Einige Gelehrte datieren den Beginn der Wissenschaftsdisziplin Ägyptens auf den 22. September 1822, den Tag, an dem Jean-Francois Champollion seinen Lettre à M. Dacier relative à l`alphabet des hieroglyphes phonétiques schrieb, in dem er bewies, dass er die Hieroglyphen-Schrift entziffert hatte. Champollion stützte sich jedoch zweifellos auf die Studien früherer Autoren wie Horapollon und Thomas Young, und seine Arbeit war letztlich der Höhepunkt der schon seit Jahrhunderten betriebenen „Wiederentdeckung“ des alten Ägypten.
Die ägyptische Kultur galt bereits zu der Zeit als verehrungswürdig und alt, als der griech. Historiker Herodot (um 484-420 v. Chr.) den ersten allgemeinen Überblick über die Kultur insgesamt verfasste. Auch für arab. Gelehrte des Mittelalters war das pharaonische Ägypten ein äusserst interessantes Studienobjekt. In vielen dieser frühen Berichte mischte sich Beobachtung mit blühender Phantasie und Schatzgräber-Romantik, doch einige zeigen echte Wissbegierde in bezug auf die Namen und Geschichten der Erbauer der grossartigen Monumente. Schon für arab. Gelehrte und frühe Reisende war unübersehbar, dass die Gräber und Tempel über und über mit Zeichen, den geheimnisvollen Hieroglyphen, bedeckt waren, und gerade dieser Aspekt der ägyptischen Kultur weckte die Aufmerksamkeit europäischer Gelehrter wie des deutschen Jesuitenpaters Athanasius Kircher (1602-80), der koptische und arabische Manuskripte studierte, ehe er seine Aufmerksamkeit den Hieroglyphen zuwandte. Leider glaubte er fälschlicherweise, es handle sich bei letzteren um rein symbolische, nichtphonetische Zeichen; dies verführte ihn zu den völlig aus der Luft gegriffenen Textauslegungen, die ihm später, nicht ganz zu Recht, eine traurige Berühmtheit einbrachten.
Die Grundlagen ägyptologischer Kenntnisse wurden von europäischen „Reisenden“ wie Richard Pococke, Claude Sicard und Frederick Ludwig Norden gelegt, deren wegweisenden Berichten über die von ihnen besuchten Denkmäler des pharaonischen Ägypten wir in einigen Fällen die einzige Schilderung von Monumenten verdanken, die seitdem längst Plünderungen oder natürlichem Verfall zum Opfer gefallen sind. Doch die erste systematische Erforschung Ägyptens erfolgte am Ende des 18. Jh. durch eine kleine Gruppe franz. Gelehrter, die an Napoleons Militärexpedition durch das Niltal teilnahm. Aufgabe dieser „savants“ war es, alle Aspekte der Flora, Fauna und Geschichte Ägyptens festzuhalten; die Ergebnisse ihrer Arbeit wurden zwischen 1809 und 1822 als die 24bändige Description de l'Egypte veröffentlicht. Napoleons Feldzug setzten die Briten ein Ende, doch die Gelehrten durften ihre Arbeit bis 1802 fortsetzen. Als Alexandria den Briten übergeben wurde, händigte man ihnen auch die von den Gelehrten zusammengetragenen Sammlungen aus, darunter Objekte wie der Stein von Rosette, die sich für die Entwicklung der Ägyptologie als entscheidend erweisen sollten.
Eine Vielzahl europäischer Reisender und Sammler besuchte in der Folge während des 19. Jh. Ägypten, ebenso eine Reihe weiterer grossangelegter wissenschaftlicher Expeditionen; hervorzuheben ist die Arbeit von Jean-Francois Champollion und Ippolito Rosellini zwischen 1828 und 1829 sowie die ehrgeizigen und umfangreichen Forschungen des deutschen Gelehrten Karl Richard Lepsius zwischen 1842 und 1845. Lepsius' Expedition besorgte die kartographische Erfassung grosser Gebiete und führte Ausgrabungen durch; neue Örtlichkeiten, die die Franzosen nicht besucht hatten, wurden dokumentiert und den Schilderungen schon bekannter Orte neue Details hinzugefügt; seine Forschungsergebnisse wurden unter dem Titel Denkmäler aus Ägypten und Äthiopien publiziert. Die erste umfassende und verlässliche Beschreibung ägyptischer Altertümer und Kultur in der englischsprachigen Welt war Sir John Gardner Wilkinsons monumentales Werk Manners and customs of the ancient Egyptians, das, nach 12 Jahren praktischer Arbeit vor Ort in Ägypten und Nubien, 1837 in drei Bänden erschien.
Diese wissenschaftlichen Expeditionen fanden leider vor dem Hintergrund von Plünderungen und ausgedehnter Sammlertätigkeit durch Pioniere wie Bernardino Drovetti und Giovanni Belzoni statt. Die von solchen Männern zusammengetragenen Kunstschätze bildeten schliesslich den Kern bedeutender nationaler Sammlungen, so des Britischen Museums, des Louvre, der Berliner Museen und des Museo Egizio in Turin. 1858 ernannte Said Pascha den Franzosen Auguste Mariette zum Aufseher über alle Ausgrabungen in Ägypten. Damit begann nicht nur ein systematischeres Arbeiten, sondern auch ein wachsendes Engagement bei der Konservierung und detaillierten Untersuchung der Denkmäler und Kunstschätze.
Nach und nach gewann die neue Disziplin an Ansehen, u. a. durch die Einrichtung einer Reihe bedeutender akademischer Stellen in der Ägyptologie und durch Gelehrte wie Flinders Petrie und George Reisner, denen es gelang, immer gewissenhaftere Registrierungs- und Grabungstechniken zu entwickeln. Die Folge war, dass ab dem letzten Jahrzehnt des 19. Jh. die Disziplin immer professioneller wurde. Mariettes Aufsicht über die Grabungen entwickelte sich zur Ägyptischen Altertümerverwaltung (heute: Supreme Council for Antiquities), die sowohl für die Vergabe von Grabungslizenzen an ausländische Archäologen zuständig ist als auch für die Koordination von deren Arbeit im Interesse und zum Wohl des ägyptischen Volkes. Dies beinhaltet zunehmend die Rettung von Orten und Monumenten, die von Bauvorhaben wie dem Assuan-Hochdamm in den 60er Jahren, dem Kairener „Abwasserprojekt“ in den 80er Jahren und dem el-Salaam-Kanal im N-Sinai in den 90er Jahren bedroht sind. In der landläufigen Vorstellung von der Ägyptologie wurden diese Rettungsaktionen jedoch fraglos von Howard Carters Entdeckung des Tutanchamun-Grabes im Jahr 1922 in den Schatten gestellt, die das erste grosse „Medienereignis“ in der Geschichte der Ägyptologie war und die Phantasie nachfolgender Gelehrtengenerationen fesselte.
Heutige Ägyptologen bedienen sich einer Vielzahl von Techniken und Disziplinen, darunter hochentwickelte geophysikalische Untersuchungen, exakte Grabung und Dokumentation in Plänen und Fotos, Rekonstruktionen mit Hilfe von Computern sowie die traditionelleren Bereiche der Epigraphik (Kopieren von Inschriften, Malereien und Reliefs) und Papyrologie.