Geboren in Kensington/Grafschaft Norfolk als Sohn des Tiermalers Samuel John Carter. Seinem Talent als Zeichner verdankte er es, dass er sich 1891, erst 17 Jahre alt, dem Stab der Archaeological Survey of Egypt anschliessen konnte. Seine Ausbildung zum Ausgräber und Epigraphiker erhielt er bei einigen der bedeutendsten Ägyptologen des späten 19. Jh., darunter Gaston Maspero und Flinders Petrie, mit denen er 1892 in El-Amarna zusammenarbeitete. Von 1893 bis 1899 arbeitete er als Zeichner für Edouard Naville in Deir el-Bahri. 1899 wurde er zum Generalinspekteur der Denkmäler von Oberägypten ernannt; in dieser Funktion installierte er die erste elektrische Beleuchtung im Tal der Könige und in den Tempeln von Abu Simbel. 1903 zog er sich, nach einem Streit mit franz. Touristen in Saqqara, aus der Ägyptischen Altertümerverwaltung zurück. Danach war er vier Jahre lang als Maler und Antiduitätenhändler tätig, bis er Lord Carnarvon als Geldgeber gewinnen und als Ausgräber ins Tal der Könige zurückkehren konnte. Er entdeckte sechs Königsgräber in Theben, doch seine grösste Leistung, der er auch seinen Ruhm verdankt, war zweifellos die Entdeckung des praktisch unversehrten Grabes Tutanchamuns im November 1922, die Carnarvon für seine Unterstützung während der vorangegangenen 15 Jahre schliesslich doch noch belohnte. Die letzten 17 Jahre seines Lebens verbrachte Carter mit der Dokumentation und Analyse der Grabausstattung, eine Aufgabe, die noch immer nicht abgeschlossen ist.