Das Gebiet von Nubien umfasst – nach den heute gültigen Grenzen – den Nord-Sudan und den südlichsten Teil Ägyptens; letzterer ist allerdings seit der Fertigstellung des Assuan-Hochdammes im Jahr 1971 im Nassersee versunken. Von W Y. Adams treffend als „Korridor nach Afrika“ bezeichnet, diente Nubien als wichtiges Durchgangsland, durch das spätestens ab dem 4. Jahrtausend v. Chr. bis ins Mittelalter Handelsgüter aus dem tropischen Afrika nach Nubien in die Kulturen des Mittelmeerraumes und Vorderasiens transportiert wurden. Dieses traditionelle Bild wurde jedoch vor einigen Jahren von John Alexander und Mark Horton in Frage gestellt; sie vertreten die Ansicht, Nubien sei hauptsächlich vom Süden aus kontrolliert worden und die Phasen ägyptischen Einflusses seien im Vergleich zu den vielen Jahrhunderten, in denen es eine im wesentlichen autonome afrikanische Kultur war, nur kurze Zwischenspiele gewesen.
Nubien ist eine Flusstaloase, die sich entlang dem Mittleren Nil zwischen Assuan und Khartum erstreckt; in diesem Flussabschnitt befinden sich die sechs Katarakte - Strom schnellen, die die abrupten geologischen Veränderungen in diesem Bereich des Niltals markieren. Obwohl die klimatischen Bedingungen in Nubien mit seinem trockenen, unfruchtbaren Norden und seinem tropischen Süden extremer sind als in Ägypten, basierte (und basiert) die Landwirtschaft in beiden Ländern auf recht ähnlichen Grundlagen, nämlich hauptsächlich dem Anbau von Getreide sowie der Haltung von Rindern, Schafen und Ziegen.
Die frühesten ägyptischen Aktivitäten in Nubien sind bisher in der späten vordynastischen Zeit (um 3500-3100 v. Chr.) zu verzeichnen, reichen aber vielleicht noch weiter zurück. Einige erhaltene Felszeichnungen aus frühdynastischer Zeit (3100-2686 v. Chr.) dürften Hinweise auf erste Vorstösse des gerade vereinigten ägyptischen Staates in Siedlungsgebiete der nubischen A-Gruppe (um 3500-2800 v. Chr.) sein. Im Alten Reich (2680-2181 v. Chr.) beschränkte sich das Engagement der Ägypter in Nubien auf Handels- und Steinbruchexpeditionen. Damals scheint das Gebiet von den Ägyptern als „Jam“ bezeichnet worden zu sein. Unmittelbar nördlich des 2. Katarakts, dort, wo später die Mittlere Reichs-Festung Buhen errichtet wurde, gab es offenbar eine kleine befestigte Siedlung; sie wird in die 4. und 5. Dynastie (2616-2345 v. Chr.) datiert und weist Spuren von Kupferherstellung auf. In der frühen 12. Dynastie (um 1950 v. Chr.) begannen die Ägypter mit der Errichtung einer Reihe von Festungen zwischen dem 2. und 3. Katarakt. Sie sollten Ägypten offenkundig die vollkommene Kontrolle über die Reichtümer unternubiens und der weiter südlich gelegenen Länder sichern; immerhin handelte es sich um so wichtige Waren wie Gold, Elfenbein, Ebenholz, Tiere und Sklaven. Die von Senweseret III. (1874-1855 v. Chr.) bei Semna nahe dem 3. Katarakt errichtete Grenzstele formuliert diese Politik deutlich: „Südgrenze […] um zu verhindern, dass irgendein Neger sie überquere, zu Wasser oder zu Lande, mit einem Schiff oder mit irgendwelchen Herden der Neger; ausser ein Neger, der nach Iken [wahrscheinlich Mirgissa] kommt, um Handel zu treiben, oder mit einem Auftrag.“ Die Festungen sollten nicht nur der einheimischen C-Gruppe die militärische Stärke Ägyptens vor Augen führen; v.a. die Anlagen von Buhen, Mirgissa und Askut dienten auch als zeitweilige Lager für die importierten Waren.
Am Ende des Mittleren Reiches (um 1650 v. Chr.), als die Hyksos in Unterägypten an die Macht gelangten, setzte sich in Unternubien eine einheimische kuschitische Kultur durch; ihr Zentrum hatte sie in Kerma, einer Stadt im relativ fruchtbaren Dongola-Becken. Die Ägypter des späten Mittleren Reiches hatten bereits erkannt, dass sich in Obernubien (das sie noch immer „Jam“ nannten) eine neue Macht herausbildete. Die Kerma-Kultur erreichte ihre Blüte während der 2. Zwischenzeit (1650-1550 v. Chr.), war aber schliesslich durch das Wiedererstarken eines erneut geeinten Ägypten am Beginn der 18. Dynastie (1550-1295 v. Chr.) zum Rückzug gezwungen.
Die archäologischen Funde verweisen eindeutig darauf, dass die sozio-ökonomische Stärke der Kerma-Kultur allmählich und unerbittlich vom ägyptischen Neuen Reich (1550-1069 v. Chr.) ausgehöhlt wurde. Die Ägypter vermochten offenbar ihre Herrschaft über Nubien bis weit in den Süden zu festigen - bis zum 4. Katarakt; sie gründeten neue Städte wie Amara-West und Sesebi-Sudla, wo nicht mehr die Errichtung von Befestigungsanlagen im Vordergrund stand, sondern der Bau von Tempeln - ein deutlicher Hinweis darauf, dass man Nubien mittlerweile weitgehend als Teil Ägyptens betrachtete und nicht mehr als fremdes Territoritun. Mit Beginn der 18.Dynastie wurde das Amt eines Vizekönigs von Kusch (oder Königssohnes von Kusch) geschaffen. Auf diese Weise konnte Nubien als separates (aus den beiden Provinzen Wawat und Kusch bestehendes) Gebiet verwaltet werden, wie auch die ägyptisch kontrollierten Gebiete von Syrien-Palästina unter ägyptischer Herrschaft in drei Verwaltungseinheiten aufgeteilt wurden.
Im 11. Jh. v. Chr. war der ägyptische Einfluss in Nubiens indes stark zurückgegangen; dies ermöglichte es den einheimischen Herrschern in Napata, die Macht zu übernehmen - wie einst ihre der Kerma-Kultur angehörenden Vorfahren. Doch die napatanischen Könige nutzten nun die Uneinigkeit innerhalb Ägyptens während der 3. Zwischenzeit (1069-747 v. Chr.): Sie schufen ein neues Reich unter der „kuschitischen“ 25. Dynastie, in das sie Ägypten schliesslich eingliederten (7417-656 v. Chr.). Danach konnten die Nubier sich in der Meroitenzeit, während der Ballana-Kultur (X-Gruppe) und der christlichen Zeit unabhängig von Ägypten weiterentwickeln, auch wenn von ihren nördlichen Nachbarn immer ein gewisser Einfluss im religiösen, politischen und gesellschaftlichen Bereich ausging.