In Anbetracht der Tatsache, dass es sich bei der Hexerei um ein „Verbrechen” handelte, das nur allzu oft wenig wirkliches Beweismaterial bot, war es in den zahllosen Hexenprozessen von überragender Bedeutung, Geständnisse von den Angeklagten zu erlangen. Über die Methoden, mit denen man eine vermeintliche Hexe zu einem Schuldeingeständnis bringen konnte, wurden viele gelehrte Abhandlungen verfasst, die die Verfolgung Verdächtiger vereinfachten. Welche sachlichen Beweise auch immer gegen eine angebliche Hexe zusammengetragen wurden - es blieb wichtig, dass ein Geständnis registriert wurde, ohne das die europäischen Gerichte oftmals Vorbehalte hatten, ein Todesurteil zu verhängen.
Die Dokumente zeigen, dass es nur sehr wenige freiwillige Geständnisse gab. In der Mehrzahl der Fälle musste die Folter angewandt werden, um die erforderlichen Erklärungen zu erlangen. Selbst in England und den amerikanischen Kolonien, wo solcherart Methoden grösstenteils verboten waren, übte man Zwang unterschiedlicher Art aus - darunter Schläge und das Verweigern von Nahrung -, um die Verdächtigen zum Bekennen ihrer Schuld zu bewegen. Eine der Schwierigkeiten, vor denen die Historiker hier stehen, ist die Tatsache, dass aus den vorhandenen Aufzeichnungen nur selten ersichtlich wird, ob die aufgeführten Geständnisse unter der Folter zustandegekommen oder freiwillig abgelegt worden sind.
In den Ländern Europas, wo kirchliche und weltliche Obrigkeit die unterschiedlichsten Foltermethoden sanktionierten, bereitete es relativ wenig Schwierigkeiten, Geständnisse zu erlangen. Folglich endete hier ein viel höherer Prozentsatz von Prozessen mit einem Schuldspruch. Verdächtige, die sich sträubten, ihre Schuld zu bekennen, wurden mehrfach den unmenschlichsten Behandlungen ausgesetzt, und viele von ihnen starben noch während des Prozesses. Im Grunde genommen fügten sich alle, die solche Torturen wie das Aufziehen oder das Rösten auf eisernen Stühlen durchgemacht hatten, früher oder später den Forderungen ihrer Befrager, gaben alle Arten unwahrscheinlicher Verbrechen zu und strapazierten ihre Phantasie, um ihre Verfolger zu besänftigen. Andere liessen sich dazu durch das Versprechen verführen, dass ihnen die Todesstrafe erspart bliebe, wenn sie geständig seien.
Der Jesuitenpater Friedrich von Spee, der vor Würzburger Gerichten viele Geständnisse gehört hatte, stellte 1631 fest, dass selbst die Widerstandsfähigsten unter den Gefolterten „bestätigt haben, dass kein Verbrechen denkbar ist, das sie nicht sofort gestehen würden, wenn es ihnen auch nur die geringste Erleichterung brächte, und sie würden zehn Tode in Kauf nehmen, um einer Wiederholung zu entgehen”. In Spees Augen war ein Geständnis angesichts der Mittel, die man anwandte, praktisch unvermeidlich, und die Versuche, es zu widerrufen, aussichtslos:
Ob sie ein Geständnis ablegt oder nicht - das Ergebnis ist das gleiche. Wenn sie gesteht, ist ihre Schuld offensichtlich, und sie wird hingerichtet. Jegliches Widerrufen ist vergeblich. Gesteht sie nicht, dann wird die Folter zweimal, dreimal, viermal wiederholt. Bei „Ausnahmeverbrechen” sind der Folter bezüglich Dauer, Schwere oder Häufigkeit keine Grenzen gesetzt ... Die Untersuchungsbehörde würde es als schimpflich ansehen, eine Frau freizusprechen; einmal verhaftet und in Ketten gelegt, muss sie mit gerechten oder ungerechten Mitteln auch schuldig gesprochen werden.
Unmittelbar nach der Anklage ein volles Geständnis abzulegen garantierte keinen Schutz vor der Folter. Viele Gerichte schickten den Angeklagten trotzdem in die Folterkammer, da sie argwöhnten, das Geständnis sei falsch und nur deshalb abgelegt worden, um körperlichen Misshandlungen zu entgehen, die zu „wahren” Enthüllungen führen würden.
Trotz der barbarischen Verhöre, die bei den Hexenprozessen in Deutschland und anderswo nicht ungewöhnlich waren, versuchte man den Verfahren einen Anstrich von Legalität zu geben, indem man häufig über alles, was zwischen den Angeklagten und deren Häschern vor sich ging, peinlich genau Protokoll führen liess. Die Fragen, die geständigen Hexen gestellt wurden, folgten alle demselben Schema, das aus den Erfahrungen der Ketzerprozesse des vierten Jahrhunderts entwickelt worden war. In den schriftlichen Berichten über die Verhöre waren diese Fragen häufig nur als Zahlen statt in ihrem Wortlaut vermerkt, da jedermann wusste, was diese Zahlen bedeuteten. Die Verdächtigen wurden unter anderem aufgefordert, ihr erstes Zusammentreffen mit dem Teufel und Einzelheiten von ihren späteren Treffen mit ihm zu beschreiben, Details über ihre Kobolde oder Hausgeister preiszugeben, zu bestätigen, dass sie auf einem Besen geflogen seien, um an Hexensabbaten teilzunehmen, und solche Abscheulichkeiten wie Kannibalismus und das Herbeihexen des Todes zuzugeben.
