Bedeutendste Nekropole von Memphis, die von der 1. Dynastie (3100-2890 v. Chr.) bis in die christliche Zeit (395-540 n. Chr.) genutzt wurde. Etwa 17 km vom Kairoer Vorort Gisa entfernt gelegen, erstreckt sie sich über eine Gesamtlänge von etwa 6 km; an der breitesten Stelle misst sie etwa 1,5 km. Lange Zeit hielt sich die Meinung, der Name Saqqara leite sich von dem des Gottes Sokar ab; glaubwürdiger erscheint allerdings der Hinweis arabischer Chronisten, die ihn auf den Namen eines arabischen Stammes zurückführen, der einst in dem Gebiet lebte.
Auf die Bedeutung-, die Saqqara als Nekropole einmal hatte, verweist die äusserst dichte Belegung; manche Gräber wurden viele Male benutzt, nahezu alle jedoch schon in alter Zeit ausgiebig geplündert. Unterirdisch gleicht Saqqara einer Bienenwabe: An der Wüstenoberfläche oft nicht zu erkennende Gräber, Galerien und Grabräuberschächte durchziehen die Erde.
Narmer (um 3100 v. Chr., 1. Dynastie) ist der erste König, dessen Namen wir aus Saqqara kennen; mit grosser Wahrscheinlichkeit war er selbst zwar in Grab B17-18 des Friedhofs Umm el-Qa'ab in Abydos bestattet, doch fand man in einem der ausgedehnten Magazine unter der Stufenpyramide des Djoser (2667-2648 v. Chr.) eine Steinschale mit seinem Namen. Es ist nicht auszuschliessen, dass es ursprünglich auch ein Monument aus der Regierungszeit des Narmer in Saqqara gab, da Mastaba-Gräber aus einer nur unwesentlich späteren Phase der 1. Dynastie hier gut belegt sind; sie bilden eine eigene Gruppe am Nordost-Rand des Plateaus.
Es gilt als wahrscheinlich, dass sich die „Weissen Mauern“ (einer der Namen des späteren Memphis) ursprünglich in der Nähe der heutigen Ortschaft Abusir befanden, die am nordöstlichen Plateau-Rand, nahe den Gräbern der 1. und 2. Dynastie, liegt. Die ständige Ausweitung des Mastaba-Friedhofs am Rand des Plateaus während der ersten beiden Dynastien mag allmählich dazu geführt haben, dass es der Bevölkerung von Memphis schliesslich schwerfiel, in der riesigen Menge einzelne Gräber ausfindig zu machen; man hat darin einen Grund sehen wollen, warum der Architekt Imhotep in der frühen 3. Dynastie einen derart neuartigen Bau wie Djosers Grabmonument entwarf. Zum ersten Mal wurde hier in Ägypten die Steinbauweise in so grossem Stil angewandt. Deshalb lehnte sie sich auch noch eng an den früheren Baustil an, der von Lehmziegeln und organischen Materialien geprägt war: Die „Palastfassaden“-Dekoration blieb weiterhin in Gebrauch, und einige Formen der bisherigen Holzsäulen wurden in Stein umgesetzt.
Mastabas wurden in Saqqara während des Alten Reiches (2686-2181 v. Chr.) für die memphitische Oberschicht errichtet; viele dieser Gräber gruppieren sich eng um die Königspyramiden, die vom Djoser-Bezirk aus der 3. Dynastie bis zum Grabmal des Chendjer (um 1748 v. Chr., 13. Dynastie) reichen. Die Pyramide des Wenis (2375-2345 v. Chr., 5. Dynastie) ist die erste, deren Wände mit den Pyramidentexten beschriftet wurden, während der Pyramidenbezirk von Pepi II. (2278-2184 v. Chr., 6. Dynastie) die letzte bedeutende Grabanlage des Alten Reiches in Saqqara ist-. Die Reste der kleinen Lehmziegelpyramide des ibi, eines Königs der 8. Dynastie, symbolisieren den Niedergang des politischen und wirtschaftlichen Systemv vom Alten Reich bis in die 1. Zwischenzeit (2181-2055 v. Chr.).
Im Mittleren Reich (2055-1650 v. Chr.) und in der 2. Zwischenzeit (1650-1550 v. Chr.) errichteten die ägyptischen Könige ihre Grabstätten dann vorzugsweise in der Gegend um Dahschur und el-Lischt sowie in el-Lahun, Hawara und Theben. Auch wenn Theben wahrscheinlich die religiöse Hauptstadt des Neuen Reiches (1550-1069 v. Chr.) war, spielte Memphis in der Verwaltung weiterhin eine bedeutende Rolle und blieb bis zum Ende des Pharaonenreichs fast durchgehend der eigentliche Regierungssitz. Viele ranghofe Beamte des Neuen Reiches residierten in der Stadt, und obwohl ihre Herrscher das thebanische Tal der Könige als Bestattungsort wählten, liessen viele Adlige sich kunstvolle, tempelartige Grabkapellen in Saqqara bauen, meist umgeben mit den kleineren Gräbern ihrer Bediensteten und Angehörigen.
