Gemeindepfarrer, der als der engagierteste Hexenjäger des kolonialen Amerika gilt. Er war der Sohn des angesehenen Puritanerführers Increase Mather, der selbst ein Buch mit lehrhaften Geschichten veröffentlichte, die die allgegenwärtige Gefahr des Hexenwesens hervorheben sollten. Cotton Mather spielte in der Tragödie der Hexen von Salem, des bekanntesten Hexenprozesses in der amerikanischen Geschichte, eine Schlüsselrolle.
Nach seiner Ausbildung an der Harvard University wurde der junge Cotton Mather zum Oberhaupt der berühmten North Church in Boston gemacht und trat in Neuengland bald als prominenter Independentenführer in Erscheinung. Er entwickelte die Vorbehalte, die sein Vater gegenüber dem Hexenwesen hegte, und gewann die Überzeugung, dass es für solche Verbrecher kein Pardon geben könne. Er erklärte: „Hexerei ist der schändlichste Hochverrat gegen die Majestät im Himmel. Eine Hexe darf man weder im Himmel noch auf Erden dulden.” Um seine Gedanken zu diesem Thema zu verbreiten, veröffentlichte er 1689 seine Schrift Memorable Providences Relating to Witchcrafts and Possessions, in der er seinen Glauben an einen wirklich existierenden und aktiven Teufel deutlich machte und die Realität der Hexerei betonte.
Mather nahm Anteil an zahlreichen Fällen, in denen es um den Verdacht der Hexerei ging, und in denen er stets zu energischem Handeln gegen die Angeklagten drängte. Als man sich bezüglich der Ereignisse in Salem an ihn um Rat wandte, zögerte er nicht, jene zu unterstützen, die sich für eine gründliche Befragung der Verdächtigen und die Anwendung der ganzen Härte des Gesetzes aussprachen. „... wir können der Regierung nur demütig die schnelle und harte strafrechtliche Verfolgung jener, die sich verhasst gemacht haben, entsprechend den in Gottes Gesetzen vorgegebenen Weisungen und den förderlichen Gesetzen der englischen Nation zur Aufdeckung von Hexereien empfehlen.” Als die Richter die Begnadigung eines Angeklagten, des hochwürdigen George Burroghs, erwogen, soll Mather persönlich dafür gesorgt haben, dass die ursprünglich vorgesehene Hinrichtung stattfand.
Später, im Jahre 1693, als er sich aufgefordert fühlte, die Prozesse zu rechtfertigen, veröffentlichte Mather sein Werk Wonders of the Invisible World, das nach allem, was man hörte, in Neuengland nur weitere Ängste vor der Gegenwart der Hexen entfachte. Mather brachte hierin zugegebenermassen auch Vorbehalte gegen die Anerkennung der sogenannten Geisterbezeugung in Hexenprozessen zum Ausdruck, doch in allen anderen Beziehungen unterstützte er die Hexenverfolgung in den Kolonien.
Im Gefolge der Tragödie von Salem gab es einen Umschwung in der öffentlichen Meinung, die sich nun von solch harten Reaktionen abwandte. Mather geriet zunehmend in die Isolation und wurde bei dem Versuch, das Amt des Rektors an der Harvard University zu erringen, wegen seiner Ansichten stillschweigend übergangen. Verbittert und unbeachtet, hörte er bis an sein Lebensende nicht auf, die erbarmungslose Unterdrückung des Hexenwesens zu fordern.