Der griech. Historiker Herodot erklärt, die Ägypter hätten die Beschneidung „der Reinlichkeit wegen“ praktiziert, da sie „lieber reinlich sein als gut aussehen“ wollten, und es ist gut möglich, dass der Brauch ursprünglich aus rein hygienischen Gründen eingeführt wurde. Dennoch lassen Darstellungen Unbeschnittener in der Dekoration von Mastaba-Gräbern des Alten Reiches vermuten, dass der Eingriff nicht allgemein üblich war.
Die Beschneidung selbst mag Teil einer Initiationszeremonie gewesen sein, ähnlich den Mannbarkeitsriten vieler früher Stammesgemeinschaften. Eine Stele aus der 1. Zwischenzeit (2181-2055 v. Chr.) erwähnt die gleichzeitige Beschneidung von 120 Jungen, möglicherweise verschiedenen Alters. Es wurde jedoch auch die Ansicht geäussert, dass die Beschneidung üblicherweise mit etwa 14 Jahren erfolgte. Die Mumie eines jungen Prinzen von etwa 11 Jahren, die im Grab Amenhoteps II. gefunden wurde, ist unbeschnitten und hat noch die Jugendlocke an der rechten Schläfe - möglicherweise ein Indiz dafür, dass die Jugendlocke nur in den Jahren vor der Beschneidung getragen wurde.
Bei der Zeremonie selbst, im Ägyptischen sebi genannt, fand ein gebogenes Feuersteinmesser von ähnlicher Art Verwendung, wie es auch die Balsamierer benutzten. Wegen dieses Rückgriffs auf ein so archaisches Instrument wurde argumentiert, dass die Beschneidung für die Agypter im wesentlichen ein religiöser Ritus gewesen sei. Vielleicht hatte das Ganze aber auch nur praktische Gründe, denn ein Metallmesser wäre wohl kaum schärfer gewesen als ein frisch abgeschlagener Feuerstein. Angesichts mangelnder Antiseptika dürften zudem die Heilungschancen um so besser gewesen sein, je sauberer und schneller der Schnitt ausgeführt wurde.
Die Mastaba Anchmahors, eines Wesirs der 6. Dynastie, in Saqqara enthält eine Beschneidungs-Szene, die sowohl den Schnitt als auch das Auftragen irgendeiner Salbe zu zeigen scheint; letzteres ist allerdings nicht ganz eindeutig. Spätestens seit der Spätzeit (747-332 v. Chr.) war die Beschneidung für Priester obligatorisch, um die für die Durchführung ihrer Tempelpflichten notwendige Reinheit zu erlangen - ein weiterer Hinweis darauf, dass Kinder nicht zwangsläufig in der Adoleszenz beschnitten wurden. In der Römerzeit wurde offenbar ein Verbot der Beschneidung eingeführt, von dem nur Priester ausgenommen waren.
Die Ägypter haben die Beschneidung möglicherweise als ethnisches „Identifikationsmerkmal“ betrachtet - zumindest lassen dies Darstellungen von Ausländern in Kampfszenen des Neuen Reiches wie jene im Totentempel Ramses III. in Medinet Habu vermuten. Bei Aufstellungen über gefallene Feinde unterschieden die Ägypter zwischen den beschnittenen Semiten, denen die Hände abgeschnitten wurden, und den unbeschnittenen Feinden, denen man die Penisse abschnitt, um sie zu zählen.
Obwohl Strouhal zufolge einige altägyptische Texte „unbeschnittene“ Jungfrauen erwähnen und der griech. Schriftsteller Strabon berichtet, die Ägypter hätten die Beschneidung von Mädchen praktiziert, wurden an weiblichen Mumien bisher keine Anzeichen für einen solchen Eingriff gefunden.