Der berüchtigte „Ketzerpharao“, dessen Regierungszeit geprägt war von einschneidenden Veränderungen in Kunst und Religion Ägyptens. Sohn Amenhoteps III. (1390-1352 v. Chr.) und der Königin Teje. Bei seiner Thronbesteigung, vermutlich einige Jahre vor dem Tod seines Vaters (die Frage einer Mitregentschaft wird noch heftig diskutiert), trug er noch den Namen Amenhotep IV In seinem 1. Regierungsjahr stellte er indes bereits die Weichen für eine neue Ära durch den Bau eines Tempels in Karnak, der nicht Amun, sondern dem Gott Aton (altägyptisch Iten, „die Sonnenscheibe“) geweiht war. In seinem 5. Regierungsjahr traf Amenhotep IV. zwei schwerwiegende ikonoklastische Entscheidungen: Er änderte seinen Namen von Amenhotep IV. („Amun ist zufrieden“) in Echnaton („Glanz des Aton“), und er begann mit dem Bau einer neuen Hauptstadt mit dem Namen Achetaton („Lichtort des Aton“, heute El-Amarna) in Mittelägypten. Diese neu gegründete Siedlung sollte ganz offenkundig sowohl Theben als auch Memphis als religiöses bzw. weltliches Zentrum des Landes ersetzen. Die folgende Epoche der äg. Geschichte, die die Regierung Echnatons sowie seines kurzzeitigen Nachfolgers Semenchkara umfasst, wird deshalb als Amarna-Zeit bezeichnet.
Die bedeutendste religiöse Neuerung unter Echnaton war die Forcierung des Aton-Kults, die mit der Achtung aller anderen ägyptischen Götter, selbst des Reichsgottes Amun, einherging. Die Reliefs und Stelen in den Tempeln und Gräbern aus Echnatons Regierungszeit zeigen immer wieder die kgl. Familie (Echnaton, seine Gemahlin Nofretete und die kgl. Prinzessinnen) beim Gebet und Opfer vor Aton, der als Scheibe mit nach unten ausgestreckten Armen dargestellt ist, die oft Was-Zepter und Anch-Zeichen, die Symbole der Macht bzw. des Lebens, darreichen. Die Namen der anderen Gottheiten - allen voran der des Amun - wurden in einem offenkundigen Versuch, den Aton als eine einzige, höchste Gottheit zu etablieren, von den Tempelmauern getilgt - ein Vorgehen, das viele Gelehrte dazu verführte, die Einführung des Monotheismus fälschlicherweise Echnaton zuzuschreiben.
Gestützt auf die Amarna-Briefe (die diplomatische Korrespondenz zwischen den Pharaonen der Amarna-Zeit und ihren Vasallen in Syrien-Palästina) wurde auch immer wieder behauptet, Echnaton habe die Aussenpolitik vernachlässigt und zugelassen, dass das äg. Reich in Vorderasien ernstlich untergraben wurde. Es gibt jedoch eine Reihe von Belegen für asiat. Feldzüge während seiner Regierung, und es ist durchaus möglich, dass die damalige Ikonographie absichtlich die Rolle des Königs als Krieger herunterspielte. Auch sollte man nicht vergessen, dass die Bewertung der Aussenpolitik anderer Herrscher des Neuen Reiches automatisch zu Verzerrungen neigt, da sie hauptsächlich auf äg. Tempelreliefs und Papyri basiert und weniger auf authentischen diplomatischen Dokumenten wie den Amarna-Briefen.
Nach einer Alleinherrschaft Echnatons von höchstens 16 Jahren kam dann für kurze Zeit eine Person namens Semenchkara (möglicherweise ein Pseudonym für Nofretete) auf den Thron und wenig später Tutanchaton, vielleicht ein jüngerer Sohn Amenhoteps III. oder ein Sohn Echnatons. Binnen weniger Jahre wurde Achetaton zugunsten des traditionellen Verwaltungszentrums Memphis aufgegeben, und der neue König änderte seinen Namen in Tutanchamun, ein deutliches Signal für das Ende der Vorherrschaft des Aton.
Das letzte Geheimnis, das uns die „Amarna-Zeit“ aufgibt, ist das Verschwinden der Leichen von Echnaton und seiner engsten Familie. Das Königsgrab, mit dessen Bau Echnaton in einem abgelegenen Wadi östl. von el-Amarna begonnen hatte, scheint nie fertiggestellt worden zu sein, und es gibt keine Hinweise darauf, dass ausser Maketaton (eine der Töchter Echnatons) jemand dort begraben wurde. 1907 entdeckte Theodore Davies den Leichnam eines jungen männlichen Mitgliedes der kgl. Familie in Grab 55 im Tal der Könige, der dort mit einigen, hauptsächlich aus dem Besitz Königin Tejes stammenden Grabbeigaben offenbar ein zweites Mal bestattet worden war. Seine Mumie wurde einmal als die Echnatons identifiziert (eine Ansicht, die auch heute noch einige Ägyptologen vertreten), doch vermuten inzwischen die meisten Gelehrten, dass es sich um Semenchkara handelt.