Einige dieser Neuen Reichs-Gräber dokumentierte Karl Richard Lepsius während seiner Expedition von 1842 bis 1845, doch liess sich ihre genaue Lage später aus Karten nur mehr schwer eruieren. Seit 1975 hat die gemeinsame Expedition der Egypt Exploration Society und des Museums von Leiden einige dieser Gräber wiederentdeckt, und zwar in dem südl. des Aufwegs der Wenis-Pyramide gelegenen Teil der Nekropole, in dem die schönsten erhaltenen Gräber aus der Zeitspanne zwischen Tutanchamun (1336-1327, späte 18. Dynastie) und Ramses II. (1279-1213 v. Chr., frühe 19. Dynastie) stammen. Zu den wiederentdeckten Gräbern gehören das des Maja, Vorsteher des Schatzhauses unter Tutanchamun, und das seines Zeitgenossen, des Generals und späteren Pharaos Horemher (1323-1295 v. Chr.), der im Tal der Könige beigesetzt wurde. In den Felsen am nördl. Ende des Saqqara-Plateaus, wo sich auch die frühdynastischen Reste finden, entdeckte eine franz. Expedition unter Leitung von Alain Zivie ebenfalls vor kurzem das Grab des Aperia (oder Aper-el), der unter Echnaton (1352-1336 v. Chr.) und Tutanchamun Wesir von Unterägypten war; dies scheint darauf hinzudeuten, dass hohe Beamte auch dann noch in Memphis ihren Amtssitz hatten, als Ägypten mit El-Amarna für kurze Zeit eine neue Hauptstadt erhielt.
Auch in Nordwest-Saqqara wurden im Neuen Reich Grabstätten angelegt - die Hypogäen (Grüfte) der heiligen Apis-Stiere, die spätestens ab der Regierungszeit Amenhoteps III. (1390-1352 v. Chr.) bis in die Römerzeit in den unterirdischen Galerien des Serapeums bestattet wurden. In der Spätzeit (747-332 v. Chr.) wurden riesige Mengen heiliger Tiere in den ausgedehnten Katakomben am Nord-Ende von Saqqara beigesetzt; unter diesen mumifizierten Tieren und Vögeln befanden sich Kühe, die man als „Mütter des Apis“ identifizierte, sowie Paviane, Falken und Ibisse. Das Gebiet für die Nekropole heiliger Tiere hatte man wahrscheinlich wegen seiner traditionellen Verbindung mit Imhotep ausgewählt, der im Laufe der Zeit mit Thot gleichgesetzt worden war, einem Gott, der insbes. mit Pavianen und Ibissen in Verbindung gebracht wurde. Aus Texten geht hervor, dass auch dem Gott Banebdjedet heilige Widder sowie die Kälber des Apis-Stiers in diesem Gebiet bestattet wurden, doch konnten die entsprechenden Galerien noch nicht lokalisiert werden. Weiter östlich fand man im Zusammenhang mit dem Anubeion bzw. dem Bubasteion Bestattungen von Hunden oder Schakalen und von Katzen. So viele Katzen wurden in diesem Teil von Saqqara beigesetzt, dass ihre mumifizierten Überreste sogar in älteren Privatgräbern wie dem nahe gelegenen Grab des Aper-el abgelegt wurden.
In der Nähe der Wenis-Pyramide finden sich Privatgräber aus der 26. und 27. Dynastie (664-404 v. Chr.). Viele der Künstler, welche die Gräber der 26. Dynastie (oder Saitenzeit) dekorierten, orientierten sich ganz bewusst an der Grabkunst aus früheren Jh. Gräber der 30. Dynastie und der griech-röm. Zeit (332 v. Chr. - 395 n. Chr.) befinden sich hauptsächlich an der Nord-Seite der Stufenpyramide und zum Serapeum hin.
Da viele der Gräber in Saqqara (v. a. während des Neuen Reiches) aus ungewöhnlich kleinen Steinblöcken errichtet wurden, konnten sie leicht abgebaut und als Material für spätere Steinbauten wiederverwendet werden. So wurde z. B. ein Grossteil des Jeremias-Klosters südlich des Wenis-Aufwegs aus solchen wiederverwendeten Blöcken erbaut. Etwas südöstlich davon, in der Nähe des Wenis-Taltempels, entstand zu der Zeit, als das Kloster in Betrieb war, auch eine kleine koptische Siedlung.