Die deutschen Staaten, die damals unter der Herrschaft des Heiligen Römischen Reiches standen, erlebten besonders schlimme Auswirkungen des Hexenwahns, der die europäische Gesellschaft im sechzehnten und siebzehnten Jahrhundert traumatisierte. Auf jede Hexe, die damals in England hingerichtet wurde, kamen in Deutschland ungefähr hundert, die man zu Tode brachte. Insgesamt starben etwa hunderttausend Menschen, nachdem sie von deutschen Gerichten der Hexerei für schuldig befunden worden waren. Dennoch erlebte das Land erst relativ spät - um 1570 - den Höhepunkt des Hexenwahns, als die Jesuiten die Kampagne gegen Nichtkatholiken aller Couleur forcierten. Nach den Bestimmungen der Constitutio Criminalis Carolina, des Strafgesetzbuches des Heiligen Römischen Reiches, das 1532 eingeführt wurde, mussten alle Hexen der Folter unterworfen und zum Tode verurteilt werden. Die Folter wurde in den meisten Staaten von der Obrigkeit offiziell gebilligt, und die Angeklagten litten die schrecklichsten Qualen, ehe sie auf dem Scheiterhaufen endeten.
Das Abschlachten hatte zu dieser Zeit in ganz Deutschland ein solches Ausmass angenommen, dass viele Städte und Dörfer einen richtigen kleinen Wald aus Scheiterhaufen aufzuweisen hatten, auf denen die Verurteilten zu Tode gebracht wurden. In der schlesischen Stadt Neisse konstruierte der Scharfrichter eigens einen riesigen Ofen, in dem er mehr als tausend verurteilte Hexen, manche davon zwei Jahre alt, röstete: Allein 1651 wurden darin zweiundvierzig Frauen und Mädchen umgebracht. In Quedlinburg wurden 1589 an nur einem Tag 133 Hexen öffentlich verbrannt. Der Scharfrichter nahm es auf sich, vier der schönsten Mädchen, die zum Tode verurteilt waren, zu schonen. Die Berichte über die Region um die Benediktinerabtei St. Maximin bei Trier weisen darauf hin, dass in der Zeit zwischen 1587 und 1594 zwei Dörfer regelrecht entvölkert waren, nachdem man alle Bewohner wegen Hexerei hingerichtet hatte, und dass 1586 in zwei anderen Ortschaften lediglich zwei Frauen am Leben gelassen worden waren. Viele Städte verfügten über spezielle „Hexenhäuser” - Gefängnisse, in denen die der Hexerei Beschuldigten eingesperrt und gefoltert wurden.
Um eine Person verhaften und in ein Hexenhaus werfen zu lassen, genügte der blosse Verdacht der Hexerei. Oftmals waren es persönliche Feinde, die aus Rache solche Verdächtigungen laut werden liessen, oder Menschen, die eine ausgesetzte Belohnung dazu verlockte, entsprechende Informationen weiterzugeben. Weltliche und kirchliche Obrigkeit waren besonders eifrig, Verfahren gegen die reichsten Bürger einzuleiten, da sie dann - dem Beispiel der Inquisition folgend - deren Besitztümer konfiszieren konnten. Viele vermeintliche Hexen wurden einfach aufgrund unbewiesener Aussagen vor Gericht gestellt, die Verdächtige unter der Folter gemacht hatten oder die von Kindern stammten, die sich der Tragweite ihrer phantastischen Anschuldigungen offenbar nur wenig bewusst waren.
Noch mehr Menschen wurden Opfer der üblen Aktivitäten berufsmässiger Hexenriecher, die mit ihren belastenden Denunziationen ein Vermögen machten. Niemand war vor ihnen sicher; zu ihren Opfern gehörten in Armut lebende alte Frauen, deren stereotypes Bild in der Volkssage lebendig ist, genauso wie Mitglieder der reichsten Familien der deutschen Gesellschaft. Philipp Adolf von Ehrenberg, der Fürstbischof von Würzburg, liess auf Anraten der Jesuiten seinen eigenen Sohn und Erben als Hexer verbrennen. Später bereute er diese Entscheidung und gebot um 163o die Einstellung aller Hexenprozesse im Bistum. War ein Mitglied einer Familie erst einmal angeklagt worden, dann fiel der Verdacht automatisch auch auf andere Familienmitglieder und enge Gefährten, und man zwang die angeklagte Person zuzugeben, dass diese ebenfalls den Teufel verehrten.
