Deutscher Bürgermeister, der eines der vornehmsten Opfer der berüchtigten Kampagne gegen die Hexen von Bamberg war. Der Fall des fünfundfünfzigjährigen Johannes Junius ist aus zweierlei Gründen in die Geschichte eingegangen. Zum ersten war er der Bürgermeister der Stadt Bamberg. Zum zweiten gelang es ihm kurz vor seiner Hinrichtung, einen Brief aus dem Gefängnis herausbringen zu lassen - ein Dokument, das nicht nur ein Licht auf den Prozess warf, mit dem solche Verfolgungen endeten, sondern der auch eine Vorstellung von den Leiden weckt, denen die Opfer der Hexenjäger ausgesetzt waren.
Junius war zu einer Zeit Bürgermeister von Bamberg, in der der Hexenwahn in Deutschland seine schlimmsten Ausmasse erreichte. In den Jahren 1623 -1633 wurden etwa sechshundert Bewohner der Stadt, darunter viele ihrer angesehensten Bürger, wegen Hexerei zu Tode gebracht, wobei sich die Urteile häufig auf die fadenscheinigsten Beweise gründeten. Junius war 1608 in sein Amt berufen worden und scheint bis zum Jahre 1628 ein untadeliges Leben geführt zu haben. Dann wurde er aufgrund eines Geständnisses, das man Dr. Georg Haan, dem Kanzler von Bamberg, unter der Folter abgepresst hatte, als vermeintlicher Hexenmeister vor Gericht gestellt. Junius' Frau war bereits wegen einer ähnlichen Anklage hingerichtet worden. Allein diese Tatsache genügte, um die Schuld des Bürgermeisters in den Augen der Richter zu bestätigen.
Während des gesamten Prozesses, der vor den Vertretern des hexenjagenden Fürstbischofs Gottfried Johann Georg II. Fuchs von Dornheim stattfand, bestritt Junius, Kenntnisse auf dem Gebiet der Hexerei zu besitzen, und behauptete leidenschaftlich, niemals Gott verleugnet oder an einem Hexensabbat teilgenommen zu haben. Dann präsentierte man ihm die Aussagen verschiedener anderer Zeugen, doch Junius widersetzte sich weiterhin dem Drängen des Gerichts, selbst ein Geständnis abzulegen. Wie in solchen Fällen üblich, übergab man ihn nun den Folterknechten. Den noch erhaltenen Prozessaufzeichnungen zufolge zeigten die Daumenschrauben und die spanischen Stiefel nur wenig Wirkung, doch als man Junius wiederholt dem Aufziehen unterwarf, brach der Angeklagte zusammen und bat uni Bedenkzeit. Die Entdeckung des Teufelsmals in Form eines Fleckes auf der Haut, der anscheinend schmerzunempfindlich war, lieferte einen weiteren „Beweis”, der seinen Fall ganz und gar hoffnungslos machte.
Allein in seiner Zelle, schaffte es der Bürgermeister, der als Folge der Folterungen kaum ein Schreibgerät halten konnte, einen Abschiedsbrief an seine Tochter Veronika zu verfassen:
Viele hunderttausendmal gute Nacht, meine geliebte Tochter Veronika. Ich bin unschuldig ins Gefängnis gekommen, unschuldig gemartert worden und muss unschuldig sterben. Denn wer in das Hexenhaus kommt, muss eine Hexe sein oder wird gefoltert, bis er in seinem Kopf etwas erfindet und sich - Gott erbarme sich seiner - etwas ausdenkt.

In dieser bewegenden letzten Botschaft vom 24. Juli 1628 unterrichtete Junius seine Tochter über seine Lage und drängte sie, Bamberg zu verlassen, bis der Wahn sich gelegt habe. Er beschrieb, wie Georg Haan und die anderen Ankläger ihn kurz vor ihrem Tod um Verzeihung für ihre belastenden Aussagen gebeten hätten, die sie unter schier unerträglichen Folterungen gemacht hätten. Von seiner eigenen Folterung mit den Daumenschrauben berichtete er, dass „das Blut unter den Nägeln und überall hervorkam, so dass ich meine Hände vier Wochen lang nicht gebrauchen konnte, wie du an meiner Schrift erkennen wirst”. Über das Aufziehen konnte er nur sagen: „Ich dachte, das Ende von Himmel und Erde sei gekommen. Achtmal haben sie mich aufgezogen und wieder fallen lassen, so dass ich schreckliche Qualen litt.” Unter vier Augen, so schrieb er, habe ihn der Henker gedrängt, die Wahrheit zu gestehen oder etwas zu erfinden, um damit weiterer Pein zu entgehen: „Nun, mein liebstes Kind, verstehst du, in welcher Gefahr ich mich befand und noch immer befinde. Ich muss sagen, dass ich ein Hexenmeister bin, obwohl ich es nicht bin, muss nun Gott verleugnen, obwohl ich das nie zuvor getan habe.”
Er erzählte seiner Tochter, er werde ein Geständnis verfassen, obgleich er in seiner Seele wisse, dass es nicht wahr sei. In dem Brief wird weiter beschrieben, wie die Befrager daraufbestanden, dass Junius Komplizen nenne, und ihn auf eine Fahrt durch die Stadt mitgenommen und die Hexen aufgesammelt hätten, die er ihnen Strasse für Strasse genannt habe. Der Brief endet mit dem einfachsten Abschiedsgruss: „Ich habe mehrere Tage gebraucht, um dies zu schreiben - meine beiden Hände sind verkrüppelt. Ich bin in einer miserablen Lage. Gute Nacht, denn Dein Vater Johannes Junius wird dich nie mehr sehen.”
Junius gab später vor Gericht eine lange Erklärung ab, in der er seine diversen Verbrechen schilderte. Er gab unter anderem zu, Gott geleugnet zu haben, nachdem er vom Teufel in Gestalt einer jungen Frau verführt worden sei, einen Sukkubus namens Vixen gehabt und mit diesem gebuhlt, die Hostie geschändet zu haben und auf einem schwarzen Hund zu Hexensabbaten geflogen zu sein. Er habe sich jedoch Vixens Forderung verweigert, mit einem grauen Pulver seine Kinder umzubringen, und habe das Pulver statt dessen seinem Pferd gegeben. Auf die Forderungen des Gerichts hin beschuldigte er auch mehrere Komplizen. Das Gericht akzeptierte das Geständnis, und Johannes Junius, einer von vielen Hunderten, die genauso malträtiert worden waren, wurde zum Tode verurteilt. Am 6. August 1608 verbrannte man ihn auf dem Scheiterhaufen.