Mit dem Niedergang des Mittleren Reiches (2075-1650 v. Chr.) scheinen Völkerschaften aus dem westasiatischen Raum ins Delta eingewandert zu sein, um dort Siedlungen zu errichten. Die 2. Zwischenzeit begann mit der Gründung der 15. Dynastie in Auaris (Tell el-Dab`a) im Delta. Die 15. Dynastie der „Grossen Hyksos“ herrschte fast gleichzeitig mit der Linie der „Kleinen Hyksos“, der 16. Dynastie. Die genauen Daten dieser beiden Dynastien und insbes. der einzelnen Herrscher sind unsicher. Nicht anders sieht es mit der letzten Dynastie dieser Epoche aus, der 17., die von Theben aus regierte und - im Gegensatz zu den fremdländischen Herrschern im Norden - ägyptisch war.
Nach der Gründung ihrer Hauptstadt Auaris scheint sich der Einflussbereich der Hyksos langsam ausgebreitet zu haben: Es entwickelten sich Zentren wie Tell el-Jahudija und Tell el-Maschuta, und wahrscheinlich wurde auch die alte Hauptstadt Memphis erobert. Die neuen Herrscher unterhielten offensichtlich Handelsbeziehungen zum Nahen Osten und zur Ägäis; dafür sprechen der Fund einiger Gegenstände mit den Namen von Hyksoskönigen in Knossos, Bagdad und Boghazköy, aber auch Reste minoischer Fresken in der Hyksosresidenz Auaris. Im nubischen Kerma fand man Siegel mit dem Namen Scheschi, vermutlich eine korrumpierte Form von Salitis, dem ältesten belegten Hyksoskönig. Diese Siegel deuten wohl darauf hin, dass zwischen den Hyksos und dem Königreich von Kerma ein Bündnis bestanden hatte, um die gegnerische thebanische 17. Dynastie einzukreisen. Zum offenen Kampf zwischen Theben und den Hyksos kam es schliesslich unter Seqenenra Ta`a II. und Kamose, den letzten Herrschern der 17. Dynastie. Aber erst Ahmose, dem 1. König der 18. Dynastie, gelang es, die Hyksos endgültig zu vertreiben und damit das Neue Reich zu begründen.