Das Spezifische der Topographie dieser etwa 30 km südl. von Theben gelegenen Örtlichkeit kommt in ihrem arabischen Namen zum Ausdruck, der „zwei Hügel“ bedeutet. Der östliche Hügel wird von den Ruinen eines Hathor-Tempels beherrscht, dessen Dekoration überwiegend aus dem Zeitraum 2055-1550 v. Chr. (11.-15. Dynastie) stammt. Funde von „Gerzéen“-Artefakten (Naqqada-II) lassen allerdings vermuten, dass die stark geplünderten Friedhöfe schon in der späten prädynastischen Zeit benutzt wurden. Der Hathor-Tempel wurde mit Sicherheit bereits am Ende der frühdynastischen Zeit (um 2686 v. Chr.) gegründet und bestand noch während der Römerzeit (30 v. Chr. - 395 n. Chr.). Man fand hier viele demotische und griechische Papyri, die ein detailliertes Bild vom Alltagsleben in Gebelein zur Zeit der Ptolemäer geben. Auf dem West-Hügel befindet sich eine Reihe von Gräbern, von denen einige, trotz der Plünderungen, in die späte prädynastische Zeit datiert werden konnten. Die meisten stammen aus der 1. Zwischenzeit (2181-2055 v. Chr.), so auch das Grab des Iti, dessen Wandmalereien sich heute im Museo Egizio von Turin befinden. Die Reste der noch nicht freigelegten Stadt liegen am Fuss des Ost-Hügels.