Die anscheinend simple Frage nach den rassischen Wurzeln oder der Rassenzugehörigkeit der Ägypter ist schwierig zu beantworten und bis zu einem gewissen Grad irrelevant. Wir wissen, dass ihre Sprache zu der als afro-asiat. oder hamito-semitisch bekannten Gruppe zählte, was lediglich bedeutet, dass sie einige Gemeinsamkeiten mit Sprachen besass, die in Teilen Afrikas und im Nahen Osten gesprochen wurden. Zu dieser Sprachgruppe gehören Menschen unterschiedlichster Rassen, vergleichbar dem Spanischen, das von Spaniern wie von südamerikanischen Indianern gesprochen wird.
Untersuchungen menschlicher Überreste aus der prädynastischen Zeit zeigen eine Mischung von Rassenmerkmalen, darunter negride, mediterrane und europäische. Nach der Herausbildung der pharaonischen Zivilisation erübrigt sich die Suche nach einer eigenen ägyptischen Rasse, da die Ägypter inzwischen praktisch zu einem Mischvolk geworden waren. Im Zusammenhang mit der drühdynastischen Zeit (um 3100-2900 v. Chr.) allerdings wurde die Frage nach der rassischen Zugehörigkeit oft sehr heftig- diskutiert, wobei eine Reihe von Gelehrten, darunter W. V. Emery, behaupteten, die prädynastischen Ägypter seien von einer neuen, aus dem Osten herandrängenden Rasse unterworfen worden. Untersuchungen von Skelettfunden, die als Beleg für diese Theorie herangezogen werden, verweisen wohl tatsächlich auf eine körperliche oder rassenspezifische Veränderung, doch geht man heute davon aus, dass es sich um einen allmählichen Prozess der Vermischung zwischen einheimischer Bevölkerung und Menschen anderer rassischer Zugehörigkeit aus Syrien-Palästina handelte, die über das Delta nach Ägypten eingesickert waren.
Aufschlussreicher ist die Frage, wie die Ägypter sich selbst sahen. Sie betrachteten sich mit Sicherheit nicht als Afrikaner oder Asiaten - das geht aus ihrer Kunst und Literatur ganz eindeutig hervor. Als „Ägypter“ unterschieden sie sich automatisch von allen ihren Nachbarn, selbst wenn manch ein Ägypter aufgrund seiner Rassenmerkmale „fremdländisch“ ausgesehen haben mag, wie etwa Maitherperi, ein hoher Beamter aus dem Neuen Reich, der zweifellos negrider Abstammung war und dennoch einen wichtigen Posten innehatte. In der ägyptischen Ikonographie wurden Ausländer in Aussehen und Tracht betont differenziert dargestellt; trotz dieses offensichtlichen Bewusstseins für die Unterschiede konnten Angehörige vieler verschiedener Rassen sich durchaus als Ägypter fühlen und wurden als solche anerkannt. Ein eindrucksvolles Beispiel für ein solches Miteinander sind Skelettfunde aus dem „Grab der zwei Brüder“ in Rifeh aus dem Mittleren Reich (2055-1650 v. Chr.): Das Aussehen eines der Männer war negroid, das seines Bruders eher europäisch.
In jüngster Zeit haben einige Wissenschaftler, insbesondere Martin Bernal, Verfasser der Schwarzen Athene, behauptet, die Ägypter seien im wesentlichen eine „schwarzafrikanische“ Kultur gewesen; das alte Ägypten sollte deshalb als ein Höhepunkt der „Kultur des schwarzen Mannes“ betrachtet werden, die die Anfänge der griech. Klassik im Mittelmeerraum inspiriert hat. Wenn auch zu würdigen ist, dass Bernal versucht, die Aufmerksamkeit auf den afrik. Beitrag zur westl. Kultur zu lenken, könnte man seiner Hypothese doch vorwerfen, sie gehe am eigentlichen Punkt vorbei, denn „Kulturen“ lassen sich nicht unbedingt nur unter rein rassischen Gesichtspunkten definieren. Mag auch die Bevölkerung in ihrer Gesamtheit überwiegend aus der einen oder der anderen rassischen Gruppe bestehen, so sind doch ihre „Kultur“ und die für sie charakteristischen archäolog. Zeugnisse häufig das Produkt der Interaktion von Gruppen unterschiedlicher Rassenzugehörigkeit.