Die enge Verbindung zwischen dem König und seiner Residenz gipfelte im späten Neuen Reich (1550-1069 v. Chr.) in der Bedeutungserweiterung von per-aa („grosses Haus“): Hatte der Begriff bis dahin nur den Königs-Palast bezeichnet, so stand er nun für den König selbst. Aus dieser Bezeichnung entwickelte sich schliesslich der uns vertraute „Pharao“.
Der Begriff „Palast“ wird im allgemeinen für alle grossen Gebäude gebraucht, in denen der König oder seine engsten Familienangehörigen wohnten; archäologische und schriftliche Zeugnisse legen indes nahe, dass die Situation nicht ganz so einfach war. Es gab viele verschiedene Arten von Gebäuden, die einen Bezug zur ägyptischen Königsfamilie hatten und die sich hauptsächlich nach ihrer besonderen Funktion und Nutzungsdauer unterschieden. Da gab es die den Totentempeln des Neuen Reiches wie dem Ramesseum oder Medinet Habu angeschlossenen Kult-Paläste (wobei derjenige von Medinet Habu am besten erhalten ist), und es gab riesige Zeremonialbauten wie den Grossen Palast in el-Amarna und den Palast von Sethos I. in Qantir, die mehr für den Empfang ausländischer Gäste und als Kultbühne für das Königszeremoniell gedacht waren als für die tatsächliche Unterbringung des Pharaos und seines Gefolges. Relativ wenige der erhaltenen Paläste sehen tatsächlich wie Residenzen aus; eine grosse Villa gegenüber dem Grossen Palast in el-Amarna wurde von den Ausgräbern jedoch als „Königshaus“ identifiziert, das dem Pharao und der Königsfamilie als Wohn-Palast im Zentrum der Stadt gedient zu haben scheint. Eine Ziegelplattform in Kom el-Abd im südwestlichen Theben wurde als Überrest eines königlichen „Rasthauses“ gedeutet, das vielleicht während Streitwagen-Manövern genutzt wurde.
Da Paläste hauptsächlich aus Lehmziegeln und Holz errichtet wurden, sind sie nicht so gut erhalten wie die aus Stein erbauten Tempel aus gleicher Zeit. Andererseits wurden sie nicht so oft geplündert oder zerstört wie Tempel, die man - schon in pharaonischer Zeit - zuweilen abriss, um die wertvollen Steinblöcke anderweitig wiederzuverwenden. Zwar wurde ein Gebäude aus der Regierungszeit Amenemhats III. (1855-1808 v. Chr., 12. Dynastie) in Bubastis (Tell Basta) als Palast identifiziert, die meisten erhaltenen ägyptischen Königsresidenzen stammen jedoch aus dem Neuen Reich, darunter jene von Amenhotep III. (1390-1352 v. Chr.) in Malkata, von Echnaton (1352-1336 v. Chr.) in el-Amarna und von Merenptah (1213-1203 v.Chr.) in Memphis.
Viele Paläste besassen ein „Erscheinungsfenster“: Hier zeigte sich der König bei Audienzen, Zeremonien oder der Verleihung von Auszeichnungen an loyale Hofbeamte. Im Fall der kleinen, den Totentempeln Ramses' Il. (1279-1213 v. Chr.) und III. (1184-1153 v. Chr.) angeschlossenen Palast stellte das Fenster eine sichtbare Schwelle zwischen dem weltlichen und göttlichen Aspekt der Königsherrschaft dar, eine Möglichkeit, zwischen Palast und Tempel, den beiden wichtigsten Institutionen der Zentralverwaltung des pharaonischen pharaonischen Ägypten, hin und her zu wechseln.
Baustil und Dekoration der Paläste waren durchaus unterschiedlich, doch verbanden sie in der Regel ausgedehnte Wohnbereiche (zuweilen mit Zimmerfluchten, in denen man einen Harim zu erkennen meinte) mit Audienzhallen, Höfen, Teichen und Räumlichkeiten, die als Bühne für Kulthandlungen und Rituale gedient haben könnten. Erhaltene Fragmente von Wandmalereien und Fayence-Kacheln lassen vermuten, dass Wände und Böden oft mit Bildern aus der Königsikonographie, so z.B. Darstellungen der Neunbogen und fremdländischer Gefangener, geschmückt waren, aber auch mit idyllischen Szenen von Vogelschwärmen im Papyrusdickicht.
Der komplexeste erhaltene Grundriss eines Palastes aus dem Neuen Reich dürfte jener des Grossen Palastes im Zentrum von el-Amarna sein, der über eine Brücke mit dem kleineren „Königshaus“ auf der anderen Seite der Hauptstrasse verbunden war. Die grossen Höfe und Säulenhallen lassen darauf schliessen, dass diese Anlage eine ganz andere Funktion hatte als die den ramessidischen Totentempeln angeschlossenen Paläste; es wurde sogar geltend gemacht, beim Grossen Palast habe es sich in Wirklichkeit um einen Aton-Tempel gehandelt. Der aus wesentlich späterer Zeit stammende und von Flinders Petrie ausgegrabene „Palast des Apries“ ist ebenso schwer zu deuten; sein massives, in Zellenbauweise errichtetes Ziegelfundament könnte ein Hinweis darauf sein, dass er eher als Zitadelle oder Festung denn als Palast diente.