Die ägyptische Medizin war eine Mischung aus magischen und religiösen Beschwörungen und medizinischer Behandlung, die auf exakter Beobachtung von Patienten beruhte; jeder Versuch, die moderne Unterscheidung zwischen Magie und Medizin auf die ägyptische Medizin zu übertragen, stiftet meist nur Verwirrung. Das am weitesten verbreitete Mittel zur Behandlung von Krankheiten war wahrscheinlich das Amulett oder die magische Beschwörung, und weniger die alleinige Verabreichung von Arzneien, denn viele Krankheiten wurden auf unheilvolle Einwirkung von aussen oder falsches Verhalten zurückgeführt.
Doch bereits spätestens in der 3. Dynastie (2686-2613 v. Chr.) gab es Personen, die annähernd der modernen Vorstellung von einem Arzt entsprachen und als sinw- bezeichnet wurden. Auch („Priester der Sachmet“ genannte) Chirurgen sowie die altägyptischen Entsprechungen zu unseren Zahn- und Tierärzten kannte man. Der griech. Historiker Herodot schrieb im 5. vorchristl. Jh., jeder ägyptische Arzt habe sein Spezialgebiet wie Gynäkologie oder Chiropraktik, doch haben wir keine Zeugnisse dafür, dass dies für die gesamte Pharaonenzeit zutrifft. Die Tatsache, dass nur eine einzige Ärztin sicher belegt ist, lässt darauf schliessen, dass ägyptische Ärzte überwiegend männlich waren; allerdings kann dieser Eindruck trügen, denn unsere Hauptquellen sind Inschriften auf Grabmonumenten, die in ihrer Mehrzahl für Männer geschaffen wurden.
Eine Reihe erhaltener medizinischer Papyri gewährt uns Einblick in das medizinische Wissen der Ägypter und ihre Anatomie-Kenntnisse. Solche medizinischen Texte wurden möglicherweise in Tempelarchiven aufbewahrt, doch gibt es dafür nur einen einzigen Hinweis: die Behauptung des griech. Arztes Galen (129-199 n. Chr.), zu seiner Zeit hätten griech. und röm. Ärzte die alten Tempelarchive in Memphis konsultiert.
Der Medizinische Papyrus Edwin Smith (um 1600 v. Chr.) galt einst als Werk eines Militärchirurgen; heute scheint es wahrscheinlicher, dass er von einem Arzt verfasst wurde, der Arbeiter beim Pyramidenbau medizinisch versorgte. Der Text befasst sich hauptsächlich mit Verletzungen wie Knochenbrüchen, Verrenkungen und Quetschungen und teilt seine 48 Einzelfälle in drei Gruppen ein: „Eine Krankheit, die ich behandeln werde“, „eine Krankheit, mit der ich kämpfen werde“ und „eine Krankheit, die man nicht behandeln kann“. Bei jedem Fall werden die Symptome beschrieben und, wo möglich, Behandlungsanweisungen gegeben. Auch wenn man nicht behaupten kann, der Verfasser hätte das Funktionieren des Blutkreislaufes ganz verstanden, hat er doch klar erkannt, dass der Puls ein Urteil über den Zustand des Herzens erlaubte: „Das Zählen von etwas mit den Fingern [erfolgt], um zu erkennen, wie das Herz geht. Es sind Gefässe darin, die zu jeder Körperstelle führen [...].Wenn ein Sachmet-Priester, ein sinw-Arzt [...] seine Finger an den Kopf [...], an die beiden Hände [...], an die Stelle des Herzens legt [...], spricht es [...] in jedem Gefäss, in jeder Körperstelle.“
Der medizinische Papyrus Kahun (um 2100-1900 v. Chr.), der auch die ursprüngliche Quelle für die Papyri Ramesseum IV-V und Carlsberg VIII gewesen sein mag, befasst sich mit Frauenleiden und insbes. mit Unterleib und Fruchtbarkeitsbestimmung. Er nennt auch Methoden zur Empfängnisverhütung wie das Einnehmen von „Krokodilkot, vermischt mit saurer Milch“ oder einen Einlauf aus einer Mischung von Honig und Natron in die Vagina. Dagegen enthält der Papyrus Berlin (um 1550 v. Chr.) den ältesten bekannten Schwangerschaftstest: „Gerste und Emmer. Die Frau muss sie jeden Tag mit Urin befeuchten (...) Wenn beide wachsen, wird sie gebären. Wächst die Gerste, wird es ein Junge. Wächst der Emmer, wird es ein Mädchen. Wächst keines von beiden, wird sie nicht gebären.“ .Moderne Experimente haben gezeigt, dass der Urin einer nichtschwangeren Frau tatsächlich das Wachstum von Gerste verhindert - eine überraschende wissenschaftliche Unterstützung für diesen Test.
Der Medizinische Papyrus Ebers (um 1555 v. Chr.) war ursprünglich über 20 m lang und bestand aus einer Aufzählung von rund 876 Rezepturen und Heilmitteln für Leiden wie Wunden, Magenbeschwerden, gynäkologische Probleme und Hautausschläge. Die Bestandteile von Rezepturen wurden in Bruchzahlen angegeben, die den Teilen des Horus-Auges entsprachen, wobei jeder Teil einen Bruchteil von 1/64 bis 1/2 symbolisiert. Der Papyrus Hearst (um 1550 v. Chr.) nennt über 250 Rezepte, von denen sich eine ganze Reihe mit Knochenbrüchen und Bissen (auch von Nilpferden) befassen.
Der Papyrus Brooklyn ist eine ausführliche Abhandlung über Schlangenbisse, während sich der Papyrus Chester Beatty VI (um 1200 v. Chr.) ausschliesslich mit Krankheiten des Afters beschäftigt. Der Papyrus London ist eines der besten Beispiele für das dreigleisige Vorgehen der alten Ägypter bei der Heilbehandlung, die man als „ganzheitlich“ im modernen Sinn bezeichnen könnte. Sie besteht aus einer Kombination von Beschwörungen, Ritualen und medizinischer Behandlung, die alle drei als gleich wichtig für eine Genesung des Patienten erachtet wurden.
Aus diesen Werken wird deutlich, dass die Ägypter durch das mit der Mumifizierung einhergehende Sezieren keine profunden Kenntnisse vom Funktionieren des menschlichen Körpers gewonnen haben. Die Funktion zahlreicher Organe blieb ihnen verborgen; so wussten sie z. B. zwar, dass eine Verletzung des Gehirns zu Lähmungen führen konnte, aber sie erkannten nicht, dass das Gehirn etwas mit dem Denken zu tun hatte, das die Ägypter mit dem Herzen in Verbindung brachten. Auch die Funktion der Nieren war unbekannt, und man glaubte, alle Körperflüssigkeiten wie Blut, Urin, Kot und Samen würden ständig im Körper zirkulieren.
In der Ptolemäerzeit (332-30 v. Chr.) mischten sich Elemente der griechischen und der ägyptischen Medizin, wie auch die lokalen Gottheiten mit griechischen Göttern verschmolzen. So wurde der vergöttlichte Imhotep mit dem griechischen Gott Asklepios gleichgesetzt und das Asklepieion in Saqqara zu einem Zentrum der Heilkunst. Zuweilen, so am Kultort des Bes in Saqqara, übernachteten Patienten sogar in sog. Inkubationskammern, in der Hoffnung auf eine Heilung durch Träume, die der Gott ihnen eingab. Ab der Spätzeit (747-332 v. Chr.) waren an grössere Tempel wie den Hathor-Tempel von Dendera Sanatorien angeschlossen.