Wesir und Architekt der ersten Pyramide derr Stufenpyramide des Königs Djoser (2667-2648 v. Chr, 3. Dynastie). Manetho schreibt ihm (unter seinem griech. Namen Imuthes) die Erfindung der Steinarchitektur zu. Auch eine Reihe von „Lehren“ soll er verfasst haben, von denen allerdings keine erhalten ist. Besondere Achtung genoss er aufgrund seiner grossen Gelehrsamkeit, und etwa 2000 Jahre nach seinem Tod finden sich erste Belege für eine Vergöttlichung, die nicht-königlichen Personen im alten Ägypten äusserst selten zuteil wurde. Er galt als Gott der Weisheit, Schrift und Medizin, was zu einer Verbindung seines Kultes mit den Kulten des Thot und des Ptah führte.
Die Griechen setzten ihn mit ihrem eigenen Gott der Heilkunst, Asklepios, gleich, und seine Kultstätte in Saqqara, das „Asklepion“, wurde zum Wallfahrtsort für all jene, die Heilung suchten. Viele Wallfahrer liessen einen mumifizierten Ibis als Votivgabe in den nahe gelegenen grossen Katakomben zurück; auf den Mumienbinden einiger dieser Vögel war die Aufschrift „Imhotep“ angebracht. Auch Tonmodelle von kranken Gliedmassen oder Organen hinterliessen die Wallfahrer in der Hoffnung, von Imhotep geheilt zu werden. Ab der Spätzeit sind Bronzestatuetten des vergöttlichten Imhotep weit verbreitet. Meist ist er als sitzender Schreiber mit einem aufgerollten Papyrus auf den Knien dargestellt. Auf dem Statuettensockel sind zuweilen Namen und Titel des Stifters eingeritzt.
Die Katakomben von Saqqara breiten sich unter den Mastaba-Gräbern der 3. Dynastie aus. Dies veranlasste den brit. Archäologen W B. Emery dazu, in dem Gebiet nach dem Grab des Imhotep zu suchen; dabei stiess er zufällig auf die Nekropole der heiligen Tiere. Das Grab des Imhotep wurde indes noch immer nicht gefunden, auch wenn einige meinen, es könnte die grosse, inschriftenlose Mastaba 3518 in Saqqara sein.
Ausser in seinem Kultort Saqqara wurde Imhotep in Karnak, Deir el-Bahri, Philae und (neben Amenhotep, Sohn des Hapu, dem anderen bedeutenden vergöttlichten Beamten) im Ptolemäertempel der Hathor in Deir el-Medina verehrt.