Hauptgemahlin von Pharao Echnaton (1352-1336 v. Chr., 18.Dynastie) in der „Amarnazeit“. Vielleicht war sie die Tochter des Aja, eines der bedeutendsten Beamten Echnatons, der Tutanchamun (1336-1327 v. Chr.) auf dem Thron folgte und von 1327-1323 regierte. In diesem Fall wäre sie möglicherweise eine Kusine Echnatons gewesen. Sie gebar ihrem Gatten sechs Töchter, ein männlicher Nachkomme ist nicht erwähnt. Den Prinzessinnen wird in Tempel- und Palastreliefs in der neuen Hauptstadt el-Amarna eine aussergewöhnliche Bedeutung zugesprochen: Oft stehen sie beim Opfer an den Aton gleich hinter König und Königin, oder sie spielen - in Szenen vom ungewohnter Intimität - auf dem Schoss des Königspaares.
lm 6. Regierungsjahr liess Echnaton einen Aton-Tempel erbauen, der im Zusammenhang mir seinem Sedfest gestanden haben dürfte; überraschenderweise beherrschen Bilder der Nofretete die Reliefs und Statuen, die die Wände schmücken. Sie erscheint ständig in Szenen, die sie -gemeinsam mit dem König beim Kultvollzug zeigen, wobei sie oft eine nur ihr eigene Krone trägt. Ein von einem Tempel aus el-Amarna stammender und in Hermopolis Magna wiederverwendeter Talatat-Block zeigt sie in der traditionellen Haltung des Pharaos beim Erschlagen der Feinde. Selbst gemessen an den königlichen Frauen der 18. Dynastie, zu denen so einflussreiche Persönlichkeiten wie Ahhotep (um 1560 v. Chr.) und Hatschepsut (1473-1458 v. Chr.) gehörten, scheint Nofretete ungewöhnlich grosse Macht und Einfluss erlangt zu haben. Vielleicht konnte sie auf dem aufbauen, was ihre Vorgängerin, Königin Teje, erreicht hatte, die ihren Gemahl Amenhotep III. (1390-1352 v. Chr.) überlebte und offenbar sogar den neuen Königshof in el-Amarna besuchte.
In der Werkstatt des Bildhauers Thutmosis in el-Amarna entdeckte der deutsche Ausgräber Ludwig Borchardt die berühmte bemalte Kalksteinbüste der Nofretete. Die Umstände der späteren Ausfuhr in das Berliner Museum waren damals jedoch nicht unumstritten.
lm 12. Regierungsjahr Echnatons trat Nofretete ziemlich in den Hintergrund; ihren Platz hatten offenbar eine andere Königin namens Kija und wohl auch eine ihrer Töchter, Meritaten, eingenommen. Wahrscheinlich starb Nofretete im 14. Regierungsjahr; allerdings gab es auch Vermutungen, sie selbst könnte die Rolle einer Mitregentin übernommen haben, um als Seimenchkara (dessen zweiten Namen, Neferneferuaten, sie ebenfalls führte) die Nachfolge ihres Gemahls anzutreten. Wie in vielen anderen die Amarnazeit betreffenden Fragen, gestattet die unzulängliche Belegsituation weder eine Bestätigung noch eine völlige Verwerfung dieser Theorie. Es spricht jedoch einiges dafür, dass es sich bei dem Leichnam eines jungen Mannes, der mit verschiedenen Gegenständen der königlichen Grabausstattung der Amarnazeit (von denen einige ursprünglich für die Königinnen Teje und Kija vorgesehen waren) in dem rätselhaften Grab KV55 im Tal der Könige bestattet wurde, um Semenchkara handelt.
Königin Nofretete wurde wahrscheinlich zusammen mit ihrem Gemahl in dem Königsgrab in einem Wadi östlich von el-Amarna bestattet, auch wenn dort keine Spuren von Königsmumien erhalten sind und die Wanddekoration nur vom Begräbnis der Prinzessin Meketaten zeugt.