Zusammen mit Izanami bildet er das urzeitliche Götterpaar im Shinto: die göttlichen Ureltern. Als das Paar über die Himmelsbrücke schritt (nach den mythologischen Texten des Kojiki und Nihongi aus dem 8. Jahrhundert n. Chr.), schleuderte Izanagi seinen Speer ins Urmeer, das daraufhin die erste Insel gebar. Danach zeugten/schufen die Ureltern alle Länder, Flüsse, Berge, Pflanzen, Tiere und schliesslich die Menschen. Zu seinen göttlichen Kindern gehören vor allem die Sonnengöttin Amaterasu, der Mondgott Tsukiyomi und der Sturmgott Susano(w)o.