müsse. Diese Zusammenhänge kann man in der Natur aufgrund der Ähnlichkeiten der äusseren Merkmale (Signaturen) erkennen. Von Anfang an werden die Signaturen als ein Mittel angesehen, die geheimen Heilkräfte einer Pflanze, eines Minerals etc. zu erkennen.

Wenngleich die Signaturenlehre erst im 16. und 17 Jahrhundert, besonders in der Medizin, eine besondere Ausbildung erhalten hat, so war der Grundgedanke schon den indischen Ärzten bekannt. So benutzte man die Knollen der Orchideen (abgeleitet von griech.: orchis = „Hoden“) nur wegen ihrer Ähnlichkeit mit menschlichen Hoden als Liebesmittel, obgleich sie kein Aphrodisiakum enthalten.

Formuliert wurde die Signaturenlehre von Paracelsus und dem neapolitanischen Arzt und Alchemisten Della Porta (1538-1615), der in seinem Buch Phytognomonica ein umfassendes System von verborgenen Signaturen zwischen den Pflanzen, Tieren und Gestirnen aufdeckte. Letztlich geht auch die Homöopathie auf die Signaturenlehre zurück.