Zu den Verbrechen, die man vielen vermeintlichen Hexen zur Last legte, gehörte auch das Heraufbeschwören von Unwettern und Stürmen mit dem Ziel, Schiffe untergehen zu lassen, Ernten zu vernichten und einem Feind eine Menge anderer Katastrophen zu bringen. Bereits viele Jahrhunderte vor den Hexenverfolgungen wurden Magier immer wieder beschuldigt, einen Wetterzauber angewendet zu haben, und so war es unvermeidlich, dass auch die vielbeschworene neue Hexengeneration mit solch dubiosen magischen Aktivitäten in Verbindung gebracht wurde. Der Glaube an die Macht der Hexen über die Elemente war tatsächlich so ausgeprägt, dass es bei jedem starken Wind, der Zerstörungen anrichtete, fast eine Selbstverständlichkeit war, die Verantwortung dafür irgendeinem betagten, unbeliebten alten Weib aufzubürden.
Francesco-Maria Guazzo lieferte 1626 in seinem klassischen Compendium tnaleficarum seine eigene Schilderung des Wetterzaubers:
Die Hexen haben gestanden, dass sie am Sabbat oder wann immer sie wollten Hagelschauer gemacht haben, um die Früchte der Erde zunichte zu machen. Zu diesem Zweck schlugen sie ihren Geständnissen zufolge das Wasser mit einem Zauberstab, und dann warfen sie ein gewisses Pulver in die Luft oder ins Wasser, das ihnen der Teufel gegeben hatte. Dadurch kam eine Wolke auf, die sich in Hagelkörner verwandelte und überall dort niederging, wo die Hexen es wünschten. Wenn sie kein Wasser hatten, dann benutzten sie ihren Urin.

Zu dem gleichen Ergebnis kamen angeblich auch andere Hexen, wenn sie Opferhühner oder Seesand in die Luft warfen, Feuersteine über ihre linke Schulter nach Westen schleuderten, nasse Besen schüttelten, Wasser oder Urin in Erdlöcher gossen, Schweineborsten oder Eier kochten, Stecken an ein trockenes Flussufer legten, Zauberformeln sprachen, Säuglinge in Kesseln kochten oder Salbeiblätter im Boden vergruben und dort verrotten liessen. Bei einer schottischen Variante, von der 1662 im Prozess gegen die Hexen von Auldrean die Rede war, musste ein „Fluchstein” mit einem nassen Lappen geschlagen und dreimal gesprochen werden:

Ich schlage diesen Lappen auf diesen Stein,
Um einen Sturm zu entfesseln in des Teufels Namen;
Er soll nicht ruhen, bis es mir beliebt.
Um den Wind sich legen zu lassen, musste dreimal die folgende Zauberformel aufgesagt werden:
Wir legen den Wind in des Teufels Namen.
Er soll sich nicht eher erheben, als bis wir ihn wieder heraufbeschwören.
Typisch für die Geständnisse, die man den vermeintlichen Wetterhexen abzwang, war 1438 die Aussage des Franzosen Pierre Vallin. Seinen eigenen Worten zufolge hatte Vallin auf Befehl des Teufels auf das Wasser eines Baches eingeschlagen, um einen wilden, zerstörerischen Sturm zu entfesseln. Ähnlich behauptete 1493 Elena Dalok vor einem Gericht in London, sie könne nach Belieben heftige Regengüsse hervorrufen. 1563 soll der König von Schweden vier Hexen für seine Armee angeworben haben, als er gegen die Dänen kämpfte; sie hatten angeblich den Auftrag, das Wetter zu seinen Gunsten zu beeinflussen. Zu den vermeintlichen Hexen, die gestanden, das Wetter zu schändlichen Zwecken ändern zu können, gehörten auch Margaret Byx und Elen Pendleton aus Wymondham, Norfolk, die 1615 zugaben, einen starken Wind heraufbeschworen zu haben, um mit dessen Hilfe ein Feuer anzufachen, das die gesamte Stadt niederbrennen sollte.
