Wie andere deutsche Staaten, so litt auch Bayern beträchtlich unter dem Hexenwahn, der Europa im frühen siebzehnten Jahrhundert überzog. Unter Herzog Wilhelm V. und dessen Sohn Maximilian I., die unter dem Einfluss ihrer jesuitischen Berater standen, wurde der Staat von etwa 1590 an von einer langen Folge blutiger Hexenjagden erschüttert. Damals forderte Wilhelm V. eine Untersuchung des Hexenwesens in der Region und sanktionierte mit dem Einverständnis der jesuitischen Universität von Ingolstadt die ersten Prozesse gegen vermeintliche Hexen.
Die Verfolgungen orientierten sich an Berichten von früheren Hexenprozessen in anderen Teilen Deutschlands. Die Art der Beweisfindung war stark durch den von Peter Binsfeld neu herausgegebenen Malleus maleficarum beeinflusst. Die Folter wurde routinemässig angewendet, um Geständnisse zu erpressen, und es gibt Berichte von mindestens einer Verdächtigen in München, die ohne Unterbrechung gepeinigt wurde, bis sie vor ihren Befragern ein Schuldbekenntnis abgab. Die als Hexen schuldig Gesprochenen wurden ermuntert, die Namen von Komplizen anzugeben, und so breitete sich der Wahn, der mehr und mehr Opfer forderte, immer weiter aus.
In manchen Städten und Dörfern fielen der Hexenpanik mehr Einwohner zum Opfer als anderswo. Einer der am schwersten heimgesuchten Orte war Werdenfels in den Alpen, wo von 15901591 von 4700 Einwohnern neunundvierzig als Hexen verbrannt wurden. In Schongau indessen setzte man alle anderen Prozesse ab, damit sich die Richter dem Geschäft der Verfolgung angeblicher Hexen widmen und diese zum Tode verurteilen konnten.
Viele Opfer wurden von professionellen Hexenriechern identifiziert, die die Verdächtigen gegen eine Gebühr auf Hexenmale untersuchten. Die Scharfrichter konnten durch die wachsende Zahl von Verbrennungen beträchtliche Vermögen anhäufen; sie gehörten zu den mächtigsten und einflussreichsten Mitgliedern ihrer Gemeinden, waren oftmals nicht nur Henker, sondern traten auch als Hexenriecher auf, wie beispielsweise der bekannte Jörg Abriel aus Trier.
Nach 1597, als Maximilian I. nach der Abdankung seines Vaters die Herrschaft antrat, verstärkte sich der Hexenwahn. Maximilian glaubte, dass das Hexenwesen für die Unfruchtbarkeit seiner Frau verantwortlich sei. Er, der als junger Mann persönlich bei der Folterung von Hexen zugesehen hatte, führte den Feldzug mit neuer Heftigkeit und wurde darin von den Jesuiten unterstützt und ermutigt. Neue Gesetze drohten jedem mit der Todesstrafe, der schuldig befunden wurde, einen Pakt mit dem Teufel geschlossen zu haben, und erlaubten, jene, die ihre Geständnisse widerriefen, zu weiteren Misshandlungen sofort wieder den Folterknechten zu übergeben. Die Hysterie war so stark, dass die Gerichtsbeamten Widerrufe später gänzlich verboten und Anzeichen von Angst während des Arrests als Indiz für die Schuld der Angeklagten nahmen. Als 1619 ein Richter in Ingolstadt die Anklagen gegen eine Frau und drei Kinder fallen liess, intervenierte Maximilian persönlich und sorgte dafür, dass der Fall fortgeführt wurde. Er veröffentlichte 1622 eine General und Spezialinstruktion über den Hexenprozess, um die Richter zu härteren Massnahmen gegen vermeintliche Hexen anzuregen.
Eine gewisse Mässigung erfuhr das Wüten um 1631, als mehrere humanitär gesinnte Berater Maximilian I. dazu überredeten, in der Hexenjagd nachzulassen, die so viele Leben gefordert hatte. Ein Jahr darauf beendete die Ankunft schwedischer Invasionstruppen den Wahn. Sporadische Ausbrüche des Hexenwahns gab es allerdings noch hundert Jahre und länger. 1722 beispielsweise wurde ein Mann namens Georg Pröls von einigen Kindern der Hexerei bezichtigt, nach grausamer Folter enthauptet und in Moosburg bei Freising verbrannt. Andere Personen, deren Namen der inzwischen Hingerichtete genannt hatte, wurden von der Obrigkeit freigelassen, da man fürchtete, dass eine ganze Serie von Hexenprozessen eine schwere Panik entfachen und die schlimmsten Grausamkeiten des zurückliegenden Jahrhunderts wiederbeleben könnte.
Zu den letzten Hexenfällen, die man in Bayern verhandelte, gehörten der Massenprozess, der 1728 1 734 in Augsburg gegen etwa zwanzig Beschuldigte geführt wurde und in dessen Ergebnis es mehrere Hinrichtungen gab, sowie der Prozess und die Hinrichtung der Anna Maria Schwägel im Jahre 1775 in Schwaben.