Basiert auf den Anschauungen von Paracelsus, der versuchte, die menschlichen Lebensvorgänge auf chemischer Grundlage darzustellen.

Die gesamte Körperwelt besteht aus Festem, Unverbrennlichem (Sal), aus Flüssigem, Flüchtigem (Mercurius) und aus Verbrennbarem (Sulphur). Durch chemische Operationen wie z. B. Destillieren können die flüchtigen Teile der Substanzen als Extrakte und Essenzen gewonnen, die verbrennbaren dem Körper teilweise entzogen werden, und das Feuerfeste bleibt als Elixier zurück.

Die Jatrochemie entzog vor allem der Edelsteinmedizin den Boden, die ihren Höhepunkt bei der Bekämpfung der Pest im 16. und 17. Jahrhundert erreicht hatte. Die Wirkung der Edelsteine beruht demnach nicht auf astrologischen Einflüssen, wie die Jatromathematik behauptete, sondern auf ihrem Gehalt an metallischem Sulphur, Wenn man Edelsteine als Amulett trägt, wirken sie durch ihre flüchtigen Teile, die durch die Poren in die Haut eindringen und die Körpersäfte beeinflussen.