Die übergreifende Frage nach der Natur altägyptischer Bibliotheken wird vom Verlust der Grossen Bibliothek in Alexandria überschattet, die im späten 3. Jh. n. Chr. bis auf die Grundmauern abbrannte. Die Bibliothek von Alexandria war vermutlich von Ptolemaios I. Soter (305-285 v. Chr.) gegründet worden, und zwar ursprünglich ebenso wie das Museion („Musentempel“) als Erweiterung seines Palasts. Etwas später in der Ptolermäerzeit wurde eine weitere grosse Bibliothek eingerichtet, wahrscheinlich im Serapeum von Alexandria, doch auch sie wurde (391 n. Chr.) zerstört. Auch wenn die Papyri selbst nicht erhalten sind, lässt sich das Vermächtnis der alexandrinischen Bibliothek an der Gelehrsamkeit von Schriftstellern wie Apollonios von Rhodos und Aristophanes von Byzanz messen, die beide als Direktoren der Grossen Bibliothek wirkten.
Die alexandrinischen Institutionen standen am Ende einer langen Tradition der Archivierung von Texten und Schriften während der Pharaonenzeit. Das Lebenshaus (per anch), in dem in der Regel ägyptische Schreiber arbeiteten und ihren Beruf erlernten, wurde in Städten wie Memphis und el-Amarna identifiziert, doch im allgemeinen erwies es sich als recht schwierig, Tempel-Bibliotheken und offizielle Archive zu lokalisieren. Mit dem Begriff per medjat („Haus der Schriftrollen“) wurden die Verwahrungsorte von Papyri bezeichnet, die an Regierungsgebäude und Tempelanlagen angeschlossen waren.
ln einer Reihe von Tempeln, so z. B. in Esna und Philae, finden sich auf bestimmten Wänden katalogartige Verzeichnisse von Texten, doch die einzige sicher identifizierte Tempel-Bibliothek ist ein nischenähnlicher Raum in der Südmauer der äusseren Säulenhalle des griech.-römi. Horus-Tempels von Edfu (um 80 v. Chr.). Eine Inschrift über dem Eingang zu diesem Raum weist ihn als die „Bibliothek des Horus“ aus, obwohl darin möglicherweise nur die wenigen Schriftrollen aufbewahrt wurden, die für den Vollzug des täglichen Rituals nötig waren. Die Lokalisierung (oder auch nur das tatsächliche Vorhandensein) einer Bibliothek im Ramesseum (um 1250 v. Chr.) hat sich als recht strittige Frage erwiesen, denn die meisten modernen Ägyptologen können keinen Raum identifizieren, der der von dem griech. Historiker Diodor (1. Jh. v. Chr.) erwähnten „heiligen Bibliothek“ entspräche; dagegen wurden in unmittelbarer Nachbarschaft des Totentempels Ramses' lll. in Medinet Habu (um 1170 v. Chr.) Verwaltungsarchive aus dem späten Neuen Reich gefunden. Auf die Existenz von königlichen Bibliotheken verweisen drei erhaltene „Exlibris“ aus Fayence mit den Namen Amenhoteps III., von denen zwei ausserdem den Titel des literarischen Werkes nannten, das auf den Papyrusrollen geschrieben stand, an denen sie befestigt waren.
Eine kleine Tempel-Bibliothek der Römerzeit, ausgegraben in der Fajjum-Stadt Tebtunis, enthielt neben den religiösen Texten, die fraglos in den meisten früheren Bibliotheken der Pharaonenzeit vorherrschend waren, eine Reihe literarischer und medizinischer Werke. Im späten 2. Jh. N. Chr. stellte Clemens, Bischof von Alexandria, eine Liste von Texten zusammen, die von ägyptischen Priestern verwendet wurden.
1896 entdeckte James Quibell bei der Ausgrabung von Schachtgrab Nr. 5 unter dem Ramesseum einen Holzkasten mit einer Reihe von Papyri, die einem Vorlesepriester der 13. Dynastie (um 1795-1650 v. Chr.) gehörten. Diese Textsammlung - der wertvollste Einzelfund von Papyri aus dem Mittleren Reich - wird oft als „Bibliothek“ bezeichnet, doch bezieht sich der Begriff in diesem Zusammenhang mehr auf eine Gruppe von Dokumenten als auf eine Institution oder ein Gebäude. Dennoch vermitteln die Texte einen guten Eindruck von der Vielfalt einer Bibliothek des Mittleren Reiches, die in diesem Fall aus literarischen Erzählungen, Militärdepeschen aus der Festung Semna, einem Onomastikon, medizinischen Texten, Zaubersprüchen, einer Hymne an Sobek und Fragmenten eines dramatischen oder rituellen Werks bestand. Als „Bibliothek“ wird auch die umfangreiche Sammlung von Papyri (darunter die Papyri Chester Beatty) bezeichnet, die sich im Besitz mehrerer Schreibergenerationen in Deir el-Medina befand.