Der längste Strom der Welt, der von seinem Ursprung in Ost-Afrika bis zur Mündung im Mittelmeer 6741 km zurücklegt, ist zweifellos der bedeutendste Einzelfaktor in der Geographie des alten wie des modernen Ägypten. Ohne die Wasser und fruchtbaren Uberschwemmungsgebiete des Nordens hätte sich in den Wüsten Nordost-Afrikas wohl kaum die ägyptische Kultur entwickelt.
Topographische und geologische Untersuchungen des Nord-Tals offenbarten eine komplexe Abfolge von Phasen, in deren Verlauf der Strom über Jahrmillionen hinweg allmählich sein Bett und seine Grösse veränderte. Selbst in den weniger lange zurückliegenden Jahrtausenden hat sich der Flusslauf noch geändert, was die Zerstörung oder Überflutung archäologischer Stätten, v.a. der prädynastischen Zeit, zur Folge hatte.
Drei Flüsse ergiessen sich vom Süden in den Nil: der Blaue Nil, der Weisse Nil und der Athara. Der südliche Abschnitt des eigentlichen Nils zwischen Assuan und Khartum, wird von sechs Katarakten unterbrochen. Jeder Katarakt wird von einer Reihe von Stromschnellen gebildet; sie entstanden an Stellen, an denen sich die Art des Gesteines ändert, aus dem das Flussbett besteht. Dieser Abschnitt des Nil-Tals entspricht dem Land Nubien, traditionell in Unter- und Obernubien unterteilt: Unternubien nimmt die nördliche Hälfte zwischen dem 1. und 2. Katarakt ein, Obernubien erstreckt sich zwischen dem 2. und 6. Katarakt. Die Grenze zwischen den heutigen Staaten Ägypten und Sudan liegt unmittelbar nördl. des 2. Katarakts.
Seit Urzeiten überfluteten jedes Jahr zwischen Juni und September die Wasser des Nil, angeschwollen durch die Monsunregen in Äthiopien, das umliegende Land und bedeckten es alljährlich aufs neue mit fruchtbarem Schlamm. Seit dem frühen 19. Jh. wurde eine Reihe von Dämmen und Schleusen errichtet; den Höhepunkt bildete die Fertigstellung des Assuan-Hochdammes im Jahr 1971. Nach über einem Jahrzehnt von Bergungsmassnahmen wurde Unternubien zum grüssten Teil überflutet. Seitdem kommt es im ägyptischen Abschnitt des Nil-Tals zu keinen Überschwemmungen mehr; dank Bewässerungsanlagen konnten auf diese Weise tausende Hektar neues Land kultiviert werden; ein dem Damm angeschlossenes Wasserkraftwerk dient der Stromerzeugung.