Hatte die verdächtigte Person unter der Folter ein Geständnis abgelegt, dann durfte sie sich von ihren Schmerzen erholen. Später wurde sie nochmals aufgefordert, ihr Geständnis zu bestätigen, so dass die Befrager vor Gericht behaupten konnten, das Bekenntnis sei freiwillig abgegeben worden. Entschloss sich jedoch ein Gefangener zu einem Widerruf, dann musste er damit rechnen, unverzüglich in die Folterkammer zurückgeschickt zu werden. Versuche, Geständnisse vor Gericht zu widerrufen, wurden nur selten mit Wohlwollen aufgenommen. Sie wurden vielmehr als ein vom Teufel eingegebener Trick angesehen, der das rechtmässige Verfahren gegen dessen Günstlinge behindern sollte. Auch die Ansichten darüber, was ein „freiwilliges” Geständnis ausmachte, waren verschieden; in vielen Regionen galt ein Geständnis als freiwillig, wenn es unter dem ersten von drei Foltergraden erfolgte.
Die Delinquenten wurden auch kurz vor der Hinrichtung noch bestärkt, Geständnisse abzulegen, und viele als Hexen Verurteilte nutzten diese Möglichkeit für ein Schuldbekenntnis, damit der Scharfrichter ihnen den Tod vielleicht etwas erleichterte. In den meisten Fällen gestand man Hexen, die ein volles Geständnis ablegten, wenn sie bereits auf dem Scheiterhaufen standen, die Gnade zu, erdrosselt zu werden, ehe die Flammen sie erreichten. Das Geständnis wurde dann üblicherweise vor der umstehenden Menge, die zum Gaffen gekommen war, laut verkündet; das förderte den öffentlichen Glauben an die Existenz der Hexerei.
Zeigte sich eine verdächtigte Person besonders verstockt, dann konnte mitunter schon das Geständnis einer anderen Hexe, die am selben Hexensabbat teilgenommen hatte, als Schuldbeweis genügen: Reichte es aus, um die geständige Person zu verurteilen, dann war es logischerweise auch hinreichend, um die Schuld anderer festzustellen, die demselben Ereignis beigewohnt hatten. Am schwierigsten war die Beweislage dann, wenn jemandem vorgeworfen wurde, sich allein und ohne Zeugen mit dem Teufel getroffen zu haben. In diesen Fällen brauchte man das Geständnis der betreffenden Person, und in der Regel wurde hier die Folter angewendet. Zumindest auf dem europäischen Festland fühlten sich die Befrager nicht über die Massen beunruhigt, wenn ein Arrestant zunächst zögerte, mit ihnen zusammenzuarbeiten: Die Gefangenschaft in den dunklen Kerkern und die wiederholten Besuche bei den Folterknechten brachen schliesslich auch den stärksten Willen, wie der Niederländer Johann Weyer 1568 in seiner Schrift De praestigiis daemonum et incantationibus ac veneficiis darlegte:
So werden diese unglücklichen Frauen, deren Gemüter bereits durch die Täuschungen und Künste des Teufels gestört sind, und die man nun durch häufige Folter aus dem Gleichgewicht bringt, in der anhaltenden Verwahrlosung und Dunkelheit ihrer Kerker gehalten, den abscheulichen Phantomen des Teufels ausgesetzt, und ständig herausgeschleift, um scheussliche Folterqualen zu erleben, bis sie jederzeit diese höchst bittere Existenz mit Freuden gegen den Tod eintauschen würden und bereit sind zu gestehen, welche Verbrechen man ihnen auch vorwirft, als dass sie sich wieder in ihre schrecklichen Kerker werfen und der immer wiederkehrenden Pein aussetzen lassen.
Manche seelisch zerrütteten Verdächtigen glaubten ohne Zweifel an die Wahrhaftigkeit ihrer Geständnisse. Die meisten jedoch waren geständig, weil sie um ihr Leben bangten und weiteren Folterungen entgehen wollten. Selbst wenn für sie die Aussicht bestand, der Todesstrafe zu entrinnen, wählten sie lieber das Geständnis und den Tod, weil sie erkannt hatten, dass ein Weiterleben nach dem Prozess unerträglich wäre. Diese Haltung beobachtete Sir Georg MacKenzie, Kronanwalt Karls II., bei einigen geständigen Hexen, die er befragt hatte:
Eine von ihnen, ein einfältiges Wesen, erzählte ihm „im geheimen, dass sie nicht gestanden habe, weil sie schuldig, sondern weil sie eine arme Kreatur sei, die für ihr Essen arbeite, und weil sie wisse, dass sie, als Hexe verschrien, würde hungern müssen, da ihr nachher niemand Nahrung oder Unterkunft gäbe, und da alle Männer sie schlagen und die Hunde auf sie hetzen würden, und dass sie deshalb aus dieser Welt heraus wolle”.
Manche verurteilten Gefangenen trotzten der Gefahr, weiterer Folter unterworfen zu werden, und zogen ihre Geständnisse im letzten Moment zurück; viele andere gingen still in den Tod. Jene, die sogar vor den Richtern ein Geständnis verweigerten, wurden wegen Missachtung des Gerichts verurteilt; auf sie wartete die Exekution für das Verbrechen der „Schweigsamkeit”.
Von einem der erschütterndsten Widerrufe einer geständigen Hexe berichtete ein Geistlicher, der in einem deutschen Gefängnis eine Frau besucht hatte. Den Worten von Michael Stapirius zufolge ergab sie sich ihm auf Gnade oder Ungnade und erklärte: „Ich habe mir niemals träumen lassen, dass ein Mensch durch die Folter dazu gebracht werden kann, solche Lügen zu erzählen, wie ich es getan habe. Ich bin keine Hexe und habe den Teufel nie gesehen, und doch musste ich mich schuldig bekennen und andere denunzieren. Ich flehe Euch um Himmels willen an, helft mir, damit ich erlöst werde!”