Die europäischen Gerichte behandelten die Hexerei als ein Verbrechen, das sich ganz und gar von den üblichen Vergehen unterschied und eigene Verfahrensweisen und gesetzliche Besonderheiten erforderte. Die Schwere des Verbrechens, das eine Herausforderung der Autorität Gottes darstellte, und die Schwierigkeiten, die der Nachweis von Teufelsbündnissen, Hexensabbaten und anderen Vergehen bereitete, hatten zur Folge, dass die Vorschriften der normalen gesetzlichen Praxis häufig übergangen wurden, um die geforderten Schuldsprüche erwirken zu können. Beweismittel, die man in anderen Fällen zurückgewiesen hätte, wurden ohne weiteres akzeptiert. Viele Richter suchten sicherlich im Bewusstsein, dass ein Freispruch einen entrüsteten Aufschrei der Allgemeinheit zur Folge hätte, nach belastenden Zeugnissen, um der öffentlichen Meinung zu willfahren.
Die ersten Hexenprozesse gab es nach heutigen Erkenntnissen im späten dreizehnten Jahr-hundert in Südfrankreich. Die ersten Verfahren wegen ketzerischer Zauberei fanden 1320 unter Leitung der Inquisition in Carcassonne statt. Bis uni die Mitte des fünfzehnten Jahrhunderts hatte die Hexenmythologie einen umfangreich entwickelten Stand erreicht, und Anschuldigungen, die auf Buhlschaft mit Dämonen, Kindsmord, Wetterzauber, Hostienschändung, Mord durch Todessalben und den Hexenflug auf Besen hinausliefen, waren ziemlich alltäglich. Die Verdächtigen wurden auf das Teufelsmal untersucht, das eines der wenigen physischen Beweismittel darstellte, auf die die Gerichte zurückgreifen konnten.
In den frühen Jahren der Hexenverfolgung oblag die Untersuchung und Verhandlung der Fälle meist den kirchlichen Gerichten, die die Verurteilten zur Bestrafung dann der weltlichen Obrigkeit übergab. Der erste weltliche Hexenprozess fand 1390 in Paris statt. Später waren sowohl kirchliche als auch weltliche Gerichte an der strafrechtlichen Verfolgung der Hexen beteiligt, wobei sich letztere häufig mit Klagen wegen wirklicher Schäden durch Hexerei beschäftigten und nur ungern Prozesse auf der Grundlage eingebildeter Vergehen führten.
In vielen katholischen wie auch protestantischen Ländern liefen die Verfahren nach einem von der Inquisition festgesetzten Modell ab. Die Angeklagten, die von vornherein als schuldig galten, wurden oftmals nur auf der Grundlage von Indizienbeweisen vor die Richter geschleppt und durften gewöhnlich keinen eigenen Anwalt haben. Den Zeugen der Verteidigung wurde das Betreten des Gerichtsgebäudes meist untersagt, während Belastungszeugen namentlich ungenannt bleiben durften, so dass für den Angeklagten nur wenig Hoffnung bestand, deren Aussagen erfolgreich anfechten zu können. Häufig wurden die Aussagen von kleinen Kindern, Komplizen, Meineidigen und Exkommunizierten als beweiskräftig akzeptiert, wandten die Richter alle Tricks an, wozu auch der Einsatz von Spionen gehörte, die in den Kerkern die Gespräche der Gefangenen belauschten. Besonders interessiert waren die Anklagevertreter an Schuldgeständnissen und an den Namen von Mittätern. Musste ein Verdächtiger freigesprochen werden, dann behielten sich die Gerichte das Recht vor, den Fall nach eigenem Gutdünken wieder aufzunehmen. Es wurden mehrere Bücher veröffentlicht, die Richtlinien zur erfolgreichen strafrechtlichen Verfolgung von Hexen enthielten und deren berühmtestes der Malleus maleficarum von Heinrich Kramer und Jakob Sprenger war. In Zweifelsfällen wandte man sich an die juristischen Fakultäten der Universitäten.
Die meisten Prozesse, die auf dem europäischen Kontinent geführt wurden und von denen in der Regel keine vollständigen Berichte mehr existieren, gründeten sich auf Geständnisse, die man den Verdächtigen unter der Folter abgepresst hatte. Diese Geständnisse waren stark genormt, da sich die Verhörenden an eine Folge von Fragen hielt, die so bekannt waren, dass sie in die Gerichtsakten oftmals nicht im Wort-laut, sondern nur mit einer Nummer eingetragen wurden. In gewisser Hinsicht waren diese formelhaften Geständnisse mit den Berichten von den Prozessen gegen Dämonenanbeter vergleichbar, die bereits im vierten Jahrhundert n. Chr. stattgefunden hatten. Hatte man ein Schuldbekenntnis erreicht, dann war die Gerichtsverhandlung weitgehend belanglos, wurden über die Frage der Schuld oder Unschuld eines Menschen kaum weitere Debatten geführt.
In England und Wales waren unbewiesene Geständnisse als Beweis bei Gericht nicht zulässig. Dort beruhte die strafrechtliche Verfolgung statt dessen auf bewiesenen Maleficia und physischen Nachweisen, die mit der Nadelprobe zutage kamen. Für die englischen Gerichte waren folglich die Identifizierung des Hausgeistes einer Hexe und die Entdeckung von Tränken oder anderen belastenden Zeugnissen in der Wohnung einer verdächtigen Person als relativ schwerwiegender Schuldbeweis von unschätzbarem Wert. Das gleiche galt für das Aufsagen des Vaterunsers, zu dem man die Verdächtigen aufforderte; geriet ein Verdächtiger dabei in irgendeiner Weise aus dem Konzept, dann war er eindeutig schuldig. Die englischen Richter zeigten indes oftmals wenig Bedenken, das Gesetz zu beugen, indem sie die Aussagen von Kindern anhörten, die das für ihre Anerkennung als Zeugen gesetzlich vorgeschriebene Alter noch nicht erreicht hatten. War eine angeklagte Person schon lange als Hexe verrufen, dann liessen sie sich genau wie ihre Amtsbrüder in anderen Ländern nur allzu leicht davon beeinflussen, ohne die tatsächliche Beweislage im jeweiligen Fall zu berücksichtigen.