Nephthys ist die Schwester der Isis, philosophisch aber nur einer ihrer Aspekte. Wie Osiris und Typhon zwei Aspekte einer Gottheit sind, so sind Isis und Nephthys ein und dasselbe Symbol der Natur in ihrem dualen Aspekt. Während also Isis die Gattin des Osiris ist, ist Nephthys die Gattin des Typhon, des Feindes und Mörders des Osiris, auch wenn sie um Osiris weint. Sie wird oft an der Bahre des grossen Sonnen-Gottes dargestellt und hat dabei auf ihrem Kopf eine Sonnenscheibe zwischen den beiden Hörnern eines Halbmondes. Sie ist der Genius der niederen Welt, und Anubis, der ägyptische Pluto, wird ihr Sohn genannt.
Plutarch hat eine relativ gute esoterische Beschreibung der beiden Schwestern gegeben. Er schreibt: „Nephthys bedeutet das, was unter der Erde und unsichtbar ist (d. h. ihre auflösende und regenerierende Macht), und Isis das, was oberhalb der Erde und sichtbar ist (oder die physische Natur). ... Der Kreis des Horizontes, der diese beiden Hemisphären teilt und beiden gemeinsam ist, ist Anubis." Dass die beiden Göttinnen miteinander fast identisch sind, wird dadurch gezeigt, dass auch Isis die Mutter des Anubis genannt wird. So sind die beiden das Alpha und das Omega der Natur.