Die Römer wurden zum ersten Mal in ägyptischen Angelegenheiten durch Pompeius verwickelt, der sich in die finanziellen Belange des ptolemäischen Königshofes hatte hineinziehen lassen und schliesslich nach dem Tod Ptolemaios Xll. (80-51 v. Chr.) als Vormund von dessen Tochter Kleopatra VII. (51-30 v. Chr.) wirkte. Nach seiner Niederlage bei Pharsalos gegen Cäsar 48 v. Chr. floh Pompeius nach Ägypten, wo er jedoch ermordet wurde. Daraufhin zog Caesar in Ägypten ein und machte Kleopatra, die 48 v.Chr. für kurze Zeit von der Macht verdrängt worden war, zur Mitregentin ihres zweiten Bruders, Ptolemaios XIV. (47-44 v. Chr.), den sie dann auch heiratete. 47 v. Chr. gebar Kleopatra einen Sohn, Ptolemaios Kaisarion, als dessen Vater sie Caesar angab. Ihr Besuch in Rom im Jahr 46 v. Chr. erweckte grosses Aufsehen, ebenso ihre politischen Machenschaften nach ihrer Rückkehr nach Ägypten, wo sie u. a. ihren Bruder ermorden liess und Kaisarion auf den Thron brachte. Einige Zeit nach einem Treffen mit Marcus Antonius in Tarsus, zu dem die Römer sie beordert hatten, gebar sie ihm Zwillinge.
34 v. Chr. teilte Marcus Antonius Gebiete des Oströmischen Reiches unter Kleopatra (inzwischen seine Frau) und ihren Kindern auf, während er Rom gegenüber erklärte, er setze lediglich Vasallen ein. Octavian (der spätere Augustas) organisierte jedoch einen Propagandafeldzug gegen Antonius, und 32 v. Chr. erklärte Rom Kleopatra den Krieg. Im Jahr darauf schlug Octavian den Marcus Antonius in der Seeschlacht von Actium. Sowohl Marcus Antonius als auch Kleopatra begingen Selbstmord, und Octavian liess Kaisarion töten, um der Ptolemäerherrschaft ein für allemal ein Ende zu setzen.
Octavian Augustus erklärte sich am 30.August 30 v. Chr. selbst zum Pharao und behandelte Ägypten fortan weniger als römische Provinz denn als kaiserlichen Besitz. Dieser Sonderstatus wurde unter nachfolgenden Kaisern beibehalten. Griechisch blieb die offizielle Sprache, Alexandria die bedeutendste Stadt. Das Land wurde nur spärlich militärisch besetzt, auch wenn Stützpunkte bis nach Qasr Ibrim in Nubien bekannt sind. Augustus herrschte von 30 v. Chr. bis 14 n. Chr.; in dieser Zeit scheint er wenig getan zu haben, um sich bei der einheimischen ägyptischen Elite beliebt zu machen, die ihm v. a. seine Verachtung für die traditionelle Religion und seine Weigerung, dem heiligen Apis-Stier in Memphis einen Besuch abzustatten, verübelte.
Oberflächlich gesehen war die römische Herrschaft eine Fortsetzung der Ptolemäerzeit, sieht man einmal davon ab, dass es keine in Ägypten residierende Herrscherfamilie gab. Dies hatte weitreichende Konsequenzen: Es gab für Ägypten keinen Anreiz mehr, Reichtum zu schaffen, wurde es doch aus der Ferne als Nahrungsmittellieferant für Rom ausgebeutet. Unter den Ptolemäern eingeführte Verbesserungen im Bewässerungssystem wurden von der römischen Verwaltung bis ins letzte ausgeschöpft, und der Ertrag wurde in Form von Steuern durch Gouverneure eingezogen, die für jedwedes Defizit persönlich verantwortlich gemacht werden konnten.
Die offizielle Anerkennung ägyptischer Traditionen, etwa die Fertigstellung ptolemäischer Tempel (z. B. Dendera, Kom Ombo und Philae) in ägyptischem Stil und die Darstellung der Kaiser in ägyptischer Tracht, trug wenig dazu bei, von den harten Lebensbedingungen abzulenken, unter denen die Armen zu leiden hatten. Es kam mehrfach zu Unruhen, so u. a. 115-117 n. Chr. zu einem Aufstand der Juden. Kaiser Hadrian (117-138 n. Chr.) war Ägypten freundlicher gesinnt und bereiste das Land ausgiebig. In seiner Villa in Tivoli liess er Statuen ägyptischer Götter aufstellen und sogar ein Serapeum errichten. Während seiner Herrschaft gewann die ägyptische Religion sehr grossen Einfluss in Rom. Die Zustände in Ägypten dürften sich allerdings infolge des kaiserlichen Besuchs nur wenig gebessert haben, der offenbar lediglich zur Gründung neuer Siedlungen wie Antinoopolis in Mittelägypten führte.
Während der Regierungszeit Marc Aurels (161-180 n. Chr.) wurde Ägypten von einer Seuche heimgesucht, die weiter zur allmählichen Entvölkerung des Landes beigetragen haben dürfte, während die Erhebung des Avidius Cassius 177 n. Chr. die Situation auch nicht verbesserte. Etwas positiver gestaltete sich die Lage unter Septimius Severinus (193-211 n. Chr.), der die lokale Verwaltung reorganisierte und verschiedene Bautätigkeiten anordnete, insbes. die Restaurierung der Memnonskolosse in Theben. Diese Versöhnungsphase war indes von kurzer Dauer, und 217 n. Chr. verbannte Caracalla (211-217 n.Chr.) die Ägypter aus Alexandria und befahl die Tötung aller Jugendlichen der Stadt aufgrund einer von den Bewohnern verbreiteten Verleumdung.
Die Herrschaft des Diocletian (284-305 n. Chr.) war berüchtigt wegen ihrer Christenverfolgung; die Christen in Ägypten (Kopten genannt) blieben davon nicht verschont, ja sie hatten aufgrund des Einflusses des Sossianus Hierocles, eines fanatischen Christen-Verfolgers, vielleicht sogar noch mehr zu leiden. Es war ein Versuch, die traditionelle römische Religion zu bewahren, dem jedoch kein Erfolg beschieden war. So überlebte nicht nur das Christentum, sondern ägyptische Kulte, allen voran der Isis-Kult, blieben im römischen Reich fest etabliert.
Obwohl römische Besucher (die eine Sondergenehmigung zum Besuch des Landes benötigten) weiterhin dem - insbes. von Griechen besiedelten - Fajjum den Vorzug gaben, kam es auch in dieser Region zu einer allmählichen Entvölkerung, die im 4. nachchristl. Jh. offenkundig wurde. 38-1 n. Chr. erliess Theodosius (379-393 n. Chr.) ein Edikt, in dem er die Schliessung aller heidnischen Tempel befahl und anordnete, dass die gesamte Bevölkerung dem Christentum huldige. Einige Gebiete widersetzten sich jedoch, und Philae blieb noch lange ein Stützpunkt der traditionellen ägyptischen Religion. Die ägypischen Christen fuhren fort, Kirchen und Klöster in altägyptischen Tempeln einzurichten und Siedlungen zu gründen.