Anschuldigungen gegen Hexen, sie hätten Unwetter oder Stürme heraufbeschworen, uni Schiffe sinken zu lassen, waren besonders in Schottland und den seefahrenden Ländern Skandinaviens an der Tagesordnung. Ein bekanntes Beispiel für einen angeblichen Wetterzauber war der Fall der Hexen von Berwick, in dem die Angeklagten zugaben, eine Katze ins Meer geworfen zu haben, an die sie Teile einer Leiche gebunden hätten, um das Schiff Jakobs VI. sinken zu lassen, das sich auf dem Weg nach Dänemark befand. Das Schiff des Königs blieb unversehrt, ein anderes jedoch, das nach Leith unterwegs war, sank. 1645, zwei Jahrhunderte später, bekannte Elizabeth Harris aus Faversham, John Woodcocks Boot durch einen Fluch zum Kentern gebracht zu haben, und im selben Jahr wurde der hochwürdige John Lowes hingerichtet, ein betagter Geistlicher, der der Hexenjagd des Matthew Hopkins in den Jahren 1645-1646 zum Opfer fiel, weil er vor Norwich angeblich ein Schiff habe sinken lassen, wobei vierzehn Menschen ums Leben gekommen seien. Der Untergang eines solchen Schiffes wurde niemals wirklich festgestellt. Noch 1707 schrieb man den Sturm, der die Flotte von Admiral Sir Cloudesley Shovel vor den Scilly-Inseln traf und zweitausend Menschenleben forderte und bei dem auch Shovel umkam, dem Fluch eines Matrosen zu, der auf Befehl des Admirals zu Unrecht gehängt worden war.
Der Aberglaube kannte wenigstens zwei Mittel, mit denen man sich bei starkem Sturm schützen konnte. Man musste entweder etwas Mehl aus dem Fenster werfen, um damit vielleicht die Dämonen zu besänftigen, die den Sturm herbeigezaubert hatten, oder die Kirchenglocken läuten, deren Klang angeblich Hexen und Dämonen abwehren konnte.
Nicht alle Unwetter jedoch wurden heraufbeschworen, um Schaden anzurichten. Die alte Tradition, von einer Hexe einen günstigen Wind zu kaufen, war bis in relativ neue Zeit unter den Seefahrern gut bekannt. Den Wind kaufte man am besten in Form einer Kordelschnur, die mit Knoten versehen war. Diese Knoten wurden gelöst, um eine gute Brise zu erzeugen, wenn ein Schiff in eine Flaute geriet.
Die Menschen in vielen Teilen Europas glaubten einst, dass Unwetter aufkämen, wenn eine Hexe stürbe, was ein Zeichen dafür sei, dass der Teufel nun käme, um das Seine zu fordern. 1642 beispielsweise wurde der Tod eines Musikers mit Namen Thomas Holt, der sich während eines Unwetters in Coventry das Genick brach, direkt mit einem alten Gerücht in Verbindung gebracht, das besagte, Holt habe einige Jahre zuvor dem Teufel seine Seele verkauft. Zeugen erinnerten sich daran, an dem stürmischen Abend einen stattlichen Fremden in Holts Haus gehen gesehen zu haben. Man erzählte sich auch, dass ein Sturm, der während einer Gerichtssitzung aufkomme, ein sicheres Zeichen dafür sei, dass der jeweilige Prozess mit vielen Todesurteilen ende.
Der Glaube an die Fähigkeit der Hexen, Unwetter heraufzubeschwören, hielt sich mehrere Jahrhunderte lang. Noch 1691, als der Hexenwahn in den meisten Gegenden nachliess, schrieb ein amerikanischer Presbyterianer, der Lehrer und Autor Richard Baxter, in seinem Buch Certainty of the World of Spirits: „Das Heraufbeschwören von Unwettern durch die Hexen wird von so vielen bestätigt, dass ich es für unnötig halte, sie [alle] anzuführen.”