Die Folter, die in den meisten Ländern des europäischen Kontinents ausgiebig angewandt wurde, stellte vielleicht die schlimmste Erscheinung des Hexenwahns dar. Das genaue Ausmass ihrer Anwendung ist jedoch unmöglich zu ermessen, denn nur gelegentlich ist aus erhalten gebliebenen Dokumenten ersichtlich, zu welchen Methoden man damals griff, um Geständnisse zu erpressen. Mitunter ist erkennbar, dass ein Angeklagter gefoltert wurde, obgleich der offizielle Gerichtsbericht feststellt, dass dies nicht der Fall war, wie Friedrich von Spee in seiner Cautio Criminales 1631 erläutert:
Es gibt eine Phrase, die häufig von den Richtern benutzt wird, nach der der Angeklagte ohne Folter gestanden hat und somit unleugbar schuldig ist. Ich war darüber erstaunt und zog Erkundigungen ein und erfuhr, dass sie in Wirklichkeit gefoltert wurden, doch nur in einem scharfgezähnten eisernen Schraubstock an den Schienbeinen, in die die Eisen wie in einen Kuchen hineingepresst werden, Blut hervorbringen und Schmerzen verursachen, und dies wird genaugenommen ohne Folter genannt, was jene täuscht, die die Phrasen der Inquisition nicht verstehen.
Die Folter wurde damit gerechtfertigt, dass die Hexerei ein einzigartiges Verbrechen gegen Gott sei und nicht den üblichen gesetzlichen Sicherheitsklauseln und juristischen Erwägungen unterliege. Wegen der Schwierigkeit, Beweise für die Verbrechen zu finden, die angeblich so schwerwiegend waren, dass sie nicht ignoriert werden konnten, war das Erlangen von Geständnissen von überragender Bedeutung. In den meisten Fällen war die Folter der einzige Weg, Schuldbekenntnisse zu erzwingen, denn kein Jurist nahm für sich in Anspruch, den Teufel zum Erscheinen vor Gericht und zu einer Aussage gegen seine Anhänger überreden zu können. Die erfolgreiche Anwendung der Folter, so argumentierte man, habe auch den positiven Nebeneffekt, überführte Hexen zum Eingeständnis ihres Irrtums zu veranlassen, damit sie den Zorn Gottes besänftigten und vielleicht ihre unsterblichen Seelen retteten, so gefährdet sie auch gewesen sein mögen.
Ohne die weithin übliche Anwendung der Folter hätte der Hexenwahn Europa wahrscheinlich nie so beeinträchtigt, wie es tatsächlich geschehen war. Nur durch deren regelmässigen Einsatz konnten die Dämonologen ihre Behauptungen hinsichtlich der angeblichen Bedrohung durch das Hexenwesen glaubhaft machen, indem sie auf einen umfangreichen Korpus tatsächlicher Geständnisse verwiesen. Es ist bezeichnend, dass es in Hessen bis 1564 nicht eine Hinrichtung wegen Hexerei gab, nachdem der Markgraf von Hessen 1526 ein Folterverbot erlassen hatte.
Lange bevor die Hexenverfolgung zur Hauptbeschäftigung der kirchlichen wie auch der weltlichen Gerichte geworden war, hatte die Inquisition die Theorie und Praxis der Folter als Teil ihres Feldzuges gegen die Häresie in all ihren Erscheinungen entwickelt. Mit massenhaften Angriffen gegen Hexen beschäftigte sich die Inquisition erstmals im vierzehnten Jahrhundert, wobei der blosse Verdacht auf Hexerei als hinreichender Grund für die Festnahme und die grausamste Folterung Verdächtiger behandelt wurde. Kramer und Sprenger hoben in ihrem massgebenden Malleus maleficarum die Eignung der Folter beim Verhör von Hexen hervor und führten an, dass nur Geständnisse, die unter solch extremen körperlichen Leiden gemacht würden, als echt angesehen werden könnten. Ihren Ruf hörte man überall auf dem europäischen Kontinent - vor allem in Deutschland, wo die Angeklagten routinemässig den brutalsten physischen Misshandlungen unterworfen wurden.
