Gott der Lotosblüte als Urwesen, der als Blauer Lotos dargestellt wurde, aber auch in Menschengestalt. Dann trug er den Lotos als Kopfschmuck, zuweilen ergänzt um ein Federnpaar in der Mitte der Blüte und um zwei Menit-Gegengewichte zu beiden Seiten, die aufgrund der Verbindung mit Hathor Symbole für Fruchtbarkeit sind. Da man glaubte, die Sonne sei aus einer Lotosblüte aufgestiegen, brachte man Nefertem in enge Beziehung mit dem Sonnengott; in den Pyramidentexten (Spruch 266) wird er deshalb als „die Lotosblüte an der Nase des Ra“ bezeichnet. Bekannt sind Grabdarstellungen, auf denen Gäste bei Festbanketten sich diese wohlriechende Blume ebenfalls an die Nase halten.
In Memphis galt er als der Sohn des Ptah und der Löwengöttin Sachmet, weshalb er bisweilen löwenköpfig dargestellt wurde. Gelegentlich erscheint auch die Katzengöttin Bastet als seine Mutter. In der Delta-Stadt Buto wurde er als der Sohn der unterägyptischen Kobragöttin Wadjit verehrt. Sein Beiname chener tawi („Schützer beider Länder“) verweist vielleicht auf eine Rolle als Schutzgott des vereinigten Reiches Ägypten.