Englischer Alchimist, Geograph und Mathematiker, der zum berühmtesten Zauberer des elisabethanischen Zeitalters wurde. Dee verfasste Schriften zu verschiedenen Themen, darunter zur Logik, Astrologie, Naturphilosophie, Schifffahrtskunde und zum Kalender. Er gehörte zu den schöpferischsten Gelehrten seiner Zeit und war Mitbegründer des Trinity College der Universität Cambridge. Der Zauberei wurde er das erstemal 1546 beschuldigt, als er einen mechanischen Käfer baute, der als Bühnenrequisit für eine Aufführung von Aristophanes' Stück „Der Friede” gedacht war. In Belgien und Frankreich eignete er sich bei Autoritäten wie Cornelius Agrippa von Nettesheim weiteres Wissen an. Besonders faszinierend war für ihn das zwischen Wissenschaft und Magie liegende Reich der Erfindungen.
Eduard Vl. gewährte dem jungen, doch bereits über die Landesgrenzen hinaus geachteten Dee eine Pension, die dieser gegen die Pfründe von Uptonupon Severn eintauschte. Später wurde Dee Astrologe bei Maria I. und erstellte für sie und ihren zukünftigen Gemahl Philipp II., König von Spanien, Horoskope. 1555 entzweite er sich jedoch mit seiner königlichen Gebieterin, als er - wahrscheinlich wegen seiner Freundschaft mit deren Feindin, Prinzessin Elisabeth - beschuldigt wurde, er habe sie mit Hilfe der Magie töten wollen. Weitere Anklagepunkte lauteten, er habe durch Hexerei den Tod von Kindern bewirkt und besässe Hausgeister. Es gelang ihm, einem Schuldspruch wegen Hochverrats zu entgehen, doch die Sternkammer schickte ihn ins Gefängnis, wo er zwei Jahre blieb. Unter Elisabeth I. gewann er dann die königliche Gunst zurück, und die neue Herrscherin beriet sich mit ihm bezüglich des günstigsten Datums für ihre Krönung im Jahre 1559. Sie unterstützte ihn mehrmals mit Geldgeschenken, um seine Forschungen auf dem Gebiet der Alchimie zu fördern. Man hält es auch für wahrscheinlich, dass Dee für die Königin als Spion tätig war.
1563 veröffentlichte Dee seine umstrittene Schrift Monas Hieroglyphia, die die mystische Wissenschaft der Zahlenkunde erörterte. Dee hatte das Buch in seinem Geheimkode verfasst, und nur Personen, die er ins Vertrauen zog, erfuhren von ihm, wie der Text entschlüsselt werden musste. 1577 bestellte ihn die Königin nach Windsor, wo sie sich von ihm den Ursprung des Halleyschen Kometen erläutern liess, dessen Erscheinen in jenem Jahr erwartet wurde.
1581 tat sich Dee mit Edward Kelly zusammen, der sein Interesse am Okkulten teilte. Zusammen führten sie zahlreiche Untersuchungen zu Themen wie der Kristallomantie und der Nekromantie durch. Dee interessierte sich besonders für die Möglichkeit, mit der Welt der Geister in Verbindung zu treten, und sei es auch nur, um seine intellektuelle Neugier zu befriedigen. Dee und Kelly erklärten, Gespräche mit Engeln gehabt zu haben, wozu ihnen Dees berühmte Kristallkugel verholfen habe, die Elisabeth I. bat untersuchen zu dürfen. Dee selbst war nicht in der Lage, die mit der Kugel herbeigerufenen Wesen zu sehen, doch er notierte die Beschreibungen, die ihm Kelly lieferte, der allein die Engel sehen konnte.
Die beiden Gelehrten und ihre Ehefrauen reisten weit umher und waren mehrmals Gäste des Königs von Polen, des Kaisers Rudolf II. von Böhmen und des Zaren des Russischen Reichs. 1589 schliesslich trennten sich Dee und Kelly - zwei Jahre, nachdem Dee nur zögernd einer Abmachung zugestimmt hatte, nach der sich beide ihre Ehefrauen teilen sollten, worauf Kellys übernatürliche Gesprächspartner angeblich bestanden hatten. Als Dees Frau sich über die Zweifelhaftigkeit der Abmachung äusserte, antwortete Dee ihr recht kläglich: „Es gibt kein anderes Mittel ... wir müssen es also tun.”
1595 erhielt Dee, obgleich kein Günstling von Elisabeth I. mehr, den Posten des Direktors am Manchester College. Während sich Dee in Manchester aufhielt, befasste er sich auch mit der vermeintlichen Besessenheit der Kinder von Nicholas Starkie. Seine Versuche, das Kristallsehen weiter zu erforschen, blieben erfolglos, da er keinen Assistenten mit den Fähigkeiten seines früheren Gefährten Kelly finden konnte.
1604 verlor Dee sein Amt in Manchester. Angesichts des aufkommenden Hexenwahns fürchtete er vielleicht um sein Wohlergehen und suchte bei Jakob I. um eine öffentliche Widerlegung seines Rufs als Magier nach. Das war eine Enttäuschung für Dee, der über die Bezeichnung „Magier” tief verärgert war und darauf bestand, trotz seines Interesses für die Magie stets ein pflichtbewusster Christ gewesen zu sein. Man unternahm jedoch nichts gegen den inzwischen gealterten Gelehrten. Trotz der vielen ausserordentlichen Leistungen, die er in seinem Leben vollbracht hatte, starb Dee im Alter von einundachtzig Jahren als armer Mann. Er wurde in seinem Heimatort Mortlake beerdigt.