Der aus dem frühen siebzehnten Jahrhundert stammende Brief eines Priesters an den Grafen Werner von Salm beschreibt lebhaft das Ausmass der allgegenwärtigen Bedrohung, als Hexe hingestellt zu werden. Der Verfasser des Briefes berichtet über die Verhaftung und Hinrichtung von Priestern, Mönchen und herausragenden politischen Persönlichkeiten und stellt fest, dass auch Kinder verdächtigt werden:
Die halbe Stadt muss hierin verwickelt sein; denn schon Professoren, Jurastudenten, Pastoren, Stiftsherren Vikare und Mönche sind verhaftet und verbrannt worden ... Der Kanzler und seine Frau und die Frau des Privatsekretärs sind schon ergriffen und hingerichtet worden. An Mariä Verkündigung wurde hier ein Mädchen von neunzehn Jahren exekutiert, das in dem Rufe stand, das lieblichste und tugendhafteste Wesen in der ganzen Stadt zu sein, und das von Kindheit an vom Fürstbischof selbst aufgezogen worden ist ... Kinder von drei oder vier Jahren haben Teufel als Buhlen. Studenten und Knaben von edler Geburt im Alter von neun, zehn, elf, zwölf, dreizehn und vierzehn Jahren sind hier verbrannt worden. Um es kurz zu machen, die Dinge sind in einem solch elenden Zustand, dass man nicht weiss, mit welchen Leuten man sprechen und verkehren soll.
Die Folter, die die vermeintlichen Hexen und Hexenmeister erwartete, war schlimm; sie konnte mehrmals wiederholt werden. Eine Frau soll den Folterknechten nicht weniger als sechsundfünfzigmal übergeben worden sein. Der Einfallsreichtum der Folterer, die entschlossen waren, Geständnisse und die Namen anderer Hexen zu erlangen, kannte keine Grenzen. Der Angeklagte, der, einmal angeschuldigt, nur geringe Aussichten auf einen Freispruch hatte, wurde dazu mit solch teuflischen Methoden und Instrumenten wie den spanischen Stiefeln, dem Aufziehen und den Daumenschrauben gepeinigt.
Versuche, vor Gericht die unter der Folter gemachten Geständnisse zu widerrufen, waren nur selten erfolgreich. Das lag zum Teil daran, dass die Angeklagten nach dem Vorbild der Inquisition keine Zeugen zu ihrer Verteidigung beibringen durften und im allgemeinen bis zum Beweis des Gegenteils als schuldig galten. Jeder, der sein Geständnis widerrief, lief Gefahr, wieder den Folterknechten übergeben zu werden. Die Anklagen gegen vermeintliche Hexen waren ziemlich formal. Sie beschuldigten die Verdächtigen für gewöhnlich, einen Pakt mit dem Teufel geschlossen, ihre Feinde behext, an Hexensabbaten teilgenommen und mit dem Teufel gebuhlt zu haben. Ein Geständnis in allen Punkten der Anklage, auch wenn es unter der Folter gemacht wurde, genügte meist als Rechtfertigung der Todesstrafe.
Die herkömmliche Bestrafung sah den Tod durch Verbrennen vor. Viele verurteilte Hexen wurden bei lebendigem Leibe verbrannt, anderen erwies das Gericht die Gnade, sie erst erdrosseln oder mit dem Schwert durchbohren zu lassen. Gegen Ende der Periode, als die Todesstrafe nicht mehr zwangsläufig verhängt wurde, schickte man viele Schuldige statt dessen ins Exil.
Der Hexenterror in Deutschland, der sich auf Katholiken und Protestanten erstreckte, erreichte während der Gegenreformation um 1570 und nochmals während des Dreissigjährigen Krieges einen Höhepunkt. In dieser Zeit fanden in Verbindung mit den Massenprozessen in Würzburg und Bamberg in den zwanziger und frühen dreissiger Jahren des siebzehnten Jahrhunderts die schlimmsten Exzesse statt. Ebenfalls und selbst für damalige Massstäbe exzessiv war die unbarmherzige Kampagne gegen den Lutheraner Benedikt Carpzov in Sachsen, die das Leben einiger zwanzigtausend Verdächtigter forderte.
Hier muss angemerkt werden, dass jene, die sich der systematischen Verfolgung angeblicher Hexen in Deutschland entgegenstellten, auf eigene Gefahr handelten. Menschen, die man verdächtigte, „Hexenfreunde” zu sein, mussten damit rechnen, der gleichen Behandlung unterworfen zu werden wie die Opfer, denen sie wohlwollend gegenüberstanden, oder auf andere, subtilere Weise unschädlich gemacht zu werden.
Gegen Ende des siebzehnten Jahrhunderts begann der Terror - zunächst in den protestantischen Staaten - abzuflauen. Es kam jedoch noch viele Jahre lang zu vereinzelten Ausbrüchen. Der letzte Hexenprozess in Preussen beispielsweise fand 1728 statt, das letzte Todesurteil in Deutschland wegen Hexerei wurde erst 1775 vollstreckt. Damals wurde Anna Maria Schwägel auf Anweisung des regierenden Abtes Honorius hingerichtet.