Vorläufer der Hexenprozesse waren die kirchlichen Verfahren, in denen schon vor 800 nach Christus Zauberer mit bis zu zehn Jahren Haft bestraft wurden.

Die weltlichen Gerichte verhängten in Anlehnung an das römische Recht die Todesstrafe, weil Zauberei ein Verbrechen gegen den Staat war.

Gegen die Ketzerbewegung in Südfrankreich und Oberitalien wurde im 13. Jahrhundert das von Papst Innozenz III. eingeführte Inquisitionsverfahren eingesetzt, das den vom Papst ernannten Ketzerrichtern erlaubte, auch ohne Ankläger ein geheimes Ermittlungsverfahren einzuleiten. Da zu der Kompetenz dieser Inquisitionsgerichte auch die Bekämpfung aller Formen des Götzendienstes und des Teufelsdienstes gehörte, kam es zu einer verhängnisvollen Gleichsetzung der von den Hexen praktizierten Zauberei und der Ketzerei.

Die Inquisitoren glaubten sogar in den Hexen eine noch viel gefährlichere Sekte als in der Ketzerbewegung entdeckt zu haben.

Die von den Hexenrichtern und den Theologen hineingetragene Vorstellung über diese neue Sekte der Hexen löste dann in der 2. Hälfte des 15. Jahrhunderts und zwischen 1560-1630 eine epidemische Verfolgung aus.

Die Ansicht, dass mit diesen Hexenprozessen die Kirche und die weltlichen Regierungen die „weisen Frauen“ ausrotten wollten, die als Hebammen und Kräuterfrauen nicht nur über das Verhütungswissen verfügten, sondern auch die Krankenpflege ausübten, wird in der Wissenschaft kontrovers beurteilt.

Die Befürworter weisen darauf hin, dass die Landesherren an einer Vermehrung der durch die Pest dezimierten Bevölkerung interessiert waren. Auf den Besitzungen der Kirche und der Feudalherren bestand ein spürbarer Mangel an Arbeitskräften. Überdies wollte die Kirche die Krankenversorgung in ihre Hände bekommen, weil dies ein wichtiges Mittel der sozialen Kontrolle war.

Dagegen wurde besonders von  Behringer vorgebracht, dass für den Zeitraum von 1560-1630, in dem die grössten Hexenverfolgungen stattfanden, nicht eine Unter-, sondern Überbevölkerung in Mitteleuropa bestand. Überdies sei das geheime Wissen, besonders über die Geburtenkontrolle, auch nicht auszurotten gewesen, denn es sei durch die weit verbreiteten Wunderarzneibücher allgemein zugänglich gewesen.

Die ständig wiederkehrenden Hungersnöte warfen die Frage nach den Schuldigen auf. Verantwortlich waren nach der Meinung der Bevölkerung die Hexen, die den existenzbedrohenden Schadenszauber ausübten. Falsch sei es deshalb, nur dem Staat oder den Kirchen die Verantwortung für die Hexenprozesse zuzuschreiben, da diese Verfolgungsmassnahmen gerade auch den Bedürfnissen der bäuerlichen Bevölkerung entgegenkamen.

Die Zahl der durch die Hexenprozesse hingerichteten Menschen schwankt zwischen 100 000 und 3 Mio. Seit 1580 spielten Kinder („Hexenkinder“) eine aktive Rolle bei den Hexenprozessen, indem sie sich selbst der Hexerei beschuldigten oder durch ihre Aussagen andere belasteten. Da sie keine Hemmungen hatten, umlaufende Beschuldigungen öffentlich auszusprechen, wurden sie zu einem Sprachrohr von Gerüchten in der Öffentlichkeit. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts wurden solche von Kindern bestimmten Prozesse sogar vorherrschend, in denen die Kinder nicht nur die Verfolgungen in Gang setzten, sondern selbst Opfer wurden.