Tempel und Stadt, etwa 40 km nördl. von Luxor am Eingang zum Wadi Hammamat gelegen. In diesem Tal lagen Goldminen und Steinbrüche (Grauwacke), zudem diente es als Hauptverbindung zwischen dem Niltal und dem Roten Meer. Die günstige Lage, auf dem 0-Ufer des Nils, dürfte ausschlaggebend gewesen sein für die Gründung einer pharaonischen Siedlung an dieser Stelle und ihren späteren Wohlstand. östl. der eigentlichen Stadt befinden sich Friedhöfe aus der späten prädynastischen Zeit (um 3300-3100 v. Chr.), in der Naqada, das Koptos fast genau gegenüber auf dem westl. Nilufer liegt, die bedeutendste Stadt der Region war.
Die erhaltenen Siedlungsreste in Koptos reichen zurück bis zum Beginn der geschichtlichen Zeit (um 3000 v. Chr.); zu ihnen gehören auch drei kolossale Kalksteinstatuen des lokalen Fruchtbarkeitsgottes Min und verschiedene andere vor- und frühdynastische Skulpturen, die Flinders Petrie in einem frühdynastischen Kontext im Min-Tempel ausgrub. Die sichtbaren Überreste des Tempels stammen im wesentlichen aus der Zeit ab dem Neuen Reich. Die griech. und röm. Denkmäler in Koptos wie auch ein kleiner Isis-Tempel im nahe gelegenen el-Qal'a wurden von Claude Traunecker und Laure Pantalacci untersucht.