In vielen Gegenden regelten festgelegte Verfahren die Anwendung der Folter und liessen sie als etwas Offenkundiges und Legales erscheinen. Die meisten Gerichte wiesen an, die Verdächtigen vor der Folter mit peinlicher Genauigkeit kahl zu scheren, damit kein Dämon im Haar des Gefangenen unentdeckt bliebe und möglicherweise die Qualen abschwächte, die der Folterknecht seinem Opfer zufügte, oder etwa die Antworten des Verdächtigen zu beeinflussen suchte. Der ganze Körper musste sorgfältig auf Zauberformeln untersucht werden, die der Gefangene vielleicht versteckt hatte und die verhindern könnten, dass er die Pein empfand, so wie es beabsichtigt war. Manche Gerichte bestanden darauf, dass weibliche Gefangene von Frauen überprüft wurden; oftmals jedoch liess man sie aufs genaueste von Angehörigen des anderen Geschlechts untersuchen.
Dann unterwarf man den Verdächtigen der Folter, die je nach Schwere in zwei oder drei Grade eingeteilt wurden, wie es Philip van Limborch 1612 in seiner Geschichte der Inquisition beschrieb. Andere Quellen unterschieden zwischen einem Anfangsstadium des Verhörs, bei dem relativ milde Foltermethoden angewendet wurden, und einer zweiten, weitaus härteren Stufe, in der der Folterknecht auf sein gesamtes Arsenal an Folterinstrumenten zurückgriff.
Zu den Foltermethoden des ersten Grades gehörten das Entkleiden, das Fesseln mit Stricken und das Schlagen der Verdächtigen. Mitunter gab man den Gefangenen salzige Speisen zu essen, verweigerte ihnen aber jegliche Flüssigkeit, so dass sie rasenden Durst leiden mussten. Bei diesem Foltergrad konnten sie auf die Leiter (oder die Streckbank) gelegt und mit Seilen auseinandergezogen werden, bis ihre Muskeln rissen, oder man legte den Gefangenen die spanischen Stiefel an, die die Gliedmassen zerquetschten. Andere Methoden, zu denen man bei dieser „vorbereitenden Folter” - der question preparatoire - griff, war ein Rundgang durch die Folterkammer, bei dem die Instrumente gezeigt und erläutert wurden, so dass der Gefangene ermessen konnte, welche Schrecknisse seiner harrten, wenn er seine Schuld nicht sofort und umfassend eingestand. Handelte es sich bei der angeklagten Person um eine gutaussehende Frau oder ein schönes Mädchen, dann bestand für sie die Gefahr, von den Helfern des Henkers vergewaltigt zu werden. Da diese Massnahmen bei vielen Gerichten als relativ mild galten, wurde über jene, die in diesem Stadium ein Geständnis ablegten, in den Gerichtsakten häufig vermerkt, sie hätten ihre Aussagen gemacht, ohne gefoltert worden zu sein.
Weigerte sich die angeklagte Person zu gestehen, dann wurde sie den Folterungen zweiten Grades - der „endgültigen Folter” oder question definitive - unterworfen. Die erste Stufe davon war die „Gewöhnliche Folter”, zu der das Aufziehen gehörte, dessen Wirkung verschiedentlich durch das Anlegen der Daumenschrauben oder durch andere ergänzende Martern noch verstärkt wurde. Das Opfer wurde während der gesamten Prozedur befragt, bis es bereit war, eine umfassende Erklärung seiner Schuld zu unterzeichnen.
Die hartnäckigsten Gefangenen erwartete die Folter dritten Grades oder die zweite Stufe der question definitive - die „ausserordentliche Folter” oder die question extraordinaire -, deren Ziel für gewöhnlich darin bestand, die Namen der Komplizen einer Hexe oder eines Hexenmeisters in Erfahrung zu bringen. Jetzt wurde die verschärfte Form des Aufziehens angewendet, die mehrmals wiederholt werden und ohne weiteres zum Tod des Gefangenen führen konnte.
