Die schwarzen Madonnen gehen auf schwarze Kultbilder der heidnischen Göttinnen Isis, Kybele, Diana und Lilith zurück, die zu der religiösen Vorstellung der Grossen Göttin gehören.

Man vermutet auch eine Verbindung zu Maria Magdalena, der schwarzen Geliebten Jesu.

Den Kult der schwarzen Madonnen sollen die Merowinger eingeführt haben, die nach Baigent direkte Nachkommen Jesus seien.