Deutscher Arzt, der einer der ersten war, die den Hexenwahn öffentlich kritisierten. Weyer, ein Schüler von Cornelius Agrippa, diente als Hauslehrer in der französischen Königsfamilie und nahm später ein Amt in Cleve an, wo er mehrere Werke zum Thema Hexenwesen verfasste. Mit seinen Erfahrungen auf dem Gebiet der Medizin konnte Weyer in so wichtigen Büchern wie De Praestigiis Daemonum 1563 erklären, dass viele der Symptome, die mit dämonischer Besessenheit assoziiert wurden, ihre Ursache in gewissen psychischen Voraussetzungen hatten. Bestimmte Personen würden durch Täuschung zu der Überzeugung gebracht, sie könnten Zauber bewirken, aber solche Behauptungen, so argumentierte er, seien das Produkt eines Irrglaubens. Wirkliche Übeltaten könne nur der Teufel vollbringen, Hexen dagegen besässen keine übernatürlichen Kräfte. Weyer wies die Vorstellung vom Hexensabbat als reine Erfindung zurück und widerlegte die Idee, dass alle unerklärlichen Erkrankungen der Hexerei zuzuschreiben seien; er liess allerdings gelten, dass nicht alle übernatürlichen Phänomene Fiktionen seien. Weyer erzählte beispielsweise, wie er selbst einst eine Jungfrau vor der Entführung durch den Teufel gerettet habe.
Als Protestant machte er zu einem grossen Teil die katholische Kirche für den Hexenwahn verantwortlich und klagte die Priester an, Hexerei als Quelle aller möglichen Symptome angenommen zu haben, die in Wirklichkeit auf einfache medizinische oder psychische Ursachen zurückzuführen waren. Er verurteilte auch die Anwendung der Folter zur Erpressung von Geständnissen und versuchte, zwischen schwarzer und weisser Magie zu unterscheiden; Weyers Ansichten scheinen allerdings relativ wenig Einfluss auf seine Zeitgenossen gehabt zu haben. Den Hexenjägern seiner Zeit erteilte er eine unheilverkündende Warnung:

Doch wenn der grosse Prüfer der Herzen erscheint, dein nichts verborgen bleibt, werden Eure bösen Taten entdeckt, Ihr Tyrannen, blutdürstigen Richter, Schlächter, Folterer und grausamen Räuber, die Ihr Eure Menschlichkeit weggeworfen habt und keine Gnade kennt. So rufe ich Euch vor das Tribunal des Grossen Richters, der zwischen uns entscheiden wird, wo die Wahrheit, die Ihr mit Füssen getreten und begraben habt, sich erheben und Euch verdammen und Vergeltung für Eure Unmenschlichkeiten fordern wird.

Angeregt durch Weyers Schriften, fand der Herzog von Jülich-Cleve-Berg zu einer recht nachsichtigen Haltung gegenüber dem Hexenwesen, und so blieben dieser Region die schlimmsten Exzesse erspart, die andere Teile Europas erschütterten. Das heisst nicht, dass Weyer mit seinen Ansichten keine Gegner hatte; nur die Unterstützung des Herzogs Wilhelm von Cleve, dessen Leibarzt Johann Weyer gewesen war, rettete ihn davor, als Hexenfreund verbrannt zu werden.