Die verschiedenen Foltergrade umfassten noch viele andere Methoden. Dazu gehörten unter anderem das zwangsweise Trinken von Weihwasser auf leeren Magen, das Brechen auf dem Rad und in Schottland das gewaltsame Hin und Herreissen des Gefangenen an Stricken, die um dessen Hals gebunden waren. Bei letzterer Methode bekam das Opfer mitunter auch einen mit scharfen Spitzen versehenen Kragen umgelegt, an dem die Stricke befestigt wurden und der während der Folterung das Fleisch am Hals des Opfers aufriss. Eine relativ selten angewendete und sehr gefährliche Prozedur war die Wasserfolter, bei der man den Gefangenen zwang, grosse Mengen Wasser und verknotete Kordelschnüre zu schlucken. Diese Schnüre wurden dem Gefangenen dann mit heftiger Gewalt durch den Mund wieder aus dem Körper gerissen, was gewöhnlich das Herausreissen der Gedärme zur Folge hatte. Andere extreme Foltermethoden waren das Abhacken der Hände und Ohren, das Eintauchen in kochendheisse Bäder, die mit Kalk versetzt waren, und das Abreissen des Fleisches mit rotglühenden Zangen. Manche Gefangene zwang man, grosse Stiefel aus Leder oder Metall anzuziehen, in die dann kochendes Wasser oder geschmolzenes Blei hineingegossen wurde.
Beim Widerruf eines Geständnisses, das ein Verdächtiger unter der Folter abgelegt hatte, wurde der Gemarterte sofort wieder in die Feinkammer zurückgeschickt. Dort waren häufig auch Arzte zugegen, die die Folterungen stoppen mussten, wenn die Gefahr bestand, dass der Gefangene dabei starb. In diesem Fall liess man ihm etwas Zeit zum Erholen, ehe die Folter von neuem begann. Die Vorschrift, die verbot, einen Verdächtigen mehr als dreimal zu foltern, ohne dass neue Beweise zutage kämen, umging man mit dem Argument, dass die letzte Wiederaufnahme der Folter ja lediglich eine Fortsetzung der vorangegangenen Sitzungen sei. Mit dieser Begründung wich man auch dem Gesetz aus, nach dem ein Gefangener, der nach drei Foltersitzungen kein Geständnis abgelegt hatte, als unschuldig zu betrachten sei. Starb ein Verdächtiger unter der Folter, dann entschuldigten sich die Gerichtsbeamten in der Regel damit, dass hier der Teufel eingegriffen und seinem Jünger den Hals gebrochen habe, um dem Folteropfer weitere körperliche Qualen zu ersparen oder um zu verhindern, dass seine diabolischen Geheimnisse enthüllt würden.
Gefangene, die während der Folterung ohnmächtig wurden, brachte der Folterknecht wieder zu sich, indem er ihnen Wasser ins Gesicht schüttete oder Essig in die Nasenlöcher goss. Wenig Rücksicht zeigte man gegenüber Gefangenen, die bereits krank waren, und selbst schwangere Frauen konnten dem Folterer übergeben werden.
Die Verdächtigen zeigten sich der Folter gegenüber unterschiedlich widerstandsfähig. Der Glaube, dass vermeintliche Hexen mit Hilfe des Teufels auch die schlimmsten Qualen überstünden, war weit verbreitet, wie eine von Francesco Maria Guazzo wiedergegebene Geschichte in seinem Compendium maleficarum verdeutlichte:
Eine Frau von fünfzig ertrug kochendes Fett, mit dem ihr ganzer Körper übergossen wurde, und schwere Folterungen all ihrer Glieder, ohne etwas zu fühlen. Sie wurde von der Streckbank genommen, ohne Schmerzen zu empfinden, ganz und unversehrt, ausser dass ihr grosser Zeh, der während der Folter abgerissen wurde, nicht wiederhergestellt war, doch das behinderte oder schmerzte sie in keiner Weise.
Andere Hexen sollen ihren Befragern nur ins Gesicht gelacht haben, als man ihre Körper den schwersten Misshandlungen unterwarf, die man sich nur vorstellen kann. Paulus Grillandus sagte eine lateinische Zauberformel her, von der man annahm, sie habe dem Verdächtigen Unempfindlichkeit gegenüber den Schmerzen der Folter verliehen: „So wie die Muttermilch der Heiligen Jungfrau Maria süss und wohltuend ...

Die Stellungnahmen und Standpunkte aufgeklärter Zeitgenossen zwangen die Kirche allmählich, ihre Vertreter zur Mässigung im Gebrauch der Folter gegen vermeintliche Hexen anzuhalten. In den 1623 und 1657 veröffentlichten päpstlichen Bullen wurde eingestanden, dass die Folter in vielen Fällen der Vergangenheit zu Unrecht angewendet wurde.